Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0056_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0056_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0056_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0056_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGACTTAAGCTTCTCA-P0056_1, ATCGAGGCAGGAATCG-P0056_1, GGGCTAACAGCCAGAA-P0056_1, CGGAGCAAGTCACTCC-P0056_1, TATTCGTTCATCCACC-P0056_1 (top 5 of 7049 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
281,569,281
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 281569281
chr1 22335923
chr2 19183029
chr3 14774826
chr4 15566949
chr5 21609733
chr6 15039351
chr7 17929579
chr8 11576453
chr9 13991597
chr10 14705918
chr11 14513609
chr12 14391512
chr13 10993933
chr14 10589259
chr15 10933753
chr16 8851226
chr17 6570486
chr18 5131272
chr19 5677615
chr20 5150190
chr21 4337416
chr22 9581253
chrUn_NW_026528016v1 51
chrUn_NW_026528017v1 119
chrUn_NW_026528021v1 802
chrUn_NW_026528026v1 1448
chrUn_NW_026528029v1 811
chrUn_NW_026528038v1 996
chrUn_NW_026528039v1 1408
chrUn_NW_026528065v1 377
chrUn_NW_026528075v1 575
chrUn_NW_026528103v1 129
chrUn_NW_026528123v1 16
chrUn_NW_026528125v1 193
chrUn_NW_026528140v1 990
chrUn_NW_026528210v1 233
chrUn_NW_026528215v1 402
chrUn_NW_026528217v1 6
chrUn_NW_026528218v1 11
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 19
chrUn_NW_026528224v1 14
chrUn_NW_026528225v1 121
chrUn_NW_026528226v1 140
chrUn_NW_026528228v1 431
chrUn_NW_026528230v1 378
chrUn_NW_026528232v1 2696
chrUn_NW_026528259v1 14
chrUn_NW_026528278v1 751
chrUn_NW_026528285v1 76
chrUn_NW_026528292v1 46
chrUn_NW_026528295v1 633
chrUn_NW_026528296v1 16210
chrUn_NW_026528310v1 225
chrUn_NW_026528320v1 57
chrUn_NW_026528327v1 29
chrUn_NW_026528332v1 39
chrUn_NW_026528335v1 18
chrUn_NW_026528338v1 64
chrUn_NW_026528339v1 109
chrUn_NW_026528345v1 56
chrUn_NW_026528347v1 21
chrUn_NW_026528350v1 26
chrUn_NW_026528353v1 69
chrUn_NW_026528356v1 66
chrUn_NW_026528358v1 8
chrUn_NW_026528360v1 8
chrUn_NW_026528363v1 324
chrUn_NW_026528370v1 181
chrUn_NW_026528371v1 1097
chrUn_NW_026528372v1 885
chrUn_NW_026528373v1 1625
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528382v1 14
chrUn_NW_026528384v1 25
chrUn_NW_026528385v1 48
chrUn_NW_026528390v1 50
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 32
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 18
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 22
chrUn_NW_026528412v1 42
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 14
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 136
chrUn_NW_026528431v1 563
chrUn_NW_026528432v1 789
chrUn_NW_026528433v1 4476
chrUn_NW_026528440v1 17
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 1150
chrUn_NW_026528558v1 4775
chrUn_NW_026528559v1 104
chrUn_NW_026528561v1 7
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 49
chrUn_NW_026528590v1 3040
chrUn_NW_026528596v1 5029
chrUn_NW_026528609v1 58
chrUn_NW_026528611v1 32
chrUn_NW_026528615v1 23
chrUn_NW_026528621v1 405
chrUn_NW_026528631v1 131
chrUn_NW_026528634v1 344
chrUn_NW_026528635v1 13
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 41
chrUn_NW_026528668v1 23
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 35
chrUn_NW_026528708v1 23
chrUn_NW_026528719v1 1621
chrUn_NW_026528737v1 63
chrUn_NW_026528739v1 12
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 25
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 43
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 18
chrUn_NW_026528755v1 359
chrUn_NW_026528772v1 39
chrUn_NW_026528775v1 17
chrUn_NW_026528777v1 20
chrUn_NW_026528784v1 21
chrUn_NW_026528785v1 31
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 9
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 227
chrUn_NW_026528795v1 191
chrUn_NW_026528796v1 625
chrUn_NW_026528797v1 7605
chrUn_NW_026528798v1 1357
chrUn_NW_026528799v1 305
chrUn_NW_026528880v1 31
chrUn_NW_026528882v1 16
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 19
chrUn_NW_026528885v1 14
chrUn_NW_026528887v1 85
chrUn_NW_026528888v1 51
chrUn_NW_026528889v1 33
chrUn_NW_026528891v1 93
chrUn_NW_026528893v1 19
chrUn_NW_026528894v1 707
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 245
chrUn_NW_026528902v1 241
chrUn_NW_026528903v1 2215
chrUn_NW_026528917v1 575
chrUn_NW_026528926v1 323
chrUn_NW_026528928v1 2688
chrUn_NW_026528937v1 106
chrUn_NW_026528938v1 18
chrUn_NW_026528950v1 51
chrUn_NW_026528952v1 34
chrUn_NW_026528957v1 2509
chrUn_NW_026528960v1 455
chrUn_NW_026528975v1 512
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 13
chrUn_NW_026528988v1 213
chrUn_NW_026528989v1 28
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 61
chrUn_NW_026529007v1 577
chrUn_NW_026529008v1 6427
chrUn_NW_026529013v1 165
chrUn_NW_026529015v1 347
chrUn_NW_026529016v1 2958
chrUn_NW_026529060v1 2477
chrUn_NW_026529081v1 592
chrUn_NW_026529085v1 1242
chrX 7975020
chrX_NW_026527892v1_random 779
chrX_NW_026527894v1_random 1365
chrX_NW_026527897v1_random 418
chrY 33993
chrY_NW_026527911v1_random 33
chrY_NW_026527913v1_random 73
chrY_NW_026527914v1_random 1128
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 47
chrY_NW_026527927v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 14
chrY_NW_026527938v1_random 1530
chrY_NW_026527939v1_random 98
chrY_NW_026527942v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 3143
chrY_NW_026527950v1_random 1629
chrY_NW_026527951v1_random 219
chrY_NW_026527955v1_random 158
chrY_NW_026527956v1_random 2032
chrY_NW_026527958v1_random 1049
chrY_NW_026527960v1_random 162
chrY_NW_026527961v1_random 496
chrY_NW_026527966v1_random 11819
chrY_NW_026527967v1_random 473
chrY_NW_026527968v1_random 2934
chrY_NW_026527969v1_random 11
chrY_NW_026527980v1_random 187

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 281569281 1 5036 158.98 123
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0056_1.gz 2.67 GB cf6ad98040d9ec6c9c8409ba0d899611
P0056_1.gz.tbi 1.21 MB d207e7d7e6ef15bce523d831ff148dd3
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 73e17f175ed5f2473de8d0d0b4a96c76
statistics/