Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0058_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0058_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0058_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0058_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGTTCTTGTTAGCGTA-P0058_1, GAAACTGAGGACGTAA-P0058_1, CAAAGCGCAGTAAGTA-P0058_1, CGTTATTTCATGCAAC-P0058_1, TTAAGTGTCAGGCTAT-P0058_1 (top 5 of 5369 values)
count	int	count			[1, 1]	n 184,582,184 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	184582184
chr1	14586408
chr2	12381049
chr3	9248285
chr4	10269714
chr5	14455825
chr6	9341244
chr7	11960225
chr8	7497033
chr9	9199573
chr10	9987800
chr11	9657352
chr12	9497599
chr13	7134260
chr14	7047026
chr15	7025565
chr16	5551471
chr17	4164444
chr18	3385028
chr19	3828489
chr20	3596354
chr21	2737366
chr22	6689773
chrUn_NW_026528016v1	32
chrUn_NW_026528017v1	122
chrUn_NW_026528021v1	721
chrUn_NW_026528026v1	734
chrUn_NW_026528029v1	502
chrUn_NW_026528038v1	477
chrUn_NW_026528039v1	631
chrUn_NW_026528065v1	260
chrUn_NW_026528075v1	321
chrUn_NW_026528103v1	60
chrUn_NW_026528123v1	13
chrUn_NW_026528125v1	139
chrUn_NW_026528140v1	570
chrUn_NW_026528210v1	188
chrUn_NW_026528215v1	219
chrUn_NW_026528218v1	10
chrUn_NW_026528219v1	16
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	7
chrUn_NW_026528225v1	44
chrUn_NW_026528226v1	92
chrUn_NW_026528228v1	257
chrUn_NW_026528230v1	278
chrUn_NW_026528232v1	2081
chrUn_NW_026528259v1	6
chrUn_NW_026528278v1	503
chrUn_NW_026528285v1	48
chrUn_NW_026528292v1	20
chrUn_NW_026528295v1	356
chrUn_NW_026528296v1	11427
chrUn_NW_026528310v1	157
chrUn_NW_026528320v1	25
chrUn_NW_026528327v1	24
chrUn_NW_026528332v1	37
chrUn_NW_026528335v1	13
chrUn_NW_026528338v1	51
chrUn_NW_026528339v1	33
chrUn_NW_026528345v1	37
chrUn_NW_026528347v1	9
chrUn_NW_026528350v1	26
chrUn_NW_026528353v1	72
chrUn_NW_026528356v1	29
chrUn_NW_026528358v1	7
chrUn_NW_026528360v1	6
chrUn_NW_026528363v1	316
chrUn_NW_026528370v1	165
chrUn_NW_026528371v1	1264
chrUn_NW_026528372v1	281
chrUn_NW_026528373v1	876
chrUn_NW_026528378v1	4
chrUn_NW_026528380v1	5
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	32
chrUn_NW_026528385v1	29
chrUn_NW_026528390v1	18
chrUn_NW_026528393v1	15
chrUn_NW_026528396v1	6
chrUn_NW_026528397v1	19
chrUn_NW_026528402v1	3
chrUn_NW_026528403v1	9
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	13
chrUn_NW_026528412v1	13
chrUn_NW_026528413v1	7
chrUn_NW_026528416v1	7
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528420v1	4
chrUn_NW_026528423v1	62
chrUn_NW_026528431v1	225
chrUn_NW_026528432v1	716
chrUn_NW_026528433v1	3426
chrUn_NW_026528440v1	9
chrUn_NW_026528471v1	4
chrUn_NW_026528480v1	784
chrUn_NW_026528558v1	2595
chrUn_NW_026528559v1	71
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	12
chrUn_NW_026528589v1	21
chrUn_NW_026528590v1	1453
chrUn_NW_026528596v1	3338
chrUn_NW_026528609v1	18
chrUn_NW_026528611v1	12
chrUn_NW_026528615v1	25
chrUn_NW_026528621v1	300
chrUn_NW_026528631v1	131
chrUn_NW_026528634v1	273
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	5
chrUn_NW_026528650v1	15
chrUn_NW_026528656v1	4
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	29
chrUn_NW_026528668v1	13
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	24
chrUn_NW_026528708v1	18
chrUn_NW_026528719v1	770
chrUn_NW_026528737v1	22
chrUn_NW_026528739v1	8
chrUn_NW_026528745v1	14
chrUn_NW_026528748v1	5
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	18
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	10
chrUn_NW_026528755v1	123
chrUn_NW_026528772v1	20
chrUn_NW_026528775v1	7
chrUn_NW_026528777v1	7
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	13
chrUn_NW_026528786v1	19
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	149
chrUn_NW_026528795v1	74
chrUn_NW_026528796v1	279
chrUn_NW_026528797v1	3759
chrUn_NW_026528798v1	1283
chrUn_NW_026528799v1	383
chrUn_NW_026528880v1	22
chrUn_NW_026528882v1	10
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	10
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528887v1	69
chrUn_NW_026528888v1	25
chrUn_NW_026528889v1	16
chrUn_NW_026528891v1	48
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	466
chrUn_NW_026528896v1	3
chrUn_NW_026528899v1	21
chrUn_NW_026528900v1	132
chrUn_NW_026528902v1	177
chrUn_NW_026528903v1	942
chrUn_NW_026528917v1	256
chrUn_NW_026528926v1	153
chrUn_NW_026528928v1	1421
chrUn_NW_026528937v1	73
chrUn_NW_026528938v1	9
chrUn_NW_026528950v1	23
chrUn_NW_026528952v1	15
chrUn_NW_026528957v1	1333
chrUn_NW_026528960v1	614
chrUn_NW_026528975v1	314
chrUn_NW_026528984v1	37
chrUn_NW_026528985v1	7
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	138
chrUn_NW_026528989v1	20
chrUn_NW_026528996v1	43
chrUn_NW_026529007v1	514
chrUn_NW_026529008v1	3720
chrUn_NW_026529013v1	117
chrUn_NW_026529015v1	221
chrUn_NW_026529016v1	1711
chrUn_NW_026529060v1	2025
chrUn_NW_026529081v1	240
chrUn_NW_026529085v1	651
chrX	5232998
chrX_NW_026527892v1_random	547
chrX_NW_026527894v1_random	906
chrX_NW_026527897v1_random	226
chrY	25703
chrY_NW_026527911v1_random	39
chrY_NW_026527913v1_random	56
chrY_NW_026527914v1_random	708
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	24
chrY_NW_026527927v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	11
chrY_NW_026527938v1_random	794
chrY_NW_026527939v1_random	41
chrY_NW_026527942v1_random	8
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	2576
chrY_NW_026527950v1_random	1110
chrY_NW_026527951v1_random	160
chrY_NW_026527955v1_random	122
chrY_NW_026527956v1_random	1745
chrY_NW_026527958v1_random	840
chrY_NW_026527960v1_random	100
chrY_NW_026527961v1_random	296
chrY_NW_026527966v1_random	9427
chrY_NW_026527967v1_random	173
chrY_NW_026527968v1_random	1619
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	123

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	184582184	1	5036	135.87	97

Files

Filename	Size	md5
P0058_1.h5ad.gz	1.73 GB	bac70b016e7e8b4e2b86a06dea59cc81
P0058_1.h5ad.gz.tbi	978.88 KB	1af8bbb8882abbf48a9771ca7874a576
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	98f3a3fdeed9f583339db8fbc843680c
statistics/