Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0057_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0057_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0057_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0057_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTGTTCATTCCTCG-P0057_2, CCTTGCGTCGGCCATA-P0057_2, ACGTCCAAGTTGTCCC-P0057_2, TGGTCCTTCAGGAAGC-P0057_2, CTCCGTCCAATTTAGC-P0057_2 (top 5 of 4898 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
213,252,312
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 213252312
chr1 16572914
chr2 14197282
chr3 10427506
chr4 11737771
chr5 17244751
chr6 10789345
chr7 13919587
chr8 8384475
chr9 10540299
chr10 11781013
chr11 11293287
chr12 11046887
chr13 8276093
chr14 8097728
chr15 8311499
chr16 6348563
chr17 4789853
chr18 3991208
chr19 4524107
chr20 4136623
chr21 3156926
chr22 7835086
chrUn_NW_026528016v1 30
chrUn_NW_026528017v1 106
chrUn_NW_026528021v1 703
chrUn_NW_026528026v1 682
chrUn_NW_026528029v1 531
chrUn_NW_026528038v1 573
chrUn_NW_026528039v1 909
chrUn_NW_026528065v1 260
chrUn_NW_026528075v1 249
chrUn_NW_026528103v1 63
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 101
chrUn_NW_026528140v1 526
chrUn_NW_026528210v1 170
chrUn_NW_026528215v1 206
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 75
chrUn_NW_026528226v1 81
chrUn_NW_026528228v1 235
chrUn_NW_026528230v1 255
chrUn_NW_026528232v1 2596
chrUn_NW_026528259v1 13
chrUn_NW_026528278v1 563
chrUn_NW_026528285v1 41
chrUn_NW_026528292v1 22
chrUn_NW_026528295v1 349
chrUn_NW_026528296v1 13683
chrUn_NW_026528310v1 168
chrUn_NW_026528320v1 32
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 26
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 67
chrUn_NW_026528339v1 48
chrUn_NW_026528345v1 32
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 26
chrUn_NW_026528353v1 48
chrUn_NW_026528356v1 31
chrUn_NW_026528358v1 7
chrUn_NW_026528363v1 231
chrUn_NW_026528370v1 157
chrUn_NW_026528371v1 1191
chrUn_NW_026528372v1 399
chrUn_NW_026528373v1 1050
chrUn_NW_026528378v1 10
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 13
chrUn_NW_026528385v1 31
chrUn_NW_026528390v1 33
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 22
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 13
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 83
chrUn_NW_026528431v1 278
chrUn_NW_026528432v1 651
chrUn_NW_026528433v1 4956
chrUn_NW_026528440v1 6
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 745
chrUn_NW_026528558v1 2725
chrUn_NW_026528559v1 79
chrUn_NW_026528561v1 7
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 1506
chrUn_NW_026528596v1 3342
chrUn_NW_026528609v1 28
chrUn_NW_026528611v1 12
chrUn_NW_026528615v1 20
chrUn_NW_026528621v1 377
chrUn_NW_026528631v1 116
chrUn_NW_026528634v1 246
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 33
chrUn_NW_026528668v1 22
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 31
chrUn_NW_026528708v1 13
chrUn_NW_026528719v1 796
chrUn_NW_026528737v1 22
chrUn_NW_026528739v1 2
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 3
chrUn_NW_026528750v1 23
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 153
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 16
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 144
chrUn_NW_026528795v1 121
chrUn_NW_026528796v1 318
chrUn_NW_026528797v1 4053
chrUn_NW_026528798v1 1450
chrUn_NW_026528799v1 504
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 49
chrUn_NW_026528888v1 14
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 42
chrUn_NW_026528893v1 14
chrUn_NW_026528894v1 519
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 140
chrUn_NW_026528902v1 164
chrUn_NW_026528903v1 951
chrUn_NW_026528917v1 296
chrUn_NW_026528926v1 170
chrUn_NW_026528928v1 1468
chrUn_NW_026528937v1 100
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 17
chrUn_NW_026528957v1 1383
chrUn_NW_026528960v1 660
chrUn_NW_026528975v1 312
chrUn_NW_026528984v1 53
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 128
chrUn_NW_026528989v1 22
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 45
chrUn_NW_026529007v1 561
chrUn_NW_026529008v1 4270
chrUn_NW_026529013v1 119
chrUn_NW_026529015v1 191
chrUn_NW_026529016v1 1654
chrUn_NW_026529060v1 2287
chrUn_NW_026529081v1 254
chrUn_NW_026529085v1 666
chrX 5732277
chrX_NW_026527892v1_random 540
chrX_NW_026527894v1_random 1116
chrX_NW_026527897v1_random 316
chrY 24995
chrY_NW_026527911v1_random 24
chrY_NW_026527913v1_random 64
chrY_NW_026527914v1_random 587
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 25
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 4
chrY_NW_026527938v1_random 917
chrY_NW_026527939v1_random 42
chrY_NW_026527942v1_random 6
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2889
chrY_NW_026527950v1_random 987
chrY_NW_026527951v1_random 167
chrY_NW_026527955v1_random 119
chrY_NW_026527956v1_random 2483
chrY_NW_026527958v1_random 1124
chrY_NW_026527960v1_random 107
chrY_NW_026527961v1_random 283
chrY_NW_026527966v1_random 11775
chrY_NW_026527967v1_random 190
chrY_NW_026527968v1_random 1777
chrY_NW_026527969v1_random 11
chrY_NW_026527980v1_random 137

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 213252312 1 5040 142.35 104
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0057_2.h5ad.gz 1.98 GB 7828f77048894bc45985110daea3cd8e
P0057_2.h5ad.gz.tbi 1.01 MB d4af2c24dc89b32a27d0e6101de0a5b9
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB eb36cdb6ff1418f5e585fb4539d000b8
statistics/