Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0048_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0048_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0048_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0048_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAGTATCTCGCTCCAT-P0048_1, AACCCGCAGGGTCTAT-P0048_1, AGACACGCAGATTCAT-P0048_1, ATTTGCGCAAGGGTTG-P0048_1, CTGTTAAAGGGTTAGA-P0048_1 (top 5 of 3588 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
177,090,980
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 177090980
chr1 13741345
chr2 11537145
chr3 8184167
chr4 9727793
chr5 14820624
chr6 8772726
chr7 11751413
chr8 7159118
chr9 8879552
chr10 9778474
chr11 9511910
chr12 9534765
chr13 6853563
chr14 6838579
chr15 7154258
chr16 5036963
chr17 3833214
chr18 3394467
chr19 3747728
chr20 3416304
chr21 2536989
chr22 7262632
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 235
chrUn_NW_026528021v1 733
chrUn_NW_026528026v1 356
chrUn_NW_026528029v1 490
chrUn_NW_026528038v1 522
chrUn_NW_026528039v1 857
chrUn_NW_026528065v1 277
chrUn_NW_026528075v1 210
chrUn_NW_026528103v1 52
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 83
chrUn_NW_026528140v1 512
chrUn_NW_026528210v1 69
chrUn_NW_026528215v1 238
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 15
chrUn_NW_026528225v1 61
chrUn_NW_026528226v1 65
chrUn_NW_026528228v1 140
chrUn_NW_026528230v1 188
chrUn_NW_026528232v1 2135
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 601
chrUn_NW_026528285v1 55
chrUn_NW_026528292v1 18
chrUn_NW_026528295v1 177
chrUn_NW_026528296v1 11433
chrUn_NW_026528310v1 83
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 14
chrUn_NW_026528338v1 25
chrUn_NW_026528339v1 29
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 18
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 27
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 180
chrUn_NW_026528370v1 152
chrUn_NW_026528371v1 875
chrUn_NW_026528372v1 236
chrUn_NW_026528373v1 715
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 39
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 16
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 18
chrUn_NW_026528413v1 12
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 59
chrUn_NW_026528431v1 253
chrUn_NW_026528432v1 411
chrUn_NW_026528433v1 3081
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 439
chrUn_NW_026528558v1 1810
chrUn_NW_026528559v1 68
chrUn_NW_026528561v1 304
chrUn_NW_026528588v1 28
chrUn_NW_026528589v1 28
chrUn_NW_026528590v1 1452
chrUn_NW_026528596v1 1970
chrUn_NW_026528609v1 25
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 25
chrUn_NW_026528621v1 66
chrUn_NW_026528631v1 411
chrUn_NW_026528634v1 160
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 570
chrUn_NW_026528737v1 82
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 128
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 15
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 29
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 61
chrUn_NW_026528795v1 51
chrUn_NW_026528796v1 146
chrUn_NW_026528797v1 1889
chrUn_NW_026528798v1 1442
chrUn_NW_026528799v1 412
chrUn_NW_026528880v1 22
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 93
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 38
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 457
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 22
chrUn_NW_026528900v1 157
chrUn_NW_026528902v1 177
chrUn_NW_026528903v1 622
chrUn_NW_026528917v1 198
chrUn_NW_026528926v1 88
chrUn_NW_026528928v1 823
chrUn_NW_026528937v1 84
chrUn_NW_026528938v1 18
chrUn_NW_026528950v1 22
chrUn_NW_026528952v1 12
chrUn_NW_026528957v1 1021
chrUn_NW_026528960v1 640
chrUn_NW_026528975v1 146
chrUn_NW_026528984v1 41
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 90
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 25
chrUn_NW_026529007v1 382
chrUn_NW_026529008v1 3229
chrUn_NW_026529013v1 57
chrUn_NW_026529015v1 103
chrUn_NW_026529016v1 959
chrUn_NW_026529060v1 2018
chrUn_NW_026529081v1 428
chrUn_NW_026529085v1 1196
chrX 3478337
chrX_NW_026527892v1_random 215
chrX_NW_026527894v1_random 491
chrX_NW_026527897v1_random 102
chrY 65455
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 65
chrY_NW_026527911v1_random 218
chrY_NW_026527913v1_random 296
chrY_NW_026527914v1_random 307
chrY_NW_026527915v1_random 18
chrY_NW_026527916v1_random 95
chrY_NW_026527918v1_random 79
chrY_NW_026527919v1_random 252
chrY_NW_026527927v1_random 46
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 76
chrY_NW_026527938v1_random 441
chrY_NW_026527939v1_random 20
chrY_NW_026527942v1_random 426
chrY_NW_026527945v1_random 23
chrY_NW_026527948v1_random 49
chrY_NW_026527949v1_random 106
chrY_NW_026527950v1_random 957
chrY_NW_026527951v1_random 116
chrY_NW_026527955v1_random 175
chrY_NW_026527956v1_random 1542
chrY_NW_026527958v1_random 626
chrY_NW_026527960v1_random 73
chrY_NW_026527961v1_random 245
chrY_NW_026527966v1_random 13489
chrY_NW_026527967v1_random 267
chrY_NW_026527968v1_random 1330
chrY_NW_026527969v1_random 99
chrY_NW_026527974v1_random 64
chrY_NW_026527980v1_random 47

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 177090980 1 5037 138.12 101
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0048_1.gz 1.61 GB d8974928f5666830ec4bcf8523acd86d
P0048_1.gz.tbi 933.65 KB 48df02f13f28dd8da7ac0c4e5229cfdd
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ef15a5d9a8ed30b48e11ee193cbe66d5
statistics/