Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0051_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0051_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0051_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0051_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGAAGTGAGTAGCTTA-P0051_1, ACGAAGTCAAGGGTTG-P0051_1, CTATTGAAGAGGGACT-P0051_1, AAACGGATCTTTGAGA-P0051_1, AAACCGCGTTGTCATC-P0051_1 (top 5 of 3897 values)
count	int	count			[1, 1]	n 69,415,390 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	69415390
chr1	5630810
chr2	4421833
chr3	3028222
chr4	3746909
chr5	6017226
chr6	3451264
chr7	4507836
chr8	2593144
chr9	3278520
chr10	3756198
chr11	3820153
chr12	3815086
chr13	2467925
chr14	2533359
chr15	2660502
chr16	1893473
chr17	1492529
chr18	1358162
chr19	1551804
chr20	1461190
chr21	929023
chr22	3409569
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	21
chrUn_NW_026528021v1	252
chrUn_NW_026528026v1	157
chrUn_NW_026528029v1	227
chrUn_NW_026528038v1	135
chrUn_NW_026528039v1	158
chrUn_NW_026528065v1	198
chrUn_NW_026528075v1	55
chrUn_NW_026528103v1	10
chrUn_NW_026528125v1	19
chrUn_NW_026528140v1	389
chrUn_NW_026528210v1	27
chrUn_NW_026528215v1	60
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	18
chrUn_NW_026528226v1	81
chrUn_NW_026528228v1	57
chrUn_NW_026528230v1	58
chrUn_NW_026528232v1	343
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	227
chrUn_NW_026528285v1	12
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	66
chrUn_NW_026528296v1	5346
chrUn_NW_026528310v1	35
chrUn_NW_026528320v1	9
chrUn_NW_026528327v1	9
chrUn_NW_026528332v1	10
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	12
chrUn_NW_026528339v1	17
chrUn_NW_026528345v1	7
chrUn_NW_026528347v1	6
chrUn_NW_026528350v1	2
chrUn_NW_026528353v1	8
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	61
chrUn_NW_026528370v1	163
chrUn_NW_026528371v1	332
chrUn_NW_026528372v1	91
chrUn_NW_026528373v1	185
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	4
chrUn_NW_026528385v1	13
chrUn_NW_026528390v1	4
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528397v1	7
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528423v1	24
chrUn_NW_026528431v1	55
chrUn_NW_026528432v1	165
chrUn_NW_026528433v1	4215
chrUn_NW_026528440v1	3
chrUn_NW_026528480v1	121
chrUn_NW_026528558v1	453
chrUn_NW_026528559v1	25
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	6
chrUn_NW_026528590v1	295
chrUn_NW_026528596v1	655
chrUn_NW_026528609v1	5
chrUn_NW_026528611v1	2
chrUn_NW_026528615v1	4
chrUn_NW_026528621v1	82
chrUn_NW_026528631v1	28
chrUn_NW_026528634v1	63
chrUn_NW_026528635v1	2
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	7
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	134
chrUn_NW_026528737v1	12
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	4
chrUn_NW_026528750v1	5
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	25
chrUn_NW_026528772v1	3
chrUn_NW_026528775v1	5
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	12
chrUn_NW_026528786v1	3
chrUn_NW_026528788v1	3
chrUn_NW_026528793v1	46
chrUn_NW_026528795v1	45
chrUn_NW_026528796v1	95
chrUn_NW_026528797v1	1750
chrUn_NW_026528798v1	492
chrUn_NW_026528799v1	110
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528884v1	7
chrUn_NW_026528887v1	12
chrUn_NW_026528888v1	16
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	11
chrUn_NW_026528893v1	3
chrUn_NW_026528894v1	123
chrUn_NW_026528899v1	6
chrUn_NW_026528900v1	29
chrUn_NW_026528902v1	43
chrUn_NW_026528903v1	325
chrUn_NW_026528917v1	104
chrUn_NW_026528926v1	35
chrUn_NW_026528928v1	242
chrUn_NW_026528937v1	17
chrUn_NW_026528938v1	5
chrUn_NW_026528950v1	2
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	214
chrUn_NW_026528960v1	141
chrUn_NW_026528975v1	62
chrUn_NW_026528984v1	15
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	1
chrUn_NW_026528988v1	36
chrUn_NW_026528989v1	4
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528996v1	19
chrUn_NW_026529007v1	215
chrUn_NW_026529008v1	1863
chrUn_NW_026529013v1	23
chrUn_NW_026529015v1	33
chrUn_NW_026529016v1	314
chrUn_NW_026529060v1	496
chrUn_NW_026529081v1	48
chrUn_NW_026529085v1	163
chrX	1533225
chrX_NW_026527892v1_random	111
chrX_NW_026527894v1_random	159
chrX_NW_026527897v1_random	55
chrY	8881
chrY_NW_026527911v1_random	3
chrY_NW_026527913v1_random	8
chrY_NW_026527914v1_random	158
chrY_NW_026527919v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	173
chrY_NW_026527939v1_random	4
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527949v1_random	740
chrY_NW_026527950v1_random	503
chrY_NW_026527951v1_random	43
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	5233
chrY_NW_026527958v1_random	3089
chrY_NW_026527960v1_random	26
chrY_NW_026527961v1_random	60
chrY_NW_026527966v1_random	15097
chrY_NW_026527967v1_random	59
chrY_NW_026527968v1_random	368
chrY_NW_026527980v1_random	27

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	69415390	1	5040	179.74	152

Files

Filename	Size	md5
P0051_1.h5ad.gz	664.91 MB	09341d697fe657ac1eaf7fbbd35ce3ff
P0051_1.h5ad.gz.tbi	657.89 KB	cdc56bfe825ee167ce0efdb96c38cc91
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	3867fe18040a4cbe050d1bd21d03efd1
statistics/