Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0050_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0050_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0050_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0050_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGCTTAGGAACACA-P0050_1, AGAGGATGTCATGAGC-P0050_1, GATTACGGTAAGGTCC-P0050_1, GTTTACCGTCCTTCAG-P0050_1, CTCATTTAGTTAGGCT-P0050_1 (top 5 of 1011 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
28,813,491
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 28813491
chr1 2335455
chr2 1855132
chr3 1329162
chr4 1551267
chr5 2435002
chr6 1434727
chr7 1894433
chr8 1100574
chr9 1376718
chr10 1539180
chr11 1536260
chr12 1562836
chr13 1068148
chr14 1069321
chr15 1087494
chr16 826687
chr17 620957
chr18 555586
chr19 606847
chr20 589161
chr21 413092
chr22 1241578
chrUn_NW_026528016v1 4
chrUn_NW_026528017v1 17
chrUn_NW_026528021v1 114
chrUn_NW_026528026v1 102
chrUn_NW_026528029v1 106
chrUn_NW_026528038v1 72
chrUn_NW_026528039v1 114
chrUn_NW_026528065v1 52
chrUn_NW_026528075v1 35
chrUn_NW_026528103v1 15
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 12
chrUn_NW_026528140v1 132
chrUn_NW_026528210v1 22
chrUn_NW_026528215v1 43
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528225v1 10
chrUn_NW_026528226v1 45
chrUn_NW_026528228v1 24
chrUn_NW_026528230v1 37
chrUn_NW_026528232v1 141
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 91
chrUn_NW_026528285v1 4
chrUn_NW_026528295v1 42
chrUn_NW_026528296v1 2091
chrUn_NW_026528310v1 25
chrUn_NW_026528320v1 1
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 1
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528350v1 1
chrUn_NW_026528353v1 11
chrUn_NW_026528356v1 2
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 30
chrUn_NW_026528370v1 41
chrUn_NW_026528371v1 150
chrUn_NW_026528372v1 73
chrUn_NW_026528373v1 139
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528384v1 4
chrUn_NW_026528385v1 9
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 12
chrUn_NW_026528431v1 32
chrUn_NW_026528432v1 80
chrUn_NW_026528433v1 786
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528480v1 80
chrUn_NW_026528558v1 322
chrUn_NW_026528559v1 4
chrUn_NW_026528588v1 2
chrUn_NW_026528589v1 3
chrUn_NW_026528590v1 235
chrUn_NW_026528596v1 383
chrUn_NW_026528609v1 6
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 47
chrUn_NW_026528631v1 8
chrUn_NW_026528634v1 40
chrUn_NW_026528650v1 6
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 3
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 93
chrUn_NW_026528737v1 11
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 16
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 2
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 33
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 43
chrUn_NW_026528797v1 754
chrUn_NW_026528798v1 219
chrUn_NW_026528799v1 45
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 2
chrUn_NW_026528887v1 6
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528891v1 5
chrUn_NW_026528894v1 105
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 23
chrUn_NW_026528902v1 28
chrUn_NW_026528903v1 231
chrUn_NW_026528917v1 66
chrUn_NW_026528926v1 22
chrUn_NW_026528928v1 197
chrUn_NW_026528937v1 6
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 3
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 173
chrUn_NW_026528960v1 38
chrUn_NW_026528975v1 35
chrUn_NW_026528984v1 6
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 11
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528996v1 8
chrUn_NW_026529007v1 75
chrUn_NW_026529008v1 840
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 24
chrUn_NW_026529016v1 235
chrUn_NW_026529060v1 237
chrUn_NW_026529081v1 31
chrUn_NW_026529085v1 75
chrX 762863
chrX_NW_026527892v1_random 81
chrX_NW_026527894v1_random 133
chrX_NW_026527897v1_random 35
chrY 3843
chrY_NW_026527911v1_random 4
chrY_NW_026527913v1_random 14
chrY_NW_026527914v1_random 107
chrY_NW_026527919v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 1
chrY_NW_026527938v1_random 103
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527949v1_random 378
chrY_NW_026527950v1_random 308
chrY_NW_026527951v1_random 20
chrY_NW_026527955v1_random 10
chrY_NW_026527956v1_random 1486
chrY_NW_026527958v1_random 690
chrY_NW_026527960v1_random 9
chrY_NW_026527961v1_random 53
chrY_NW_026527966v1_random 3724
chrY_NW_026527967v1_random 19
chrY_NW_026527968v1_random 220
chrY_NW_026527969v1_random 5
chrY_NW_026527980v1_random 17

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 28813491 1 4976 142.36 99
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0050_1.h5ad.gz 267.18 MB 88bc8de990c32736deecf0c99618c268
P0050_1.h5ad.gz.tbi 558.75 KB 90429d2eda06c930aba99d5743b63bfd
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB ac7dae6022a6c742db75ee50caea3247
statistics/