Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0053_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0053_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0053_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0053_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GAGGCTTGTGAACAAA-P0053_2, TAGTAGGAGAGCCGCT-P0053_2, CTAGTCGAGGAACCAA-P0053_2, AAGTGCAAGCATTATG-P0053_2, CCTGGTAAGGAGGGTT-P0053_2 (top 5 of 1406 values)
count	int	count			[1, 1]	n 51,831,336 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	51831336
chr1	4135303
chr2	3428204
chr3	2639581
chr4	2882266
chr5	4095949
chr6	2731899
chr7	3329387
chr8	2090379
chr9	2463206
chr10	2719579
chr11	2720173
chr12	2688257
chr13	2047379
chr14	1934592
chr15	2010994
chr16	1567328
chr17	1234737
chr18	987748
chr19	1074813
chr20	1012175
chr21	761201
chr22	1932321
chrUn_NW_026528016v1	4
chrUn_NW_026528017v1	21
chrUn_NW_026528021v1	184
chrUn_NW_026528026v1	190
chrUn_NW_026528029v1	133
chrUn_NW_026528038v1	94
chrUn_NW_026528039v1	175
chrUn_NW_026528065v1	90
chrUn_NW_026528075v1	51
chrUn_NW_026528103v1	11
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	25
chrUn_NW_026528140v1	259
chrUn_NW_026528210v1	37
chrUn_NW_026528215v1	45
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	14
chrUn_NW_026528226v1	30
chrUn_NW_026528228v1	45
chrUn_NW_026528230v1	56
chrUn_NW_026528232v1	201
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	157
chrUn_NW_026528285v1	11
chrUn_NW_026528292v1	3
chrUn_NW_026528295v1	58
chrUn_NW_026528296v1	3097
chrUn_NW_026528310v1	32
chrUn_NW_026528320v1	8
chrUn_NW_026528327v1	10
chrUn_NW_026528332v1	9
chrUn_NW_026528335v1	7
chrUn_NW_026528338v1	18
chrUn_NW_026528339v1	5
chrUn_NW_026528345v1	6
chrUn_NW_026528347v1	6
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	19
chrUn_NW_026528356v1	7
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	73
chrUn_NW_026528370v1	59
chrUn_NW_026528371v1	233
chrUn_NW_026528372v1	93
chrUn_NW_026528373v1	213
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	13
chrUn_NW_026528385v1	10
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	1
chrUn_NW_026528397v1	7
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528423v1	22
chrUn_NW_026528431v1	143
chrUn_NW_026528432v1	167
chrUn_NW_026528433v1	1364
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	109
chrUn_NW_026528558v1	514
chrUn_NW_026528559v1	12
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528589v1	6
chrUn_NW_026528590v1	309
chrUn_NW_026528596v1	577
chrUn_NW_026528609v1	8
chrUn_NW_026528611v1	2
chrUn_NW_026528615v1	3
chrUn_NW_026528621v1	54
chrUn_NW_026528631v1	10
chrUn_NW_026528634v1	47
chrUn_NW_026528635v1	1
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	3
chrUn_NW_026528668v1	2
chrUn_NW_026528677v1	5
chrUn_NW_026528708v1	4
chrUn_NW_026528719v1	156
chrUn_NW_026528737v1	12
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528754v1	1
chrUn_NW_026528755v1	40
chrUn_NW_026528772v1	1
chrUn_NW_026528775v1	2
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	2
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	2
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528793v1	53
chrUn_NW_026528795v1	61
chrUn_NW_026528796v1	183
chrUn_NW_026528797v1	2249
chrUn_NW_026528798v1	352
chrUn_NW_026528799v1	62
chrUn_NW_026528880v1	6
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528884v1	3
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528887v1	17
chrUn_NW_026528888v1	4
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	9
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	97
chrUn_NW_026528899v1	5
chrUn_NW_026528900v1	23
chrUn_NW_026528902v1	49
chrUn_NW_026528903v1	311
chrUn_NW_026528917v1	80
chrUn_NW_026528926v1	34
chrUn_NW_026528928v1	317
chrUn_NW_026528937v1	12
chrUn_NW_026528938v1	3
chrUn_NW_026528950v1	10
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	245
chrUn_NW_026528960v1	56
chrUn_NW_026528975v1	63
chrUn_NW_026528984v1	12
chrUn_NW_026528985v1	1
chrUn_NW_026528987v1	3
chrUn_NW_026528988v1	27
chrUn_NW_026528989v1	1
chrUn_NW_026528996v1	6
chrUn_NW_026529007v1	147
chrUn_NW_026529008v1	1473
chrUn_NW_026529013v1	21
chrUn_NW_026529015v1	41
chrUn_NW_026529016v1	331
chrUn_NW_026529060v1	396
chrUn_NW_026529081v1	66
chrUn_NW_026529085v1	159
chrX	1310309
chrX_NW_026527892v1_random	131
chrX_NW_026527894v1_random	173
chrX_NW_026527897v1_random	46
chrY	5659
chrY_NW_026527911v1_random	7
chrY_NW_026527913v1_random	12
chrY_NW_026527914v1_random	174
chrY_NW_026527919v1_random	4
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	161
chrY_NW_026527939v1_random	9
chrY_NW_026527949v1_random	565
chrY_NW_026527950v1_random	380
chrY_NW_026527951v1_random	44
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	1748
chrY_NW_026527958v1_random	998
chrY_NW_026527960v1_random	27
chrY_NW_026527961v1_random	89
chrY_NW_026527966v1_random	6408
chrY_NW_026527967v1_random	55
chrY_NW_026527968v1_random	342
chrY_NW_026527969v1_random	3
chrY_NW_026527980v1_random	26

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	51831336	1	5024	172.78	157

Files

Filename	Size	md5
P0053_2.h5ad.gz	488.52 MB	dbf047b1ef651fd7efb4857bbee1e39a
P0053_2.h5ad.gz.tbi	606.97 KB	763e916e36545ab522836547d9969ade
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	c4862c35c1570ef6b5328481f119bd30
statistics/