Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0053_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0053_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0053_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0053_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GAGAACCAGCGCAATT-P0053_1, ACGACTTAGTAGCCAT-P0053_1, TGAGAACCACTTCACT-P0053_1, GGCTTCAAGTTAACCA-P0053_1, CTCACACTCCTCGATC-P0053_1 (top 5 of 3276 values)
count	int	count			[1, 1]	n 171,619,871 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	171619871
chr1	13549558
chr2	11591404
chr3	8985965
chr4	9668150
chr5	13039709
chr6	9203005
chr7	10983996
chr8	7054377
chr9	8448069
chr10	9044165
chr11	8868618
chr12	8799467
chr13	6792285
chr14	6489015
chr15	6497832
chr16	5410771
chr17	4238369
chr18	3223009
chr19	3634634
chr20	3321278
chr21	2583237
chr22	5598368
chrUn_NW_026528016v1	30
chrUn_NW_026528017v1	77
chrUn_NW_026528021v1	893
chrUn_NW_026528026v1	622
chrUn_NW_026528029v1	405
chrUn_NW_026528038v1	448
chrUn_NW_026528039v1	597
chrUn_NW_026528065v1	278
chrUn_NW_026528075v1	231
chrUn_NW_026528103v1	51
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	63
chrUn_NW_026528140v1	768
chrUn_NW_026528210v1	155
chrUn_NW_026528215v1	252
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	6
chrUn_NW_026528219v1	9
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	6
chrUn_NW_026528225v1	71
chrUn_NW_026528226v1	84
chrUn_NW_026528228v1	198
chrUn_NW_026528230v1	240
chrUn_NW_026528232v1	1188
chrUn_NW_026528259v1	9
chrUn_NW_026528278v1	499
chrUn_NW_026528285v1	32
chrUn_NW_026528292v1	8
chrUn_NW_026528295v1	259
chrUn_NW_026528296v1	10868
chrUn_NW_026528310v1	130
chrUn_NW_026528320v1	27
chrUn_NW_026528327v1	15
chrUn_NW_026528332v1	51
chrUn_NW_026528335v1	9
chrUn_NW_026528338v1	31
chrUn_NW_026528339v1	40
chrUn_NW_026528345v1	14
chrUn_NW_026528347v1	13
chrUn_NW_026528350v1	21
chrUn_NW_026528353v1	29
chrUn_NW_026528356v1	32
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	3
chrUn_NW_026528363v1	237
chrUn_NW_026528370v1	174
chrUn_NW_026528371v1	725
chrUn_NW_026528372v1	433
chrUn_NW_026528373v1	822
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	6
chrUn_NW_026528381v1	2
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	22
chrUn_NW_026528385v1	34
chrUn_NW_026528390v1	26
chrUn_NW_026528393v1	5
chrUn_NW_026528396v1	3
chrUn_NW_026528397v1	19
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528404v1	2
chrUn_NW_026528408v1	6
chrUn_NW_026528409v1	9
chrUn_NW_026528412v1	18
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	2
chrUn_NW_026528423v1	47
chrUn_NW_026528431v1	554
chrUn_NW_026528432v1	427
chrUn_NW_026528433v1	3819
chrUn_NW_026528440v1	5
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	441
chrUn_NW_026528558v1	1676
chrUn_NW_026528559v1	56
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	14
chrUn_NW_026528589v1	20
chrUn_NW_026528590v1	1418
chrUn_NW_026528596v1	2454
chrUn_NW_026528609v1	32
chrUn_NW_026528611v1	18
chrUn_NW_026528615v1	18
chrUn_NW_026528621v1	169
chrUn_NW_026528631v1	45
chrUn_NW_026528634v1	189
chrUn_NW_026528635v1	3
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	20
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	23
chrUn_NW_026528668v1	9
chrUn_NW_026528670v1	4
chrUn_NW_026528677v1	11
chrUn_NW_026528708v1	13
chrUn_NW_026528719v1	598
chrUn_NW_026528737v1	27
chrUn_NW_026528739v1	7
chrUn_NW_026528745v1	19
chrUn_NW_026528748v1	3
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	10
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	7
chrUn_NW_026528755v1	126
chrUn_NW_026528772v1	23
chrUn_NW_026528775v1	10
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	15
chrUn_NW_026528785v1	9
chrUn_NW_026528786v1	18
chrUn_NW_026528788v1	11
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	3
chrUn_NW_026528793v1	194
chrUn_NW_026528795v1	145
chrUn_NW_026528796v1	478
chrUn_NW_026528797v1	5978
chrUn_NW_026528798v1	1023
chrUn_NW_026528799v1	176
chrUn_NW_026528880v1	21
chrUn_NW_026528882v1	17
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	9
chrUn_NW_026528885v1	6
chrUn_NW_026528887v1	50
chrUn_NW_026528888v1	20
chrUn_NW_026528889v1	8
chrUn_NW_026528891v1	49
chrUn_NW_026528893v1	10
chrUn_NW_026528894v1	444
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	14
chrUn_NW_026528900v1	106
chrUn_NW_026528902v1	140
chrUn_NW_026528903v1	1225
chrUn_NW_026528917v1	343
chrUn_NW_026528926v1	107
chrUn_NW_026528928v1	1003
chrUn_NW_026528937v1	59
chrUn_NW_026528938v1	7
chrUn_NW_026528950v1	16
chrUn_NW_026528952v1	18
chrUn_NW_026528957v1	912
chrUn_NW_026528960v1	255
chrUn_NW_026528975v1	208
chrUn_NW_026528984v1	48
chrUn_NW_026528985v1	5
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	13
chrUn_NW_026528988v1	95
chrUn_NW_026528989v1	15
chrUn_NW_026528990v1	1
chrUn_NW_026528996v1	26
chrUn_NW_026529007v1	439
chrUn_NW_026529008v1	4896
chrUn_NW_026529013v1	78
chrUn_NW_026529015v1	130
chrUn_NW_026529016v1	1230
chrUn_NW_026529060v1	1396
chrUn_NW_026529081v1	252
chrUn_NW_026529085v1	520
chrX	4494343
chrX_NW_026527892v1_random	504
chrX_NW_026527894v1_random	645
chrX_NW_026527897v1_random	200
chrY	17630
chrY_NW_026527911v1_random	17
chrY_NW_026527913v1_random	60
chrY_NW_026527914v1_random	553
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	29
chrY_NW_026527927v1_random	6
chrY_NW_026527932v1_random	13
chrY_NW_026527938v1_random	644
chrY_NW_026527939v1_random	31
chrY_NW_026527942v1_random	6
chrY_NW_026527949v1_random	1989
chrY_NW_026527950v1_random	1092
chrY_NW_026527951v1_random	124
chrY_NW_026527955v1_random	75
chrY_NW_026527956v1_random	3345
chrY_NW_026527958v1_random	1906
chrY_NW_026527960v1_random	92
chrY_NW_026527961v1_random	261
chrY_NW_026527966v1_random	13527
chrY_NW_026527967v1_random	174
chrY_NW_026527968v1_random	1305
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	84

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	171619871	1	5040	174.99	157

Files

Filename	Size	md5
P0053_1.gz	1.59 GB	a9eca73b8e7893cc807c5aa204242b17
P0053_1.gz.tbi	957.2 KB	af02b04b7112cff2ac10a7f59f3585d6
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	16e49e65b6e5111e50d827e9034cbb59
statistics/