Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0049_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0049_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0049_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0049_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGAACCTGTGAGCAAG-P0049_1, CTTTGGGAGCTTCCCG-P0049_1, AGTTATGTCACTTCAT-P0049_1, TTTCTCACAGCAAGGC-P0049_1, GATCGATTCGGTTACG-P0049_1 (top 5 of 18966 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
409,931,655
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 409931655
chr1 33165445
chr2 27548148
chr3 20008628
chr4 21801147
chr5 33329256
chr6 21433125
chr7 26843338
chr8 16100640
chr9 20083153
chr10 21304389
chr11 21912210
chr12 21286202
chr13 15955471
chr14 15623797
chr15 15827702
chr16 12489156
chr17 9008964
chr18 7380476
chr19 8585872
chr20 7794692
chr21 6221280
chr22 14836353
chrUn_NW_026528016v1 72
chrUn_NW_026528017v1 220
chrUn_NW_026528021v1 1818
chrUn_NW_026528026v1 1915
chrUn_NW_026528029v1 1050
chrUn_NW_026528038v1 1243
chrUn_NW_026528039v1 1611
chrUn_NW_026528065v1 536
chrUn_NW_026528075v1 643
chrUn_NW_026528103v1 161
chrUn_NW_026528123v1 23
chrUn_NW_026528125v1 262
chrUn_NW_026528140v1 1325
chrUn_NW_026528210v1 401
chrUn_NW_026528215v1 689
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 19
chrUn_NW_026528219v1 39
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 14
chrUn_NW_026528224v1 27
chrUn_NW_026528225v1 162
chrUn_NW_026528226v1 253
chrUn_NW_026528228v1 467
chrUn_NW_026528230v1 842
chrUn_NW_026528232v1 4183
chrUn_NW_026528259v1 18
chrUn_NW_026528278v1 1615
chrUn_NW_026528285v1 84
chrUn_NW_026528292v1 56
chrUn_NW_026528295v1 876
chrUn_NW_026528296v1 26835
chrUn_NW_026528310v1 379
chrUn_NW_026528320v1 87
chrUn_NW_026528327v1 63
chrUn_NW_026528332v1 68
chrUn_NW_026528335v1 28
chrUn_NW_026528338v1 110
chrUn_NW_026528339v1 151
chrUn_NW_026528345v1 95
chrUn_NW_026528347v1 25
chrUn_NW_026528350v1 55
chrUn_NW_026528353v1 111
chrUn_NW_026528356v1 73
chrUn_NW_026528358v1 11
chrUn_NW_026528360v1 12
chrUn_NW_026528363v1 522
chrUn_NW_026528370v1 278
chrUn_NW_026528371v1 2039
chrUn_NW_026528372v1 861
chrUn_NW_026528373v1 1925
chrUn_NW_026528378v1 20
chrUn_NW_026528380v1 14
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 11
chrUn_NW_026528384v1 62
chrUn_NW_026528385v1 103
chrUn_NW_026528390v1 55
chrUn_NW_026528393v1 32
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 75
chrUn_NW_026528402v1 9
chrUn_NW_026528403v1 24
chrUn_NW_026528404v1 3
chrUn_NW_026528408v1 12
chrUn_NW_026528409v1 43
chrUn_NW_026528412v1 51
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 20
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 11
chrUn_NW_026528423v1 209
chrUn_NW_026528431v1 552
chrUn_NW_026528432v1 1477
chrUn_NW_026528433v1 5810
chrUn_NW_026528440v1 25
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 2246
chrUn_NW_026528558v1 5968
chrUn_NW_026528559v1 196
chrUn_NW_026528561v1 5
chrUn_NW_026528588v1 45
chrUn_NW_026528589v1 73
chrUn_NW_026528590v1 4095
chrUn_NW_026528596v1 7569
chrUn_NW_026528609v1 118
chrUn_NW_026528611v1 57
chrUn_NW_026528615v1 37
chrUn_NW_026528621v1 608
chrUn_NW_026528631v1 278
chrUn_NW_026528634v1 669
chrUn_NW_026528635v1 19
chrUn_NW_026528644v1 15
chrUn_NW_026528650v1 52
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 120
chrUn_NW_026528668v1 46
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 63
chrUn_NW_026528708v1 30
chrUn_NW_026528719v1 1646
chrUn_NW_026528737v1 52
chrUn_NW_026528739v1 11
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 55
chrUn_NW_026528748v1 11
chrUn_NW_026528749v1 4
chrUn_NW_026528750v1 57
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 34
chrUn_NW_026528755v1 381
chrUn_NW_026528772v1 37
chrUn_NW_026528775v1 27
chrUn_NW_026528777v1 24
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 21
chrUn_NW_026528786v1 63
chrUn_NW_026528788v1 20
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 404
chrUn_NW_026528795v1 213
chrUn_NW_026528796v1 629
chrUn_NW_026528797v1 9246
chrUn_NW_026528798v1 1683
chrUn_NW_026528799v1 407
chrUn_NW_026528880v1 54
chrUn_NW_026528882v1 37
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 32
chrUn_NW_026528885v1 18
chrUn_NW_026528887v1 161
chrUn_NW_026528888v1 36
chrUn_NW_026528889v1 39
chrUn_NW_026528891v1 140
chrUn_NW_026528893v1 24
chrUn_NW_026528894v1 1448
chrUn_NW_026528896v1 9
chrUn_NW_026528899v1 43
chrUn_NW_026528900v1 386
chrUn_NW_026528902v1 355
chrUn_NW_026528903v1 3411
chrUn_NW_026528917v1 528
chrUn_NW_026528926v1 404
chrUn_NW_026528928v1 3115
chrUn_NW_026528937v1 173
chrUn_NW_026528938v1 19
chrUn_NW_026528950v1 87
chrUn_NW_026528952v1 48
chrUn_NW_026528957v1 3055
chrUn_NW_026528960v1 778
chrUn_NW_026528975v1 657
chrUn_NW_026528984v1 137
chrUn_NW_026528985v1 23
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 21
chrUn_NW_026528988v1 476
chrUn_NW_026528989v1 126
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 3
chrUn_NW_026528996v1 136
chrUn_NW_026529007v1 699
chrUn_NW_026529008v1 9436
chrUn_NW_026529013v1 235
chrUn_NW_026529015v1 447
chrUn_NW_026529016v1 3710
chrUn_NW_026529060v1 3485
chrUn_NW_026529081v1 795
chrUn_NW_026529085v1 1900
chrX 11151812
chrX_NW_026527892v1_random 989
chrX_NW_026527894v1_random 1826
chrX_NW_026527897v1_random 547
chrY 50833
chrY_NW_026527906v1_random 1
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 50
chrY_NW_026527913v1_random 159
chrY_NW_026527914v1_random 1568
chrY_NW_026527915v1_random 12
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 53
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 24
chrY_NW_026527938v1_random 2109
chrY_NW_026527939v1_random 130
chrY_NW_026527942v1_random 13
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 5238
chrY_NW_026527950v1_random 2419
chrY_NW_026527951v1_random 404
chrY_NW_026527955v1_random 314
chrY_NW_026527956v1_random 4882
chrY_NW_026527958v1_random 2140
chrY_NW_026527960v1_random 253
chrY_NW_026527961v1_random 741
chrY_NW_026527966v1_random 22800
chrY_NW_026527967v1_random 711
chrY_NW_026527968v1_random 4715
chrY_NW_026527969v1_random 15
chrY_NW_026527980v1_random 348

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 409931655 1 5039 131.27 93
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0049_1.gz 3.88 GB 71e102fa2b748992504b828df7aa4cc3
P0049_1.gz.tbi 1.41 MB 88033e51ddc01f95abc5e13ad231fc78
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 50a15982bb2ed47abb2f01aee2d665b8
statistics/