Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0053_2content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0053_2
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0053_2 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0053_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GATGCATTCAGGGCCT-P0053_2, CATCCTCAGAGGAAGG-P0053_2, CAGCTCAAGGAGTCGG-P0053_2, GGGATTAAGTTTGCGG-P0053_2, CAAAGGATCTGCAACG-P0053_2 (top 5 of 2694 values)
count	int	count			[1, 1]	n 162,953,370 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	162953370
chr1	12914052
chr2	11158685
chr3	8638865
chr4	9223163
chr5	12279495
chr6	8646862
chr7	10393458
chr8	6753678
chr9	8070290
chr10	8602651
chr11	8410500
chr12	8358706
chr13	6566237
chr14	6154671
chr15	6227604
chr16	5061875
chr17	4012562
chr18	3032329
chr19	3435158
chr20	3088125
chr21	2476025
chr22	5109378
chrUn_NW_026528016v1	19
chrUn_NW_026528017v1	53
chrUn_NW_026528021v1	848
chrUn_NW_026528026v1	549
chrUn_NW_026528029v1	367
chrUn_NW_026528038v1	439
chrUn_NW_026528039v1	648
chrUn_NW_026528065v1	222
chrUn_NW_026528075v1	154
chrUn_NW_026528103v1	39
chrUn_NW_026528123v1	3
chrUn_NW_026528125v1	74
chrUn_NW_026528140v1	705
chrUn_NW_026528210v1	112
chrUn_NW_026528215v1	272
chrUn_NW_026528217v1	5
chrUn_NW_026528218v1	6
chrUn_NW_026528219v1	15
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	68
chrUn_NW_026528226v1	62
chrUn_NW_026528228v1	182
chrUn_NW_026528230v1	253
chrUn_NW_026528232v1	1287
chrUn_NW_026528259v1	3
chrUn_NW_026528278v1	450
chrUn_NW_026528285v1	35
chrUn_NW_026528292v1	15
chrUn_NW_026528295v1	206
chrUn_NW_026528296v1	9744
chrUn_NW_026528310v1	108
chrUn_NW_026528320v1	18
chrUn_NW_026528327v1	18
chrUn_NW_026528332v1	40
chrUn_NW_026528335v1	11
chrUn_NW_026528338v1	34
chrUn_NW_026528339v1	31
chrUn_NW_026528345v1	14
chrUn_NW_026528347v1	10
chrUn_NW_026528350v1	19
chrUn_NW_026528353v1	43
chrUn_NW_026528356v1	31
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	4
chrUn_NW_026528363v1	198
chrUn_NW_026528370v1	151
chrUn_NW_026528371v1	726
chrUn_NW_026528372v1	344
chrUn_NW_026528373v1	810
chrUn_NW_026528378v1	6
chrUn_NW_026528380v1	8
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	3
chrUn_NW_026528384v1	22
chrUn_NW_026528385v1	32
chrUn_NW_026528390v1	23
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	16
chrUn_NW_026528402v1	7
chrUn_NW_026528403v1	6
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	7
chrUn_NW_026528412v1	13
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528416v1	6
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	48
chrUn_NW_026528431v1	579
chrUn_NW_026528432v1	367
chrUn_NW_026528433v1	3235
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528471v1	5
chrUn_NW_026528480v1	350
chrUn_NW_026528558v1	1496
chrUn_NW_026528559v1	55
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	8
chrUn_NW_026528589v1	19
chrUn_NW_026528590v1	1327
chrUn_NW_026528596v1	2280
chrUn_NW_026528609v1	17
chrUn_NW_026528611v1	15
chrUn_NW_026528615v1	8
chrUn_NW_026528621v1	174
chrUn_NW_026528631v1	48
chrUn_NW_026528634v1	156
chrUn_NW_026528635v1	3
chrUn_NW_026528644v1	4
chrUn_NW_026528650v1	16
chrUn_NW_026528661v1	11
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	25
chrUn_NW_026528708v1	8
chrUn_NW_026528719v1	531
chrUn_NW_026528737v1	28
chrUn_NW_026528739v1	3
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	3
chrUn_NW_026528745v1	16
chrUn_NW_026528748v1	3
chrUn_NW_026528750v1	10
chrUn_NW_026528754v1	5
chrUn_NW_026528755v1	127
chrUn_NW_026528772v1	18
chrUn_NW_026528775v1	7
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	11
chrUn_NW_026528785v1	11
chrUn_NW_026528786v1	12
chrUn_NW_026528788v1	10
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	142
chrUn_NW_026528795v1	172
chrUn_NW_026528796v1	451
chrUn_NW_026528797v1	5767
chrUn_NW_026528798v1	926
chrUn_NW_026528799v1	179
chrUn_NW_026528880v1	19
chrUn_NW_026528882v1	10
chrUn_NW_026528884v1	7
chrUn_NW_026528885v1	5
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	36
chrUn_NW_026528888v1	17
chrUn_NW_026528889v1	13
chrUn_NW_026528891v1	36
chrUn_NW_026528893v1	8
chrUn_NW_026528894v1	314
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	17
chrUn_NW_026528900v1	108
chrUn_NW_026528902v1	124
chrUn_NW_026528903v1	1249
chrUn_NW_026528917v1	330
chrUn_NW_026528926v1	111
chrUn_NW_026528928v1	844
chrUn_NW_026528937v1	34
chrUn_NW_026528938v1	12
chrUn_NW_026528950v1	18
chrUn_NW_026528952v1	10
chrUn_NW_026528957v1	723
chrUn_NW_026528960v1	229
chrUn_NW_026528975v1	168
chrUn_NW_026528984v1	46
chrUn_NW_026528985v1	7
chrUn_NW_026528986v1	4
chrUn_NW_026528987v1	6
chrUn_NW_026528988v1	118
chrUn_NW_026528989v1	19
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528996v1	31
chrUn_NW_026529007v1	437
chrUn_NW_026529008v1	4420
chrUn_NW_026529013v1	60
chrUn_NW_026529015v1	127
chrUn_NW_026529016v1	951
chrUn_NW_026529060v1	1586
chrUn_NW_026529081v1	258
chrUn_NW_026529085v1	496
chrX	4250058
chrX_NW_026527892v1_random	497
chrX_NW_026527894v1_random	705
chrX_NW_026527897v1_random	183
chrY	16642
chrY_NW_026527911v1_random	18
chrY_NW_026527913v1_random	51
chrY_NW_026527914v1_random	521
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	19
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	9
chrY_NW_026527938v1_random	533
chrY_NW_026527939v1_random	31
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527949v1_random	1860
chrY_NW_026527950v1_random	999
chrY_NW_026527951v1_random	134
chrY_NW_026527955v1_random	66
chrY_NW_026527956v1_random	2267
chrY_NW_026527958v1_random	1258
chrY_NW_026527960v1_random	83
chrY_NW_026527961v1_random	230
chrY_NW_026527966v1_random	10046
chrY_NW_026527967v1_random	156
chrY_NW_026527968v1_random	1223
chrY_NW_026527969v1_random	5
chrY_NW_026527980v1_random	65

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	162953370	1	5041	173.78	157

Files

Filename	Size	md5
P0053_2.gz	1.51 GB	a27d31ef7f42fbe50eb47b283db2fd81
P0053_2.gz.tbi	940.67 KB	f269b89c5d3b2fb8c340e693fbabd803
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	6555cc6ffbeac64ea1da5092921a5544
statistics/