Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0049_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0049_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0049_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0049_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CCTAATCGTGTGAGGA-P0049_1, AATGAAGGTAGACAAA-P0049_1, ACGATTCAGTAAAGGT-P0049_1, ATTGGTTCATTGTGTG-P0049_1, ATTAACCCAGTAGGTG-P0049_1 (top 5 of 1028 values)
count	int	count			[1, 1]	n 42,472,502 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	42472502
chr1	3429984
chr2	2881207
chr3	2071672
chr4	2270900
chr5	3442531
chr6	2233425
chr7	2748302
chr8	1701855
chr9	2110235
chr10	2212405
chr11	2225936
chr12	2183575
chr13	1677224
chr14	1599471
chr15	1667707
chr16	1302248
chr17	946941
chr18	760205
chr19	873238
chr20	857893
chr21	634391
chr22	1531370
chrUn_NW_026528016v1	8
chrUn_NW_026528017v1	30
chrUn_NW_026528021v1	183
chrUn_NW_026528026v1	199
chrUn_NW_026528029v1	123
chrUn_NW_026528038v1	150
chrUn_NW_026528039v1	201
chrUn_NW_026528065v1	45
chrUn_NW_026528075v1	85
chrUn_NW_026528103v1	29
chrUn_NW_026528123v1	3
chrUn_NW_026528125v1	40
chrUn_NW_026528140v1	136
chrUn_NW_026528210v1	32
chrUn_NW_026528215v1	60
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	17
chrUn_NW_026528226v1	22
chrUn_NW_026528228v1	66
chrUn_NW_026528230v1	59
chrUn_NW_026528232v1	304
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	117
chrUn_NW_026528285v1	10
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	109
chrUn_NW_026528296v1	2693
chrUn_NW_026528310v1	43
chrUn_NW_026528320v1	7
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	5
chrUn_NW_026528338v1	15
chrUn_NW_026528339v1	18
chrUn_NW_026528345v1	4
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	5
chrUn_NW_026528353v1	12
chrUn_NW_026528356v1	8
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	62
chrUn_NW_026528370v1	29
chrUn_NW_026528371v1	240
chrUn_NW_026528372v1	92
chrUn_NW_026528373v1	294
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528384v1	5
chrUn_NW_026528385v1	8
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	4
chrUn_NW_026528397v1	1
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	4
chrUn_NW_026528412v1	7
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	20
chrUn_NW_026528431v1	60
chrUn_NW_026528432v1	132
chrUn_NW_026528433v1	802
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528480v1	244
chrUn_NW_026528558v1	870
chrUn_NW_026528559v1	19
chrUn_NW_026528588v1	1
chrUn_NW_026528589v1	2
chrUn_NW_026528590v1	376
chrUn_NW_026528596v1	667
chrUn_NW_026528609v1	7
chrUn_NW_026528611v1	11
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	53
chrUn_NW_026528631v1	27
chrUn_NW_026528634v1	46
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	4
chrUn_NW_026528668v1	3
chrUn_NW_026528677v1	8
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	252
chrUn_NW_026528737v1	9
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	4
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	3
chrUn_NW_026528755v1	36
chrUn_NW_026528772v1	1
chrUn_NW_026528775v1	2
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	1
chrUn_NW_026528786v1	6
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	32
chrUn_NW_026528795v1	23
chrUn_NW_026528796v1	91
chrUn_NW_026528797v1	921
chrUn_NW_026528798v1	258
chrUn_NW_026528799v1	47
chrUn_NW_026528880v1	3
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528884v1	4
chrUn_NW_026528887v1	17
chrUn_NW_026528888v1	4
chrUn_NW_026528889v1	2
chrUn_NW_026528891v1	9
chrUn_NW_026528893v1	1
chrUn_NW_026528894v1	130
chrUn_NW_026528899v1	4
chrUn_NW_026528900v1	26
chrUn_NW_026528902v1	24
chrUn_NW_026528903v1	293
chrUn_NW_026528917v1	71
chrUn_NW_026528926v1	41
chrUn_NW_026528928v1	458
chrUn_NW_026528937v1	23
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	14
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	481
chrUn_NW_026528960v1	41
chrUn_NW_026528975v1	88
chrUn_NW_026528984v1	13
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528987v1	1
chrUn_NW_026528988v1	31
chrUn_NW_026528989v1	3
chrUn_NW_026528990v1	1
chrUn_NW_026528996v1	8
chrUn_NW_026529007v1	74
chrUn_NW_026529008v1	1105
chrUn_NW_026529013v1	35
chrUn_NW_026529015v1	64
chrUn_NW_026529016v1	492
chrUn_NW_026529060v1	322
chrUn_NW_026529081v1	68
chrUn_NW_026529085v1	148
chrX	1083931
chrX_NW_026527892v1_random	87
chrX_NW_026527894v1_random	169
chrX_NW_026527897v1_random	59
chrY	5185
chrY_NW_026527911v1_random	3
chrY_NW_026527913v1_random	16
chrY_NW_026527914v1_random	98
chrY_NW_026527919v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	301
chrY_NW_026527939v1_random	17
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527945v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	467
chrY_NW_026527950v1_random	259
chrY_NW_026527951v1_random	29
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	709
chrY_NW_026527958v1_random	352
chrY_NW_026527960v1_random	23
chrY_NW_026527961v1_random	60
chrY_NW_026527966v1_random	2707
chrY_NW_026527967v1_random	45
chrY_NW_026527968v1_random	391
chrY_NW_026527969v1_random	2
chrY_NW_026527980v1_random	32

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	42472502	1	5018	131.29	92

Files

Filename	Size	md5
P0049_1.h5ad.gz	404.95 MB	ecc89fb537dc591e5e2b26f317d7229a
P0049_1.h5ad.gz.tbi	585.53 KB	5c0277463483ab1d8910b6e8acc4ff20
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	cb87d87e9238a1486cf4e6c421772efa
statistics/