Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0057_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0057_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0057_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0057_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAGTGTTTCATGGTTA-P0057_1, AATTTCCTCCGGTATG-P0057_1, GCTTTATTCGTTATAG-P0057_1, GGTGAGGTCGTAATCA-P0057_1, ACTTAGGGTGGATGTC-P0057_1 (top 5 of 8943 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
321,384,739
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 321384739
chr1 25213648
chr2 21522265
chr3 15798197
chr4 17559266
chr5 26036402
chr6 16487682
chr7 21012781
chr8 12721101
chr9 15915505
chr10 17419374
chr11 16854504
chr12 16679188
chr13 12408321
chr14 12220460
chr15 12534066
chr16 9681912
chr17 7155857
chr18 5926401
chr19 6735388
chr20 6195479
chr21 4745531
chr22 11741597
chrUn_NW_026528016v1 44
chrUn_NW_026528017v1 180
chrUn_NW_026528021v1 1125
chrUn_NW_026528026v1 1189
chrUn_NW_026528029v1 802
chrUn_NW_026528038v1 928
chrUn_NW_026528039v1 1186
chrUn_NW_026528065v1 360
chrUn_NW_026528075v1 446
chrUn_NW_026528103v1 128
chrUn_NW_026528123v1 11
chrUn_NW_026528125v1 162
chrUn_NW_026528140v1 907
chrUn_NW_026528210v1 276
chrUn_NW_026528215v1 386
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 14
chrUn_NW_026528219v1 23
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 110
chrUn_NW_026528226v1 111
chrUn_NW_026528228v1 396
chrUn_NW_026528230v1 330
chrUn_NW_026528232v1 3549
chrUn_NW_026528259v1 10
chrUn_NW_026528278v1 945
chrUn_NW_026528285v1 77
chrUn_NW_026528292v1 46
chrUn_NW_026528295v1 578
chrUn_NW_026528296v1 20758
chrUn_NW_026528310v1 269
chrUn_NW_026528320v1 41
chrUn_NW_026528327v1 34
chrUn_NW_026528332v1 51
chrUn_NW_026528335v1 14
chrUn_NW_026528338v1 88
chrUn_NW_026528339v1 75
chrUn_NW_026528345v1 60
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 27
chrUn_NW_026528353v1 69
chrUn_NW_026528356v1 50
chrUn_NW_026528358v1 10
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 343
chrUn_NW_026528370v1 210
chrUn_NW_026528371v1 1840
chrUn_NW_026528372v1 612
chrUn_NW_026528373v1 1556
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 56
chrUn_NW_026528390v1 41
chrUn_NW_026528393v1 15
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 36
chrUn_NW_026528402v1 8
chrUn_NW_026528403v1 14
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 25
chrUn_NW_026528412v1 18
chrUn_NW_026528413v1 13
chrUn_NW_026528416v1 10
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 100
chrUn_NW_026528431v1 455
chrUn_NW_026528432v1 945
chrUn_NW_026528433v1 7359
chrUn_NW_026528440v1 15
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1210
chrUn_NW_026528558v1 3888
chrUn_NW_026528559v1 107
chrUn_NW_026528561v1 2
chrUn_NW_026528588v1 18
chrUn_NW_026528589v1 37
chrUn_NW_026528590v1 2182
chrUn_NW_026528596v1 5245
chrUn_NW_026528609v1 39
chrUn_NW_026528611v1 19
chrUn_NW_026528615v1 29
chrUn_NW_026528621v1 513
chrUn_NW_026528631v1 168
chrUn_NW_026528634v1 425
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 36
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 38
chrUn_NW_026528668v1 28
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 54
chrUn_NW_026528708v1 20
chrUn_NW_026528719v1 1335
chrUn_NW_026528737v1 57
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528745v1 20
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 35
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 19
chrUn_NW_026528755v1 247
chrUn_NW_026528772v1 26
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528777v1 16
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 27
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 245
chrUn_NW_026528795v1 163
chrUn_NW_026528796v1 488
chrUn_NW_026528797v1 6278
chrUn_NW_026528798v1 2068
chrUn_NW_026528799v1 681
chrUn_NW_026528880v1 36
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 12
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 83
chrUn_NW_026528888v1 32
chrUn_NW_026528889v1 33
chrUn_NW_026528891v1 78
chrUn_NW_026528893v1 20
chrUn_NW_026528894v1 848
chrUn_NW_026528896v1 8
chrUn_NW_026528899v1 29
chrUn_NW_026528900v1 206
chrUn_NW_026528902v1 253
chrUn_NW_026528903v1 1861
chrUn_NW_026528917v1 423
chrUn_NW_026528926v1 267
chrUn_NW_026528928v1 2264
chrUn_NW_026528937v1 101
chrUn_NW_026528938v1 15
chrUn_NW_026528950v1 58
chrUn_NW_026528952v1 23
chrUn_NW_026528957v1 1997
chrUn_NW_026528960v1 880
chrUn_NW_026528975v1 460
chrUn_NW_026528984v1 95
chrUn_NW_026528985v1 13
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 211
chrUn_NW_026528989v1 36
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 51
chrUn_NW_026529007v1 780
chrUn_NW_026529008v1 6381
chrUn_NW_026529013v1 160
chrUn_NW_026529015v1 268
chrUn_NW_026529016v1 2387
chrUn_NW_026529060v1 3481
chrUn_NW_026529081v1 391
chrUn_NW_026529085v1 1063
chrX 8645261
chrX_NW_026527892v1_random 793
chrX_NW_026527894v1_random 1584
chrX_NW_026527897v1_random 420
chrY 38406
chrY_NW_026527911v1_random 35
chrY_NW_026527913v1_random 88
chrY_NW_026527914v1_random 1032
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 42
chrY_NW_026527927v1_random 11
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 15
chrY_NW_026527938v1_random 1274
chrY_NW_026527939v1_random 63
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 4099
chrY_NW_026527950v1_random 1497
chrY_NW_026527951v1_random 233
chrY_NW_026527955v1_random 178
chrY_NW_026527956v1_random 3086
chrY_NW_026527958v1_random 1456
chrY_NW_026527960v1_random 147
chrY_NW_026527961v1_random 416
chrY_NW_026527966v1_random 15462
chrY_NW_026527967v1_random 373
chrY_NW_026527968v1_random 2754
chrY_NW_026527969v1_random 16
chrY_NW_026527980v1_random 181

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 321384739 1 5038 141.5 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0057_1.gz 2.99 GB 10d6828f12040bbef79cedf95015a769
P0057_1.gz.tbi 1.25 MB 99eae28392170df295b48f5162554b90
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ade16a07af505257c8d969e8010e179f
statistics/