Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0052_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0052_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0052_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0052_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TTCAACCGTAAGGTCC-P0052_1, CTGTGTGAGCTAAGTC-P0052_1, GCGCAATGTTAGCGTA-P0052_1, TTAGGCTAGCAGGTTT-P0052_1, CCTCCTGAGGGTGAAC-P0052_1 (top 5 of 3679 values)
count	int	count			[1, 1]	n 149,179,129 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	149179129
chr1	11879383
chr2	10016704
chr3	7309873
chr4	8033167
chr5	11932703
chr6	7856989
chr7	9749516
chr8	6007895
chr9	7320528
chr10	7889407
chr11	7907313
chr12	7888843
chr13	5753745
chr14	5646799
chr15	5703345
chr16	4571798
chr17	3438490
chr18	2815380
chr19	3081810
chr20	2997393
chr21	2216828
chr22	5346938
chrUn_NW_026528016v1	25
chrUn_NW_026528017v1	59
chrUn_NW_026528021v1	536
chrUn_NW_026528026v1	482
chrUn_NW_026528029v1	434
chrUn_NW_026528038v1	435
chrUn_NW_026528039v1	628
chrUn_NW_026528065v1	231
chrUn_NW_026528075v1	163
chrUn_NW_026528103v1	42
chrUn_NW_026528123v1	4
chrUn_NW_026528125v1	74
chrUn_NW_026528140v1	705
chrUn_NW_026528210v1	125
chrUn_NW_026528215v1	142
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	7
chrUn_NW_026528219v1	8
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	6
chrUn_NW_026528225v1	53
chrUn_NW_026528226v1	170
chrUn_NW_026528228v1	176
chrUn_NW_026528230v1	246
chrUn_NW_026528232v1	745
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	370
chrUn_NW_026528285v1	46
chrUn_NW_026528292v1	14
chrUn_NW_026528295v1	248
chrUn_NW_026528296v1	11316
chrUn_NW_026528310v1	107
chrUn_NW_026528320v1	17
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	24
chrUn_NW_026528335v1	8
chrUn_NW_026528338v1	28
chrUn_NW_026528339v1	33
chrUn_NW_026528345v1	26
chrUn_NW_026528347v1	12
chrUn_NW_026528350v1	13
chrUn_NW_026528353v1	37
chrUn_NW_026528356v1	16
chrUn_NW_026528358v1	4
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	183
chrUn_NW_026528370v1	159
chrUn_NW_026528371v1	809
chrUn_NW_026528372v1	325
chrUn_NW_026528373v1	849
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	5
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	19
chrUn_NW_026528385v1	18
chrUn_NW_026528390v1	21
chrUn_NW_026528393v1	7
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	14
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	4
chrUn_NW_026528412v1	11
chrUn_NW_026528413v1	3
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528423v1	49
chrUn_NW_026528431v1	226
chrUn_NW_026528432v1	433
chrUn_NW_026528433v1	2752
chrUn_NW_026528440v1	1
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	357
chrUn_NW_026528558v1	1540
chrUn_NW_026528559v1	41
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	12
chrUn_NW_026528589v1	16
chrUn_NW_026528590v1	1015
chrUn_NW_026528596v1	1740
chrUn_NW_026528609v1	18
chrUn_NW_026528611v1	7
chrUn_NW_026528615v1	6
chrUn_NW_026528621v1	179
chrUn_NW_026528631v1	59
chrUn_NW_026528634v1	170
chrUn_NW_026528635v1	5
chrUn_NW_026528644v1	7
chrUn_NW_026528650v1	11
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	15
chrUn_NW_026528668v1	20
chrUn_NW_026528677v1	22
chrUn_NW_026528708v1	7
chrUn_NW_026528719v1	550
chrUn_NW_026528737v1	41
chrUn_NW_026528739v1	4
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528748v1	3
chrUn_NW_026528750v1	9
chrUn_NW_026528754v1	5
chrUn_NW_026528755v1	101
chrUn_NW_026528772v1	12
chrUn_NW_026528775v1	15
chrUn_NW_026528777v1	3
chrUn_NW_026528784v1	10
chrUn_NW_026528785v1	10
chrUn_NW_026528786v1	9
chrUn_NW_026528788v1	3
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528793v1	127
chrUn_NW_026528795v1	103
chrUn_NW_026528796v1	321
chrUn_NW_026528797v1	3710
chrUn_NW_026528798v1	919
chrUn_NW_026528799v1	176
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	10
chrUn_NW_026528884v1	8
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	48
chrUn_NW_026528888v1	23
chrUn_NW_026528889v1	6
chrUn_NW_026528891v1	37
chrUn_NW_026528893v1	10
chrUn_NW_026528894v1	356
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	16
chrUn_NW_026528900v1	107
chrUn_NW_026528902v1	124
chrUn_NW_026528903v1	1129
chrUn_NW_026528917v1	247
chrUn_NW_026528926v1	106
chrUn_NW_026528928v1	899
chrUn_NW_026528937v1	45
chrUn_NW_026528938v1	3
chrUn_NW_026528950v1	8
chrUn_NW_026528952v1	9
chrUn_NW_026528957v1	841
chrUn_NW_026528960v1	183
chrUn_NW_026528975v1	163
chrUn_NW_026528984v1	34
chrUn_NW_026528985v1	4
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	85
chrUn_NW_026528989v1	8
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528996v1	15
chrUn_NW_026529007v1	385
chrUn_NW_026529008v1	4832
chrUn_NW_026529013v1	71
chrUn_NW_026529015v1	109
chrUn_NW_026529016v1	1061
chrUn_NW_026529060v1	1424
chrUn_NW_026529081v1	188
chrUn_NW_026529085v1	392
chrX	3726793
chrX_NW_026527892v1_random	322
chrX_NW_026527894v1_random	731
chrX_NW_026527897v1_random	124
chrY	19724
chrY_NW_026527911v1_random	25
chrY_NW_026527913v1_random	74
chrY_NW_026527914v1_random	600
chrY_NW_026527915v1_random	4
chrY_NW_026527919v1_random	24
chrY_NW_026527927v1_random	6
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	520
chrY_NW_026527939v1_random	30
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	1779
chrY_NW_026527950v1_random	1364
chrY_NW_026527951v1_random	106
chrY_NW_026527955v1_random	72
chrY_NW_026527956v1_random	2139
chrY_NW_026527958v1_random	1130
chrY_NW_026527960v1_random	124
chrY_NW_026527961v1_random	405
chrY_NW_026527966v1_random	8792
chrY_NW_026527967v1_random	120
chrY_NW_026527968v1_random	1029
chrY_NW_026527969v1_random	11
chrY_NW_026527980v1_random	76

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	149179129	1	5033	177.72	156

Files

Filename	Size	md5
P0052_1.h5ad.gz	1.41 GB	47e5dd5192cc08c15ad9a884846ff7ed
P0052_1.h5ad.gz.tbi	905.24 KB	6e4a7747969feb98004e317130fba7da
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	3a30f5c28cb4975a1954e301f00b5347
statistics/