Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0052_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0052_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0052_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0052_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGGATAAAGGAACCAA-P0052_1, TTCAACCGTAAGGTCC-P0052_1, GCGGATACAGCACCAT-P0052_1, TTTCCTGAGCTGTACG-P0052_1, CTGTGTGAGCTAAGTC-P0052_1 (top 5 of 6281 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
274,743,352
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 274743352
chr1 21941194
chr2 18501552
chr3 13597504
chr4 14897526
chr5 21866017
chr6 14487532
chr7 17952158
chr8 11086106
chr9 13473011
chr10 14485388
chr11 14512308
chr12 14364460
chr13 10711316
chr14 10377896
chr15 10507109
chr16 8476454
chr17 6348060
chr18 5137836
chr19 5669328
chr20 5512882
chr21 4131137
chr22 9546916
chrUn_NW_026528016v1 50
chrUn_NW_026528017v1 136
chrUn_NW_026528021v1 989
chrUn_NW_026528026v1 987
chrUn_NW_026528029v1 782
chrUn_NW_026528038v1 768
chrUn_NW_026528039v1 1143
chrUn_NW_026528065v1 413
chrUn_NW_026528075v1 351
chrUn_NW_026528103v1 76
chrUn_NW_026528123v1 13
chrUn_NW_026528125v1 148
chrUn_NW_026528140v1 1126
chrUn_NW_026528210v1 199
chrUn_NW_026528215v1 295
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 13
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 11
chrUn_NW_026528225v1 99
chrUn_NW_026528226v1 270
chrUn_NW_026528228v1 340
chrUn_NW_026528230v1 418
chrUn_NW_026528232v1 1530
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 715
chrUn_NW_026528285v1 78
chrUn_NW_026528292v1 29
chrUn_NW_026528295v1 470
chrUn_NW_026528296v1 20682
chrUn_NW_026528310v1 206
chrUn_NW_026528320v1 29
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 49
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 55
chrUn_NW_026528339v1 60
chrUn_NW_026528345v1 47
chrUn_NW_026528347v1 23
chrUn_NW_026528350v1 28
chrUn_NW_026528353v1 61
chrUn_NW_026528356v1 27
chrUn_NW_026528358v1 7
chrUn_NW_026528360v1 6
chrUn_NW_026528363v1 344
chrUn_NW_026528370v1 256
chrUn_NW_026528371v1 1416
chrUn_NW_026528372v1 604
chrUn_NW_026528373v1 1538
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 33
chrUn_NW_026528385v1 38
chrUn_NW_026528390v1 38
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 26
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 28
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 9
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 94
chrUn_NW_026528431v1 445
chrUn_NW_026528432v1 781
chrUn_NW_026528433v1 4620
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 663
chrUn_NW_026528558v1 3100
chrUn_NW_026528559v1 82
chrUn_NW_026528561v1 8
chrUn_NW_026528588v1 23
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1949
chrUn_NW_026528596v1 3387
chrUn_NW_026528609v1 27
chrUn_NW_026528611v1 18
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 352
chrUn_NW_026528631v1 112
chrUn_NW_026528634v1 318
chrUn_NW_026528635v1 10
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 26
chrUn_NW_026528668v1 33
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 34
chrUn_NW_026528708v1 17
chrUn_NW_026528719v1 1086
chrUn_NW_026528737v1 76
chrUn_NW_026528739v1 8
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 14
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 16
chrUn_NW_026528754v1 13
chrUn_NW_026528755v1 203
chrUn_NW_026528772v1 27
chrUn_NW_026528775v1 19
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 19
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 24
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528793v1 214
chrUn_NW_026528795v1 227
chrUn_NW_026528796v1 606
chrUn_NW_026528797v1 7134
chrUn_NW_026528798v1 1674
chrUn_NW_026528799v1 310
chrUn_NW_026528880v1 28
chrUn_NW_026528882v1 17
chrUn_NW_026528884v1 19
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 81
chrUn_NW_026528888v1 35
chrUn_NW_026528889v1 16
chrUn_NW_026528891v1 74
chrUn_NW_026528893v1 16
chrUn_NW_026528894v1 647
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 187
chrUn_NW_026528902v1 194
chrUn_NW_026528903v1 2010
chrUn_NW_026528917v1 437
chrUn_NW_026528926v1 196
chrUn_NW_026528928v1 1752
chrUn_NW_026528937v1 93
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 22
chrUn_NW_026528957v1 1729
chrUn_NW_026528960v1 365
chrUn_NW_026528975v1 357
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 166
chrUn_NW_026528989v1 16
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 28
chrUn_NW_026529007v1 697
chrUn_NW_026529008v1 8283
chrUn_NW_026529013v1 138
chrUn_NW_026529015v1 217
chrUn_NW_026529016v1 2137
chrUn_NW_026529060v1 2734
chrUn_NW_026529081v1 353
chrUn_NW_026529085v1 747
chrX 7002915
chrX_NW_026527892v1_random 643
chrX_NW_026527894v1_random 1399
chrX_NW_026527897v1_random 256
chrY 35544
chrY_NW_026527911v1_random 42
chrY_NW_026527913v1_random 151
chrY_NW_026527914v1_random 1052
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527919v1_random 33
chrY_NW_026527927v1_random 9
chrY_NW_026527932v1_random 24
chrY_NW_026527938v1_random 1010
chrY_NW_026527939v1_random 61
chrY_NW_026527942v1_random 4
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 3329
chrY_NW_026527950v1_random 2356
chrY_NW_026527951v1_random 190
chrY_NW_026527955v1_random 159
chrY_NW_026527956v1_random 2930
chrY_NW_026527958v1_random 1514
chrY_NW_026527960v1_random 224
chrY_NW_026527961v1_random 744
chrY_NW_026527966v1_random 13701
chrY_NW_026527967v1_random 241
chrY_NW_026527968v1_random 1954
chrY_NW_026527969v1_random 19
chrY_NW_026527980v1_random 139

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 274743352 1 5041 178.24 157
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0052_1.gz 2.57 GB c64b7d349de49bddeb6e21ceacf99f5c
P0052_1.gz.tbi 1.15 MB b39ae38414d69f8fca753bbfa38add96
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 46f62fbbb2d66c18228e73140dd5dbea
statistics/