Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0051_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0051_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0051_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0051_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGAAGTGAGTAGCTTA-P0051_1, ACGAAGTCAAGGGTTG-P0051_1, TGCTTCATCTGTGAGT-P0051_1, CTATTGAAGAGGGACT-P0051_1, AGGACTAAGTGTTGCG-P0051_1 (top 5 of 4192 values)
count	int	count			[1, 1]	n 88,459,056 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	88459056
chr1	7157549
chr2	5711304
chr3	3972353
chr4	4804890
chr5	7537763
chr6	4451602
chr7	5755984
chr8	3347802
chr9	4236977
chr10	4758015
chr11	4810521
chr12	4836817
chr13	3226025
chr14	3256600
chr15	3373020
chr16	2480183
chr17	1933488
chr18	1707326
chr19	1961914
chr20	1850371
chr21	1209558
chr22	4025683
chrUn_NW_026528016v1	12
chrUn_NW_026528017v1	29
chrUn_NW_026528021v1	396
chrUn_NW_026528026v1	204
chrUn_NW_026528029v1	265
chrUn_NW_026528038v1	202
chrUn_NW_026528039v1	211
chrUn_NW_026528065v1	220
chrUn_NW_026528075v1	88
chrUn_NW_026528103v1	12
chrUn_NW_026528125v1	22
chrUn_NW_026528140v1	472
chrUn_NW_026528210v1	44
chrUn_NW_026528215v1	98
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	5
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	23
chrUn_NW_026528226v1	97
chrUn_NW_026528228v1	70
chrUn_NW_026528230v1	87
chrUn_NW_026528232v1	544
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	292
chrUn_NW_026528285v1	15
chrUn_NW_026528292v1	8
chrUn_NW_026528295v1	86
chrUn_NW_026528296v1	6745
chrUn_NW_026528310v1	47
chrUn_NW_026528320v1	11
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	13
chrUn_NW_026528335v1	6
chrUn_NW_026528338v1	15
chrUn_NW_026528339v1	20
chrUn_NW_026528345v1	10
chrUn_NW_026528347v1	8
chrUn_NW_026528350v1	4
chrUn_NW_026528353v1	10
chrUn_NW_026528356v1	7
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	79
chrUn_NW_026528370v1	186
chrUn_NW_026528371v1	444
chrUn_NW_026528372v1	124
chrUn_NW_026528373v1	251
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	4
chrUn_NW_026528385v1	13
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528397v1	8
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	4
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528423v1	27
chrUn_NW_026528431v1	111
chrUn_NW_026528432v1	201
chrUn_NW_026528433v1	4560
chrUn_NW_026528440v1	3
chrUn_NW_026528480v1	145
chrUn_NW_026528558v1	559
chrUn_NW_026528559v1	36
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	4
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	417
chrUn_NW_026528596v1	871
chrUn_NW_026528609v1	5
chrUn_NW_026528611v1	3
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	100
chrUn_NW_026528631v1	29
chrUn_NW_026528634v1	91
chrUn_NW_026528635v1	2
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	9
chrUn_NW_026528661v1	9
chrUn_NW_026528668v1	9
chrUn_NW_026528677v1	9
chrUn_NW_026528708v1	5
chrUn_NW_026528719v1	176
chrUn_NW_026528737v1	14
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528750v1	6
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	40
chrUn_NW_026528772v1	4
chrUn_NW_026528775v1	7
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	6
chrUn_NW_026528785v1	12
chrUn_NW_026528786v1	4
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	56
chrUn_NW_026528795v1	66
chrUn_NW_026528796v1	126
chrUn_NW_026528797v1	2241
chrUn_NW_026528798v1	608
chrUn_NW_026528799v1	124
chrUn_NW_026528880v1	21
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528884v1	8
chrUn_NW_026528887v1	19
chrUn_NW_026528888v1	18
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	15
chrUn_NW_026528893v1	3
chrUn_NW_026528894v1	144
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	10
chrUn_NW_026528900v1	42
chrUn_NW_026528902v1	62
chrUn_NW_026528903v1	487
chrUn_NW_026528917v1	159
chrUn_NW_026528926v1	49
chrUn_NW_026528928v1	307
chrUn_NW_026528937v1	21
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	2
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	275
chrUn_NW_026528960v1	171
chrUn_NW_026528975v1	74
chrUn_NW_026528984v1	19
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	1
chrUn_NW_026528988v1	45
chrUn_NW_026528989v1	5
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	21
chrUn_NW_026529007v1	254
chrUn_NW_026529008v1	2452
chrUn_NW_026529013v1	25
chrUn_NW_026529015v1	42
chrUn_NW_026529016v1	377
chrUn_NW_026529060v1	688
chrUn_NW_026529081v1	72
chrUn_NW_026529085v1	222
chrX	1986312
chrX_NW_026527892v1_random	158
chrX_NW_026527894v1_random	231
chrX_NW_026527897v1_random	67
chrY	11074
chrY_NW_026527911v1_random	7
chrY_NW_026527913v1_random	20
chrY_NW_026527914v1_random	236
chrY_NW_026527919v1_random	10
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	209
chrY_NW_026527939v1_random	6
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527949v1_random	961
chrY_NW_026527950v1_random	621
chrY_NW_026527951v1_random	52
chrY_NW_026527955v1_random	35
chrY_NW_026527956v1_random	5340
chrY_NW_026527958v1_random	3134
chrY_NW_026527960v1_random	34
chrY_NW_026527961v1_random	80
chrY_NW_026527966v1_random	15707
chrY_NW_026527967v1_random	76
chrY_NW_026527968v1_random	472
chrY_NW_026527980v1_random	31

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	88459056	1	5040	182.82	157

Files

Filename	Size	md5
P0051_1.gz	844.4 MB	56c2c1b7e9fd904cfc9841b33e98cae0
P0051_1.gz.tbi	709.03 KB	17577012cb6d3983c11033023b95f7bd
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	3b70bddb7f679f98863c57d569155dd2
statistics/