Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0053_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0053_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0053_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0053_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TTTGCATTCGGTCAGC-P0053_1, GTCCATTGTCCTTCTC-P0053_1, CCGCTAGCAACAGCCT-P0053_1, ACCATTAAGCGCCTTT-P0053_1, TTCACTGTCCAAACAC-P0053_1 (top 5 of 2077 values)
count	int	count			[1, 1]	n 64,945,910 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	64945910
chr1	5145787
chr2	4251354
chr3	3268893
chr4	3578250
chr5	5157527
chr6	3435697
chr7	4168099
chr8	2550084
chr9	3083677
chr10	3423494
chr11	3442466
chr12	3335803
chr13	2486936
chr14	2453149
chr15	2494970
chr16	2008755
chr17	1569112
chr18	1240753
chr19	1377439
chr20	1292251
chr21	959755
chr22	2540025
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	27
chrUn_NW_026528021v1	213
chrUn_NW_026528026v1	270
chrUn_NW_026528029v1	193
chrUn_NW_026528038v1	102
chrUn_NW_026528039v1	205
chrUn_NW_026528065v1	147
chrUn_NW_026528075v1	93
chrUn_NW_026528103v1	24
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	21
chrUn_NW_026528140v1	326
chrUn_NW_026528210v1	59
chrUn_NW_026528215v1	59
chrUn_NW_026528218v1	4
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	23
chrUn_NW_026528226v1	53
chrUn_NW_026528228v1	66
chrUn_NW_026528230v1	78
chrUn_NW_026528232v1	207
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	207
chrUn_NW_026528285v1	11
chrUn_NW_026528292v1	3
chrUn_NW_026528295v1	116
chrUn_NW_026528296v1	4441
chrUn_NW_026528310v1	57
chrUn_NW_026528320v1	12
chrUn_NW_026528327v1	6
chrUn_NW_026528332v1	22
chrUn_NW_026528335v1	4
chrUn_NW_026528338v1	14
chrUn_NW_026528339v1	15
chrUn_NW_026528345v1	5
chrUn_NW_026528347v1	8
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	12
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	106
chrUn_NW_026528370v1	87
chrUn_NW_026528371v1	250
chrUn_NW_026528372v1	128
chrUn_NW_026528373v1	299
chrUn_NW_026528384v1	6
chrUn_NW_026528385v1	12
chrUn_NW_026528390v1	11
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528397v1	7
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	2
chrUn_NW_026528412v1	10
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528423v1	26
chrUn_NW_026528431v1	155
chrUn_NW_026528432v1	213
chrUn_NW_026528433v1	2085
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	141
chrUn_NW_026528558v1	678
chrUn_NW_026528559v1	20
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	4
chrUn_NW_026528589v1	4
chrUn_NW_026528590v1	434
chrUn_NW_026528596v1	735
chrUn_NW_026528609v1	5
chrUn_NW_026528611v1	5
chrUn_NW_026528615v1	4
chrUn_NW_026528621v1	47
chrUn_NW_026528631v1	16
chrUn_NW_026528634v1	79
chrUn_NW_026528635v1	1
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	8
chrUn_NW_026528661v1	15
chrUn_NW_026528668v1	2
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	4
chrUn_NW_026528708v1	7
chrUn_NW_026528719v1	228
chrUn_NW_026528737v1	15
chrUn_NW_026528739v1	3
chrUn_NW_026528745v1	6
chrUn_NW_026528748v1	3
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	40
chrUn_NW_026528772v1	6
chrUn_NW_026528775v1	3
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	5
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	3
chrUn_NW_026528788v1	5
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	67
chrUn_NW_026528795v1	73
chrUn_NW_026528796v1	204
chrUn_NW_026528797v1	2711
chrUn_NW_026528798v1	428
chrUn_NW_026528799v1	46
chrUn_NW_026528880v1	8
chrUn_NW_026528882v1	5
chrUn_NW_026528884v1	1
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	18
chrUn_NW_026528888v1	5
chrUn_NW_026528889v1	1
chrUn_NW_026528891v1	21
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	165
chrUn_NW_026528899v1	8
chrUn_NW_026528900v1	31
chrUn_NW_026528902v1	56
chrUn_NW_026528903v1	328
chrUn_NW_026528917v1	92
chrUn_NW_026528926v1	39
chrUn_NW_026528928v1	400
chrUn_NW_026528937v1	20
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	5
chrUn_NW_026528952v1	11
chrUn_NW_026528957v1	341
chrUn_NW_026528960v1	70
chrUn_NW_026528975v1	73
chrUn_NW_026528984v1	13
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	31
chrUn_NW_026528989v1	3
chrUn_NW_026528996v1	8
chrUn_NW_026529007v1	160
chrUn_NW_026529008v1	1721
chrUn_NW_026529013v1	29
chrUn_NW_026529015v1	58
chrUn_NW_026529016v1	463
chrUn_NW_026529060v1	479
chrUn_NW_026529081v1	80
chrUn_NW_026529085v1	172
chrX	1635497
chrX_NW_026527892v1_random	157
chrX_NW_026527894v1_random	178
chrX_NW_026527897v1_random	64
chrY	6868
chrY_NW_026527911v1_random	7
chrY_NW_026527913v1_random	15
chrY_NW_026527914v1_random	181
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	8
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	3
chrY_NW_026527938v1_random	256
chrY_NW_026527939v1_random	6
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	740
chrY_NW_026527950v1_random	539
chrY_NW_026527951v1_random	50
chrY_NW_026527955v1_random	21
chrY_NW_026527956v1_random	2914
chrY_NW_026527958v1_random	1703
chrY_NW_026527960v1_random	43
chrY_NW_026527961v1_random	131
chrY_NW_026527966v1_random	10137
chrY_NW_026527967v1_random	68
chrY_NW_026527968v1_random	452
chrY_NW_026527969v1_random	3
chrY_NW_026527980v1_random	36

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	64945910	1	5039	173.28	155

Files

Filename	Size	md5
P0053_1.h5ad.gz	621.51 MB	465871b10c187662926113984edb51cb
P0053_1.h5ad.gz.tbi	644.5 KB	228af83e9a923acdca506c352d8852d8
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	b662e2e1690c9879a11cd31d38ae3d91
statistics/