Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0056_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0056_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0056_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0056_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AACATCATCCTTAGGG-P0056_1, AAGCGAATCCCTGGAA-P0056_1, GCCTTAGAGGCGCACT-P0056_1, CACAATATCCAAGTTA-P0056_1, TTTCTCACAATGAATG-P0056_1 (top 5 of 2693 values)
count	int	count			[1, 1]	n 82,652,273 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	82652273
chr1	6567571
chr2	5551755
chr3	4203860
chr4	4528862
chr5	6506809
chr6	4370347
chr7	5262895
chr8	3338525
chr9	4063857
chr10	4393098
chr11	4280922
chr12	4241174
chr13	3205829
chr14	3096043
chr15	3192634
chr16	2571616
chr17	1915033
chr18	1541476
chr19	1646577
chr20	1574506
chr21	1248307
chr22	2966225
chrUn_NW_026528016v1	18
chrUn_NW_026528017v1	40
chrUn_NW_026528021v1	261
chrUn_NW_026528026v1	435
chrUn_NW_026528029v1	257
chrUn_NW_026528038v1	276
chrUn_NW_026528039v1	376
chrUn_NW_026528065v1	121
chrUn_NW_026528075v1	192
chrUn_NW_026528103v1	44
chrUn_NW_026528123v1	4
chrUn_NW_026528125v1	72
chrUn_NW_026528140v1	236
chrUn_NW_026528210v1	73
chrUn_NW_026528215v1	91
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	25
chrUn_NW_026528226v1	58
chrUn_NW_026528228v1	130
chrUn_NW_026528230v1	103
chrUn_NW_026528232v1	685
chrUn_NW_026528259v1	3
chrUn_NW_026528278v1	190
chrUn_NW_026528285v1	17
chrUn_NW_026528292v1	14
chrUn_NW_026528295v1	233
chrUn_NW_026528296v1	4787
chrUn_NW_026528310v1	56
chrUn_NW_026528320v1	26
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	14
chrUn_NW_026528335v1	7
chrUn_NW_026528338v1	20
chrUn_NW_026528339v1	32
chrUn_NW_026528345v1	17
chrUn_NW_026528347v1	5
chrUn_NW_026528350v1	9
chrUn_NW_026528353v1	20
chrUn_NW_026528356v1	20
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	3
chrUn_NW_026528363v1	99
chrUn_NW_026528370v1	55
chrUn_NW_026528371v1	318
chrUn_NW_026528372v1	247
chrUn_NW_026528373v1	502
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528382v1	4
chrUn_NW_026528384v1	5
chrUn_NW_026528385v1	17
chrUn_NW_026528390v1	10
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	10
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	10
chrUn_NW_026528412v1	10
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528423v1	33
chrUn_NW_026528431v1	157
chrUn_NW_026528432v1	248
chrUn_NW_026528433v1	1592
chrUn_NW_026528440v1	6
chrUn_NW_026528480v1	374
chrUn_NW_026528558v1	1722
chrUn_NW_026528559v1	39
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	755
chrUn_NW_026528596v1	1508
chrUn_NW_026528609v1	14
chrUn_NW_026528611v1	5
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	128
chrUn_NW_026528631v1	29
chrUn_NW_026528634v1	93
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	9
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528661v1	13
chrUn_NW_026528668v1	8
chrUn_NW_026528677v1	10
chrUn_NW_026528708v1	9
chrUn_NW_026528719v1	582
chrUn_NW_026528737v1	20
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528745v1	8
chrUn_NW_026528748v1	1
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	11
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	93
chrUn_NW_026528772v1	10
chrUn_NW_026528775v1	8
chrUn_NW_026528777v1	5
chrUn_NW_026528784v1	5
chrUn_NW_026528785v1	7
chrUn_NW_026528786v1	7
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	49
chrUn_NW_026528795v1	60
chrUn_NW_026528796v1	178
chrUn_NW_026528797v1	2150
chrUn_NW_026528798v1	520
chrUn_NW_026528799v1	110
chrUn_NW_026528880v1	9
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528884v1	4
chrUn_NW_026528887v1	20
chrUn_NW_026528888v1	14
chrUn_NW_026528889v1	9
chrUn_NW_026528891v1	16
chrUn_NW_026528893v1	4
chrUn_NW_026528894v1	184
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	5
chrUn_NW_026528900v1	58
chrUn_NW_026528902v1	48
chrUn_NW_026528903v1	464
chrUn_NW_026528917v1	190
chrUn_NW_026528926v1	95
chrUn_NW_026528928v1	960
chrUn_NW_026528937v1	24
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	20
chrUn_NW_026528952v1	14
chrUn_NW_026528957v1	838
chrUn_NW_026528960v1	118
chrUn_NW_026528975v1	187
chrUn_NW_026528984v1	11
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	2
chrUn_NW_026528988v1	67
chrUn_NW_026528989v1	6
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	10
chrUn_NW_026529007v1	174
chrUn_NW_026529008v1	1976
chrUn_NW_026529013v1	57
chrUn_NW_026529015v1	131
chrUn_NW_026529016v1	1093
chrUn_NW_026529060v1	684
chrUn_NW_026529081v1	138
chrUn_NW_026529085v1	258
chrX	2335992
chrX_NW_026527892v1_random	216
chrX_NW_026527894v1_random	409
chrX_NW_026527897v1_random	130
chrY	8965
chrY_NW_026527911v1_random	11
chrY_NW_026527913v1_random	21
chrY_NW_026527914v1_random	295
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	18
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	1
chrY_NW_026527938v1_random	483
chrY_NW_026527939v1_random	26
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527949v1_random	812
chrY_NW_026527950v1_random	519
chrY_NW_026527951v1_random	65
chrY_NW_026527955v1_random	50
chrY_NW_026527956v1_random	1094
chrY_NW_026527958v1_random	617
chrY_NW_026527960v1_random	44
chrY_NW_026527961v1_random	109
chrY_NW_026527966v1_random	4770
chrY_NW_026527967v1_random	86
chrY_NW_026527968v1_random	718
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	58

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	82652273	1	5034	151.85	113

Files

Filename	Size	md5
P0056_1.h5ad.gz	814.68 MB	fbecc35282dea294f1f5c5576e8d4dc1
P0056_1.h5ad.gz.tbi	697.85 KB	aab809aeee627148e1d92757634f087e
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	98d07ce95e87ea642c9e28c21750dc3e
statistics/