Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0057_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0057_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0057_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0057_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTGTTCATTCCTCG-P0057_2, CCTTGCGTCGGCCATA-P0057_2, ACGTCCAAGTTGTCCC-P0057_2, TGGTCCTTCAGGAAGC-P0057_2, CTCCGTCCAATTTAGC-P0057_2 (top 5 of 6674 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
300,623,792
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 300623792
chr1 23577849
chr2 20084147
chr3 14682924
chr4 16434952
chr5 24399132
chr6 15391649
chr7 19704483
chr8 11817183
chr9 14910436
chr10 16363600
chr11 15864513
chr12 15615180
chr13 11618304
chr14 11410357
chr15 11781671
chr16 9016287
chr17 6733682
chr18 5564737
chr19 6332049
chr20 5793624
chr21 4443567
chr22 10990981
chrUn_NW_026528016v1 43
chrUn_NW_026528017v1 136
chrUn_NW_026528021v1 989
chrUn_NW_026528026v1 1040
chrUn_NW_026528029v1 770
chrUn_NW_026528038v1 777
chrUn_NW_026528039v1 1294
chrUn_NW_026528065v1 347
chrUn_NW_026528075v1 382
chrUn_NW_026528103v1 99
chrUn_NW_026528123v1 17
chrUn_NW_026528125v1 140
chrUn_NW_026528140v1 816
chrUn_NW_026528210v1 238
chrUn_NW_026528215v1 295
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 113
chrUn_NW_026528226v1 103
chrUn_NW_026528228v1 351
chrUn_NW_026528230v1 343
chrUn_NW_026528232v1 3284
chrUn_NW_026528259v1 15
chrUn_NW_026528278v1 926
chrUn_NW_026528285v1 59
chrUn_NW_026528292v1 37
chrUn_NW_026528295v1 537
chrUn_NW_026528296v1 19229
chrUn_NW_026528310v1 226
chrUn_NW_026528320v1 49
chrUn_NW_026528327v1 30
chrUn_NW_026528332v1 35
chrUn_NW_026528335v1 18
chrUn_NW_026528338v1 88
chrUn_NW_026528339v1 65
chrUn_NW_026528345v1 41
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 36
chrUn_NW_026528353v1 62
chrUn_NW_026528356v1 43
chrUn_NW_026528358v1 9
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 324
chrUn_NW_026528370v1 206
chrUn_NW_026528371v1 1575
chrUn_NW_026528372v1 555
chrUn_NW_026528373v1 1387
chrUn_NW_026528378v1 14
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 20
chrUn_NW_026528385v1 59
chrUn_NW_026528390v1 43
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 32
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 15
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 17
chrUn_NW_026528412v1 20
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 9
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 109
chrUn_NW_026528431v1 396
chrUn_NW_026528432v1 950
chrUn_NW_026528433v1 6404
chrUn_NW_026528440v1 6
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 1020
chrUn_NW_026528558v1 3765
chrUn_NW_026528559v1 109
chrUn_NW_026528561v1 9
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 30
chrUn_NW_026528590v1 2039
chrUn_NW_026528596v1 4661
chrUn_NW_026528609v1 42
chrUn_NW_026528611v1 21
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 504
chrUn_NW_026528631v1 151
chrUn_NW_026528634v1 334
chrUn_NW_026528635v1 12
chrUn_NW_026528644v1 10
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 45
chrUn_NW_026528668v1 35
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 36
chrUn_NW_026528708v1 25
chrUn_NW_026528719v1 1141
chrUn_NW_026528737v1 42
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 17
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 6
chrUn_NW_026528750v1 30
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 21
chrUn_NW_026528755v1 207
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 18
chrUn_NW_026528785v1 12
chrUn_NW_026528786v1 25
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 207
chrUn_NW_026528795v1 157
chrUn_NW_026528796v1 438
chrUn_NW_026528797v1 5890
chrUn_NW_026528798v1 1866
chrUn_NW_026528799v1 585
chrUn_NW_026528880v1 45
chrUn_NW_026528882v1 16
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 75
chrUn_NW_026528888v1 20
chrUn_NW_026528889v1 20
chrUn_NW_026528891v1 69
chrUn_NW_026528893v1 20
chrUn_NW_026528894v1 705
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 25
chrUn_NW_026528900v1 195
chrUn_NW_026528902v1 226
chrUn_NW_026528903v1 1729
chrUn_NW_026528917v1 428
chrUn_NW_026528926v1 248
chrUn_NW_026528928v1 2030
chrUn_NW_026528937v1 130
chrUn_NW_026528938v1 21
chrUn_NW_026528950v1 32
chrUn_NW_026528952v1 31
chrUn_NW_026528957v1 1915
chrUn_NW_026528960v1 760
chrUn_NW_026528975v1 428
chrUn_NW_026528984v1 85
chrUn_NW_026528985v1 14
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 177
chrUn_NW_026528989v1 28
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 63
chrUn_NW_026529007v1 729
chrUn_NW_026529008v1 6163
chrUn_NW_026529013v1 159
chrUn_NW_026529015v1 264
chrUn_NW_026529016v1 2293
chrUn_NW_026529060v1 3168
chrUn_NW_026529081v1 383
chrUn_NW_026529085v1 1016
chrX 7928417
chrX_NW_026527892v1_random 793
chrX_NW_026527894v1_random 1472
chrX_NW_026527897v1_random 450
chrY 36302
chrY_NW_026527911v1_random 33
chrY_NW_026527913v1_random 88
chrY_NW_026527914v1_random 862
chrY_NW_026527915v1_random 5
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 33
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 5
chrY_NW_026527938v1_random 1249
chrY_NW_026527939v1_random 64
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 4001
chrY_NW_026527950v1_random 1437
chrY_NW_026527951v1_random 234
chrY_NW_026527955v1_random 167
chrY_NW_026527956v1_random 3220
chrY_NW_026527958v1_random 1475
chrY_NW_026527960v1_random 155
chrY_NW_026527961v1_random 407
chrY_NW_026527966v1_random 15748
chrY_NW_026527967v1_random 318
chrY_NW_026527968v1_random 2580
chrY_NW_026527969v1_random 14
chrY_NW_026527980v1_random 190

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 300623792 1 5041 144.14 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0057_2.gz 2.78 GB 460292961b5016ea0d69f5dbd6738431
P0057_2.gz.tbi 1.21 MB f6f9291f737caf5d12d47a9beabe5e72
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB f1c2908ae9a657147bfc32744c7669ed
statistics/