Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0050_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0050_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0050_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0050_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGCTTAGGAACACA-P0050_1, AGAGGATGTCATGAGC-P0050_1, GATTACGGTAAGGTCC-P0050_1, TCCTTCAAGTAACAGG-P0050_1, GTTTACCGTCCTTCAG-P0050_1 (top 5 of 10689 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
426,674,624
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 426674624
chr1 34135126
chr2 28389963
chr3 20754985
chr4 23078116
chr5 34570897
chr6 22250887
chr7 28309888
chr8 17003780
chr9 21258992
chr10 22837699
chr11 22663985
chr12 22636102
chr13 16547065
chr14 16054249
chr15 16423468
chr16 12950280
chr17 9549673
chr18 7904957
chr19 8959034
chr20 8766825
chr21 6279182
chr22 14630488
chrUn_NW_026528016v1 60
chrUn_NW_026528017v1 176
chrUn_NW_026528021v1 2903
chrUn_NW_026528026v1 1403
chrUn_NW_026528029v1 1003
chrUn_NW_026528038v1 1140
chrUn_NW_026528039v1 1396
chrUn_NW_026528065v1 589
chrUn_NW_026528075v1 524
chrUn_NW_026528103v1 130
chrUn_NW_026528123v1 26
chrUn_NW_026528125v1 192
chrUn_NW_026528140v1 1625
chrUn_NW_026528210v1 349
chrUn_NW_026528215v1 635
chrUn_NW_026528217v1 7
chrUn_NW_026528218v1 23
chrUn_NW_026528219v1 35
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 8
chrUn_NW_026528224v1 18
chrUn_NW_026528225v1 238
chrUn_NW_026528226v1 213
chrUn_NW_026528228v1 511
chrUn_NW_026528230v1 663
chrUn_NW_026528232v1 3034
chrUn_NW_026528259v1 9
chrUn_NW_026528278v1 1279
chrUn_NW_026528285v1 64
chrUn_NW_026528292v1 49
chrUn_NW_026528295v1 566
chrUn_NW_026528296v1 33939
chrUn_NW_026528310v1 266
chrUn_NW_026528320v1 57
chrUn_NW_026528327v1 34
chrUn_NW_026528332v1 95
chrUn_NW_026528335v1 20
chrUn_NW_026528338v1 116
chrUn_NW_026528339v1 100
chrUn_NW_026528345v1 56
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 44
chrUn_NW_026528353v1 74
chrUn_NW_026528356v1 55
chrUn_NW_026528358v1 7
chrUn_NW_026528360v1 8
chrUn_NW_026528363v1 434
chrUn_NW_026528370v1 403
chrUn_NW_026528371v1 2624
chrUn_NW_026528372v1 996
chrUn_NW_026528373v1 2503
chrUn_NW_026528378v1 11
chrUn_NW_026528380v1 11
chrUn_NW_026528381v1 5
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 43
chrUn_NW_026528385v1 86
chrUn_NW_026528390v1 50
chrUn_NW_026528393v1 35
chrUn_NW_026528396v1 13
chrUn_NW_026528397v1 36
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 27
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 26
chrUn_NW_026528412v1 22
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 146
chrUn_NW_026528431v1 787
chrUn_NW_026528432v1 963
chrUn_NW_026528433v1 9061
chrUn_NW_026528440v1 19
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 1191
chrUn_NW_026528558v1 4327
chrUn_NW_026528559v1 142
chrUn_NW_026528561v1 6
chrUn_NW_026528588v1 30
chrUn_NW_026528589v1 41
chrUn_NW_026528590v1 3234
chrUn_NW_026528596v1 5156
chrUn_NW_026528609v1 67
chrUn_NW_026528611v1 30
chrUn_NW_026528615v1 34
chrUn_NW_026528621v1 587
chrUn_NW_026528631v1 132
chrUn_NW_026528634v1 522
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 17
chrUn_NW_026528650v1 42
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 95
chrUn_NW_026528668v1 51
chrUn_NW_026528670v1 9
chrUn_NW_026528677v1 78
chrUn_NW_026528708v1 31
chrUn_NW_026528719v1 1270
chrUn_NW_026528737v1 77
chrUn_NW_026528739v1 15
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 42
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 44
chrUn_NW_026528751v1 3
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 23
chrUn_NW_026528755v1 269
chrUn_NW_026528772v1 66
chrUn_NW_026528775v1 35
chrUn_NW_026528777v1 17
chrUn_NW_026528784v1 36
chrUn_NW_026528785v1 36
chrUn_NW_026528786v1 68
chrUn_NW_026528788v1 16
chrUn_NW_026528791v1 14
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 410
chrUn_NW_026528795v1 301
chrUn_NW_026528796v1 930
chrUn_NW_026528797v1 13627
chrUn_NW_026528798v1 2686
chrUn_NW_026528799v1 494
chrUn_NW_026528880v1 65
chrUn_NW_026528882v1 37
chrUn_NW_026528883v1 8
chrUn_NW_026528884v1 26
chrUn_NW_026528885v1 14
chrUn_NW_026528886v1 3
chrUn_NW_026528887v1 157
chrUn_NW_026528888v1 74
chrUn_NW_026528889v1 29
chrUn_NW_026528891v1 138
chrUn_NW_026528893v1 22
chrUn_NW_026528894v1 1146
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 45
chrUn_NW_026528900v1 328
chrUn_NW_026528902v1 385
chrUn_NW_026528903v1 3989
chrUn_NW_026528917v1 617
chrUn_NW_026528926v1 289
chrUn_NW_026528928v1 2289
chrUn_NW_026528937v1 116
chrUn_NW_026528938v1 20
chrUn_NW_026528950v1 62
chrUn_NW_026528952v1 29
chrUn_NW_026528957v1 2288
chrUn_NW_026528960v1 732
chrUn_NW_026528975v1 506
chrUn_NW_026528984v1 152
chrUn_NW_026528985v1 20
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 21
chrUn_NW_026528988v1 415
chrUn_NW_026528989v1 70
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 120
chrUn_NW_026529007v1 872
chrUn_NW_026529008v1 10759
chrUn_NW_026529013v1 176
chrUn_NW_026529015v1 373
chrUn_NW_026529016v1 2821
chrUn_NW_026529060v1 4518
chrUn_NW_026529081v1 676
chrUn_NW_026529085v1 1506
chrX 10466317
chrX_NW_026527892v1_random 903
chrX_NW_026527894v1_random 1848
chrX_NW_026527897v1_random 474
chrY 56262
chrY_NW_026527911v1_random 47
chrY_NW_026527913v1_random 169
chrY_NW_026527914v1_random 1549
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527919v1_random 49
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527932v1_random 28
chrY_NW_026527938v1_random 1415
chrY_NW_026527939v1_random 78
chrY_NW_026527942v1_random 10
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 5973
chrY_NW_026527950v1_random 2600
chrY_NW_026527951v1_random 313
chrY_NW_026527955v1_random 220
chrY_NW_026527956v1_random 6046
chrY_NW_026527958v1_random 2475
chrY_NW_026527960v1_random 213
chrY_NW_026527961v1_random 704
chrY_NW_026527966v1_random 22344
chrY_NW_026527967v1_random 566
chrY_NW_026527968v1_random 3793
chrY_NW_026527969v1_random 21
chrY_NW_026527980v1_random 174

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 426674624 1 5040 150.62 111
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0050_1.gz 3.93 GB dfe2954069edcbfae562a3579cdf7d89
P0050_1.gz.tbi 1.42 MB 17c980e012e01f1bab70bcdc9851e1e7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 7c725b110576029afe3d9e4d4cc490a0
statistics/