Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0056_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0056_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0056_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0056_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GACTTGGTCGGTTCCT-P0056_2, GCCACACAGGTTTGCG-P0056_2, TTTCAGTTCTAATTGG-P0056_2, ATCACACAGCTTCCCG-P0056_2, AGTTGCGTCATTTGCT-P0056_2 (top 5 of 2286 values)
count	int	count			[1, 1]	n 83,698,035 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	83698035
chr1	6673628
chr2	5660056
chr3	4306667
chr4	4626780
chr5	6483932
chr6	4483412
chr7	5327687
chr8	3391123
chr9	4157493
chr10	4418603
chr11	4319495
chr12	4212493
chr13	3274567
chr14	3155310
chr15	3256250
chr16	2626058
chr17	1960269
chr18	1552484
chr19	1669722
chr20	1581759
chr21	1254776
chr22	2883498
chrUn_NW_026528016v1	16
chrUn_NW_026528017v1	37
chrUn_NW_026528021v1	264
chrUn_NW_026528026v1	465
chrUn_NW_026528029v1	209
chrUn_NW_026528038v1	237
chrUn_NW_026528039v1	417
chrUn_NW_026528065v1	106
chrUn_NW_026528075v1	176
chrUn_NW_026528103v1	44
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	63
chrUn_NW_026528140v1	260
chrUn_NW_026528210v1	50
chrUn_NW_026528215v1	91
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	37
chrUn_NW_026528226v1	46
chrUn_NW_026528228v1	131
chrUn_NW_026528230v1	91
chrUn_NW_026528232v1	663
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	217
chrUn_NW_026528285v1	10
chrUn_NW_026528292v1	8
chrUn_NW_026528295v1	248
chrUn_NW_026528296v1	4604
chrUn_NW_026528310v1	67
chrUn_NW_026528320v1	20
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	15
chrUn_NW_026528335v1	7
chrUn_NW_026528338v1	21
chrUn_NW_026528339v1	20
chrUn_NW_026528345v1	9
chrUn_NW_026528347v1	7
chrUn_NW_026528350v1	5
chrUn_NW_026528353v1	28
chrUn_NW_026528356v1	15
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	135
chrUn_NW_026528370v1	55
chrUn_NW_026528371v1	354
chrUn_NW_026528372v1	265
chrUn_NW_026528373v1	556
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	4
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	7
chrUn_NW_026528385v1	20
chrUn_NW_026528390v1	11
chrUn_NW_026528393v1	4
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	10
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528409v1	7
chrUn_NW_026528412v1	15
chrUn_NW_026528416v1	7
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	25
chrUn_NW_026528431v1	163
chrUn_NW_026528432v1	243
chrUn_NW_026528433v1	1812
chrUn_NW_026528440v1	5
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	398
chrUn_NW_026528558v1	1633
chrUn_NW_026528559v1	26
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	2
chrUn_NW_026528589v1	14
chrUn_NW_026528590v1	809
chrUn_NW_026528596v1	1614
chrUn_NW_026528609v1	18
chrUn_NW_026528611v1	5
chrUn_NW_026528615v1	4
chrUn_NW_026528621v1	134
chrUn_NW_026528631v1	29
chrUn_NW_026528634v1	98
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	7
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	8
chrUn_NW_026528668v1	11
chrUn_NW_026528670v1	2
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	520
chrUn_NW_026528737v1	15
chrUn_NW_026528739v1	3
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	6
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528750v1	12
chrUn_NW_026528754v1	5
chrUn_NW_026528755v1	78
chrUn_NW_026528772v1	5
chrUn_NW_026528775v1	5
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	2
chrUn_NW_026528785v1	5
chrUn_NW_026528786v1	15
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528793v1	61
chrUn_NW_026528795v1	48
chrUn_NW_026528796v1	187
chrUn_NW_026528797v1	2253
chrUn_NW_026528798v1	486
chrUn_NW_026528799v1	102
chrUn_NW_026528880v1	8
chrUn_NW_026528882v1	7
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	15
chrUn_NW_026528888v1	13
chrUn_NW_026528889v1	7
chrUn_NW_026528891v1	18
chrUn_NW_026528893v1	6
chrUn_NW_026528894v1	170
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	5
chrUn_NW_026528900v1	54
chrUn_NW_026528902v1	55
chrUn_NW_026528903v1	445
chrUn_NW_026528917v1	168
chrUn_NW_026528926v1	122
chrUn_NW_026528928v1	836
chrUn_NW_026528937v1	37
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	23
chrUn_NW_026528952v1	19
chrUn_NW_026528957v1	808
chrUn_NW_026528960v1	119
chrUn_NW_026528975v1	169
chrUn_NW_026528984v1	15
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	53
chrUn_NW_026528989v1	7
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	21
chrUn_NW_026529007v1	205
chrUn_NW_026529008v1	1921
chrUn_NW_026529013v1	85
chrUn_NW_026529015v1	125
chrUn_NW_026529016v1	1035
chrUn_NW_026529060v1	632
chrUn_NW_026529081v1	111
chrUn_NW_026529085v1	266
chrX	2374162
chrX_NW_026527892v1_random	261
chrX_NW_026527894v1_random	404
chrX_NW_026527897v1_random	125
chrY	9195
chrY_NW_026527911v1_random	17
chrY_NW_026527913v1_random	19
chrY_NW_026527914v1_random	274
chrY_NW_026527919v1_random	9
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	531
chrY_NW_026527939v1_random	37
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	854
chrY_NW_026527950v1_random	483
chrY_NW_026527951v1_random	56
chrY_NW_026527955v1_random	32
chrY_NW_026527956v1_random	919
chrY_NW_026527958v1_random	463
chrY_NW_026527960v1_random	50
chrY_NW_026527961v1_random	140
chrY_NW_026527966v1_random	4405
chrY_NW_026527967v1_random	66
chrY_NW_026527968v1_random	690
chrY_NW_026527969v1_random	5
chrY_NW_026527980v1_random	64

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	83698035	1	5039	149.15	110

Files

Filename	Size	md5
P0056_2.h5ad.gz	824.07 MB	8c897d0514da9753aba67daeefe25b01
P0056_2.h5ad.gz.tbi	700.38 KB	74c778812d63992869b35ac045f6dc31
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	761358224d03dfe3642e02ae68321314
statistics/