Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0052_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0052_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0052_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0052_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AAGCATGAGGTGTTAC-P0052_2, CTATTGAAGAGGAAGG-P0052_2, TTGTGTGCAAGGTCGA-P0052_2, TTTGACCGTCAGGAAG-P0052_2, CATTCATTCTCTAGCC-P0052_2 (top 5 of 5295 values)
count	int	count			[1, 1]	n 150,106,154 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	150106154
chr1	12098301
chr2	9981368
chr3	7216698
chr4	7998909
chr5	12282282
chr6	7852618
chr7	9819716
chr8	6014951
chr9	7324383
chr10	7950383
chr11	7985318
chr12	7986825
chr13	5795694
chr14	5637253
chr15	5785501
chr16	4560964
chr17	3434085
chr18	2812584
chr19	3091662
chr20	3075860
chr21	2202615
chr22	5417725
chrUn_NW_026528016v1	21
chrUn_NW_026528017v1	55
chrUn_NW_026528021v1	658
chrUn_NW_026528026v1	409
chrUn_NW_026528029v1	410
chrUn_NW_026528038v1	430
chrUn_NW_026528039v1	648
chrUn_NW_026528065v1	186
chrUn_NW_026528075v1	177
chrUn_NW_026528103v1	32
chrUn_NW_026528123v1	4
chrUn_NW_026528125v1	48
chrUn_NW_026528140v1	663
chrUn_NW_026528210v1	85
chrUn_NW_026528215v1	132
chrUn_NW_026528218v1	7
chrUn_NW_026528219v1	13
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	6
chrUn_NW_026528225v1	41
chrUn_NW_026528226v1	166
chrUn_NW_026528228v1	131
chrUn_NW_026528230v1	256
chrUn_NW_026528232v1	834
chrUn_NW_026528259v1	3
chrUn_NW_026528278v1	420
chrUn_NW_026528285v1	49
chrUn_NW_026528292v1	13
chrUn_NW_026528295v1	212
chrUn_NW_026528296v1	11672
chrUn_NW_026528310v1	118
chrUn_NW_026528320v1	22
chrUn_NW_026528327v1	6
chrUn_NW_026528332v1	16
chrUn_NW_026528335v1	8
chrUn_NW_026528338v1	28
chrUn_NW_026528339v1	24
chrUn_NW_026528345v1	16
chrUn_NW_026528347v1	7
chrUn_NW_026528350v1	25
chrUn_NW_026528353v1	36
chrUn_NW_026528356v1	15
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528360v1	6
chrUn_NW_026528363v1	200
chrUn_NW_026528370v1	136
chrUn_NW_026528371v1	793
chrUn_NW_026528372v1	296
chrUn_NW_026528373v1	921
chrUn_NW_026528378v1	6
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	15
chrUn_NW_026528385v1	19
chrUn_NW_026528390v1	18
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	12
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	7
chrUn_NW_026528412v1	6
chrUn_NW_026528413v1	5
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528423v1	38
chrUn_NW_026528431v1	250
chrUn_NW_026528432v1	428
chrUn_NW_026528433v1	2643
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528480v1	324
chrUn_NW_026528558v1	1354
chrUn_NW_026528559v1	50
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	14
chrUn_NW_026528590v1	905
chrUn_NW_026528596v1	1730
chrUn_NW_026528609v1	13
chrUn_NW_026528611v1	13
chrUn_NW_026528615v1	6
chrUn_NW_026528621v1	184
chrUn_NW_026528631v1	59
chrUn_NW_026528634v1	162
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	5
chrUn_NW_026528650v1	12
chrUn_NW_026528656v1	5
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	15
chrUn_NW_026528668v1	6
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	28
chrUn_NW_026528708v1	10
chrUn_NW_026528719v1	458
chrUn_NW_026528737v1	35
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	11
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	67
chrUn_NW_026528772v1	16
chrUn_NW_026528775v1	14
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	10
chrUn_NW_026528785v1	7
chrUn_NW_026528786v1	17
chrUn_NW_026528788v1	7
chrUn_NW_026528793v1	109
chrUn_NW_026528795v1	104
chrUn_NW_026528796v1	300
chrUn_NW_026528797v1	3721
chrUn_NW_026528798v1	897
chrUn_NW_026528799v1	166
chrUn_NW_026528880v1	19
chrUn_NW_026528882v1	11
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	10
chrUn_NW_026528885v1	8
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	34
chrUn_NW_026528888v1	14
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	38
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	281
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	15
chrUn_NW_026528900v1	86
chrUn_NW_026528902v1	95
chrUn_NW_026528903v1	1114
chrUn_NW_026528917v1	237
chrUn_NW_026528926v1	95
chrUn_NW_026528928v1	752
chrUn_NW_026528937v1	51
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	14
chrUn_NW_026528952v1	14
chrUn_NW_026528957v1	643
chrUn_NW_026528960v1	183
chrUn_NW_026528975v1	156
chrUn_NW_026528984v1	45
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	6
chrUn_NW_026528988v1	80
chrUn_NW_026528989v1	10
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	34
chrUn_NW_026529007v1	410
chrUn_NW_026529008v1	4962
chrUn_NW_026529013v1	54
chrUn_NW_026529015v1	118
chrUn_NW_026529016v1	1002
chrUn_NW_026529060v1	1360
chrUn_NW_026529081v1	170
chrUn_NW_026529085v1	399
chrX	3695702
chrX_NW_026527892v1_random	351
chrX_NW_026527894v1_random	852
chrX_NW_026527897v1_random	136
chrY	19790
chrY_NW_026527911v1_random	19
chrY_NW_026527913v1_random	77
chrY_NW_026527914v1_random	629
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	24
chrY_NW_026527927v1_random	6
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	500
chrY_NW_026527939v1_random	29
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	1823
chrY_NW_026527950v1_random	1304
chrY_NW_026527951v1_random	107
chrY_NW_026527955v1_random	79
chrY_NW_026527956v1_random	1658
chrY_NW_026527958v1_random	875
chrY_NW_026527960v1_random	119
chrY_NW_026527961v1_random	376
chrY_NW_026527966v1_random	7559
chrY_NW_026527967v1_random	125
chrY_NW_026527968v1_random	878
chrY_NW_026527969v1_random	16
chrY_NW_026527980v1_random	67

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	150106154	1	5034	174.13	151

Files

Filename	Size	md5
P0052_2.h5ad.gz	1.44 GB	64387c840473e64051be746889374cc0
P0052_2.h5ad.gz.tbi	916.88 KB	aa2ec87838602aa58af1b05c3ec4efb8
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	fe3a9a629d2113df1b7cde5fd1a2641d
statistics/