Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0056_2content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0056_2
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0056_2 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0056_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TAGCTAGGTCCTAAGA-P0056_2, CAACAGGCATCATGGC-P0056_2, CTTGCAACAGGTCCTG-P0056_2, TAACCGGTCCTGGCTT-P0056_2, AACCGCTCAGGCTACT-P0056_2 (top 5 of 5966 values)
count	int	count			[1, 1]	n 283,484,165 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	283484165
chr1	22484523
chr2	19385047
chr3	14950181
chr4	15810970
chr5	21598481
chr6	15405537
chr7	18208450
chr8	11651142
chr9	14057290
chr10	14754170
chr11	14509272
chr12	14277557
chr13	11138610
chr14	10716595
chr15	10913525
chr16	9044612
chr17	6629585
chr18	5155013
chr19	5654563
chr20	5212417
chr21	4362654
chr22	9334728
chrUn_NW_026528016v1	52
chrUn_NW_026528017v1	123
chrUn_NW_026528021v1	817
chrUn_NW_026528026v1	1524
chrUn_NW_026528029v1	761
chrUn_NW_026528038v1	936
chrUn_NW_026528039v1	1467
chrUn_NW_026528065v1	370
chrUn_NW_026528075v1	559
chrUn_NW_026528103v1	117
chrUn_NW_026528123v1	12
chrUn_NW_026528125v1	199
chrUn_NW_026528140v1	1101
chrUn_NW_026528210v1	212
chrUn_NW_026528215v1	387
chrUn_NW_026528217v1	8
chrUn_NW_026528218v1	14
chrUn_NW_026528219v1	9
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	5
chrUn_NW_026528222v1	10
chrUn_NW_026528224v1	16
chrUn_NW_026528225v1	130
chrUn_NW_026528226v1	125
chrUn_NW_026528228v1	425
chrUn_NW_026528230v1	414
chrUn_NW_026528232v1	2613
chrUn_NW_026528259v1	18
chrUn_NW_026528278v1	735
chrUn_NW_026528285v1	56
chrUn_NW_026528292v1	41
chrUn_NW_026528295v1	670
chrUn_NW_026528296v1	16140
chrUn_NW_026528310v1	234
chrUn_NW_026528320v1	66
chrUn_NW_026528327v1	29
chrUn_NW_026528332v1	51
chrUn_NW_026528335v1	15
chrUn_NW_026528338v1	77
chrUn_NW_026528339v1	101
chrUn_NW_026528345v1	34
chrUn_NW_026528347v1	15
chrUn_NW_026528350v1	25
chrUn_NW_026528353v1	63
chrUn_NW_026528356v1	62
chrUn_NW_026528358v1	10
chrUn_NW_026528360v1	10
chrUn_NW_026528363v1	350
chrUn_NW_026528370v1	188
chrUn_NW_026528371v1	1142
chrUn_NW_026528372v1	893
chrUn_NW_026528373v1	1580
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	9
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	12
chrUn_NW_026528384v1	26
chrUn_NW_026528385v1	55
chrUn_NW_026528390v1	54
chrUn_NW_026528393v1	18
chrUn_NW_026528396v1	7
chrUn_NW_026528397v1	42
chrUn_NW_026528402v1	7
chrUn_NW_026528403v1	13
chrUn_NW_026528404v1	3
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	20
chrUn_NW_026528412v1	52
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528416v1	16
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528420v1	5
chrUn_NW_026528423v1	104
chrUn_NW_026528431v1	582
chrUn_NW_026528432v1	799
chrUn_NW_026528433v1	4742
chrUn_NW_026528440v1	7
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	1154
chrUn_NW_026528558v1	4731
chrUn_NW_026528559v1	114
chrUn_NW_026528561v1	12
chrUn_NW_026528588v1	16
chrUn_NW_026528589v1	48
chrUn_NW_026528590v1	3182
chrUn_NW_026528596v1	5348
chrUn_NW_026528609v1	51
chrUn_NW_026528611v1	27
chrUn_NW_026528615v1	19
chrUn_NW_026528621v1	423
chrUn_NW_026528631v1	136
chrUn_NW_026528634v1	372
chrUn_NW_026528635v1	10
chrUn_NW_026528644v1	8
chrUn_NW_026528650v1	20
chrUn_NW_026528656v1	6
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	26
chrUn_NW_026528668v1	28
chrUn_NW_026528670v1	6
chrUn_NW_026528677v1	22
chrUn_NW_026528708v1	28
chrUn_NW_026528719v1	1531
chrUn_NW_026528737v1	53
chrUn_NW_026528739v1	10
chrUn_NW_026528740v1	3
chrUn_NW_026528741v1	4
chrUn_NW_026528745v1	30
chrUn_NW_026528748v1	11
chrUn_NW_026528750v1	47
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	16
chrUn_NW_026528755v1	329
chrUn_NW_026528772v1	35
chrUn_NW_026528775v1	22
chrUn_NW_026528777v1	14
chrUn_NW_026528784v1	15
chrUn_NW_026528785v1	34
chrUn_NW_026528786v1	42
chrUn_NW_026528788v1	8
chrUn_NW_026528791v1	6
chrUn_NW_026528792v1	3
chrUn_NW_026528793v1	236
chrUn_NW_026528795v1	177
chrUn_NW_026528796v1	627
chrUn_NW_026528797v1	7839
chrUn_NW_026528798v1	1360
chrUn_NW_026528799v1	304
chrUn_NW_026528880v1	26
chrUn_NW_026528882v1	22
chrUn_NW_026528883v1	5
chrUn_NW_026528884v1	21
chrUn_NW_026528885v1	18
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	76
chrUn_NW_026528888v1	38
chrUn_NW_026528889v1	31
chrUn_NW_026528891v1	95
chrUn_NW_026528893v1	17
chrUn_NW_026528894v1	679
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	20
chrUn_NW_026528900v1	216
chrUn_NW_026528902v1	222
chrUn_NW_026528903v1	2320
chrUn_NW_026528917v1	586
chrUn_NW_026528926v1	340
chrUn_NW_026528928v1	2621
chrUn_NW_026528937v1	125
chrUn_NW_026528938v1	12
chrUn_NW_026528950v1	52
chrUn_NW_026528952v1	42
chrUn_NW_026528957v1	2495
chrUn_NW_026528960v1	439
chrUn_NW_026528975v1	537
chrUn_NW_026528984v1	79
chrUn_NW_026528985v1	15
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	10
chrUn_NW_026528988v1	212
chrUn_NW_026528989v1	31
chrUn_NW_026528990v1	2
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	59
chrUn_NW_026529007v1	582
chrUn_NW_026529008v1	6188
chrUn_NW_026529013v1	216
chrUn_NW_026529015v1	357
chrUn_NW_026529016v1	3096
chrUn_NW_026529060v1	2358
chrUn_NW_026529081v1	593
chrUn_NW_026529085v1	1229
chrX	8070548
chrX_NW_026527892v1_random	851
chrX_NW_026527894v1_random	1365
chrX_NW_026527897v1_random	405
chrY	33587
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	41
chrY_NW_026527913v1_random	81
chrY_NW_026527914v1_random	1167
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	36
chrY_NW_026527927v1_random	6
chrY_NW_026527932v1_random	15
chrY_NW_026527938v1_random	1684
chrY_NW_026527939v1_random	102
chrY_NW_026527942v1_random	9
chrY_NW_026527949v1_random	3220
chrY_NW_026527950v1_random	1666
chrY_NW_026527951v1_random	239
chrY_NW_026527955v1_random	148
chrY_NW_026527956v1_random	1759
chrY_NW_026527958v1_random	829
chrY_NW_026527960v1_random	159
chrY_NW_026527961v1_random	550
chrY_NW_026527966v1_random	11019
chrY_NW_026527967v1_random	444
chrY_NW_026527968v1_random	2842
chrY_NW_026527969v1_random	12
chrY_NW_026527980v1_random	211

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	283484165	1	5039	155.9	120

Files

Filename	Size	md5
P0056_2.gz	2.69 GB	52ba7c3537be00b85edae270b85375b3
P0056_2.gz.tbi	1.21 MB	fb0824898ce3b13e6a06c2bf02ebee83
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	35bf6107530c262f8908a77559a4b9a2
statistics/