Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0058_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0058_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0058_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0058_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGTTCTTGTTAGCGTA-P0058_1, GAAACTGAGGACGTAA-P0058_1, CAAAGCGCAGTAAGTA-P0058_1, CGTTATTTCATGCAAC-P0058_1, TTAAGTGTCAGGCTAT-P0058_1 (top 5 of 6803 values)
count	int	count			[1, 1]	n 237,798,124 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	237798124
chr1	18814376
chr2	16008286
chr3	11863452
chr4	13136238
chr5	18769181
chr6	12170567
chr7	15454378
chr8	9575353
chr9	11844888
chr10	12762571
chr11	12441411
chr12	12326691
chr13	9187922
chr14	9045691
chr15	9049614
chr16	7179870
chr17	5350606
chr18	4362274
chr19	4953934
chr20	4627189
chr21	3523717
chr22	8639051
chrUn_NW_026528016v1	43
chrUn_NW_026528017v1	159
chrUn_NW_026528021v1	908
chrUn_NW_026528026v1	1033
chrUn_NW_026528029v1	643
chrUn_NW_026528038v1	608
chrUn_NW_026528039v1	868
chrUn_NW_026528065v1	340
chrUn_NW_026528075v1	407
chrUn_NW_026528103v1	91
chrUn_NW_026528123v1	13
chrUn_NW_026528125v1	170
chrUn_NW_026528140v1	740
chrUn_NW_026528210v1	226
chrUn_NW_026528215v1	290
chrUn_NW_026528218v1	13
chrUn_NW_026528219v1	18
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	12
chrUn_NW_026528225v1	60
chrUn_NW_026528226v1	113
chrUn_NW_026528228v1	356
chrUn_NW_026528230v1	354
chrUn_NW_026528232v1	2503
chrUn_NW_026528259v1	8
chrUn_NW_026528278v1	698
chrUn_NW_026528285v1	66
chrUn_NW_026528292v1	29
chrUn_NW_026528295v1	467
chrUn_NW_026528296v1	14724
chrUn_NW_026528310v1	212
chrUn_NW_026528320v1	45
chrUn_NW_026528327v1	31
chrUn_NW_026528332v1	45
chrUn_NW_026528335v1	16
chrUn_NW_026528338v1	67
chrUn_NW_026528339v1	46
chrUn_NW_026528345v1	50
chrUn_NW_026528347v1	12
chrUn_NW_026528350v1	37
chrUn_NW_026528353v1	87
chrUn_NW_026528356v1	32
chrUn_NW_026528358v1	8
chrUn_NW_026528360v1	7
chrUn_NW_026528363v1	375
chrUn_NW_026528370v1	195
chrUn_NW_026528371v1	1529
chrUn_NW_026528372v1	392
chrUn_NW_026528373v1	1101
chrUn_NW_026528378v1	6
chrUn_NW_026528380v1	7
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	5
chrUn_NW_026528384v1	40
chrUn_NW_026528385v1	38
chrUn_NW_026528390v1	26
chrUn_NW_026528393v1	18
chrUn_NW_026528396v1	6
chrUn_NW_026528397v1	20
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	9
chrUn_NW_026528408v1	4
chrUn_NW_026528409v1	17
chrUn_NW_026528412v1	19
chrUn_NW_026528413v1	7
chrUn_NW_026528416v1	7
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528420v1	4
chrUn_NW_026528423v1	72
chrUn_NW_026528431v1	304
chrUn_NW_026528432v1	901
chrUn_NW_026528433v1	4332
chrUn_NW_026528440v1	10
chrUn_NW_026528471v1	4
chrUn_NW_026528480v1	973
chrUn_NW_026528558v1	3330
chrUn_NW_026528559v1	93
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	14
chrUn_NW_026528589v1	26
chrUn_NW_026528590v1	1799
chrUn_NW_026528596v1	4238
chrUn_NW_026528609v1	28
chrUn_NW_026528611v1	15
chrUn_NW_026528615v1	31
chrUn_NW_026528621v1	362
chrUn_NW_026528631v1	160
chrUn_NW_026528634v1	352
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	6
chrUn_NW_026528650v1	17
chrUn_NW_026528656v1	6
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	33
chrUn_NW_026528668v1	16
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	27
chrUn_NW_026528708v1	21
chrUn_NW_026528719v1	1038
chrUn_NW_026528737v1	28
chrUn_NW_026528739v1	9
chrUn_NW_026528745v1	16
chrUn_NW_026528748v1	7
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	22
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	12
chrUn_NW_026528755v1	149
chrUn_NW_026528772v1	24
chrUn_NW_026528775v1	11
chrUn_NW_026528777v1	7
chrUn_NW_026528784v1	7
chrUn_NW_026528785v1	17
chrUn_NW_026528786v1	25
chrUn_NW_026528788v1	5
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	187
chrUn_NW_026528795v1	104
chrUn_NW_026528796v1	356
chrUn_NW_026528797v1	4983
chrUn_NW_026528798v1	1573
chrUn_NW_026528799v1	446
chrUn_NW_026528880v1	25
chrUn_NW_026528882v1	17
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	12
chrUn_NW_026528885v1	4
chrUn_NW_026528887v1	79
chrUn_NW_026528888v1	31
chrUn_NW_026528889v1	18
chrUn_NW_026528891v1	67
chrUn_NW_026528893v1	6
chrUn_NW_026528894v1	591
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	27
chrUn_NW_026528900v1	160
chrUn_NW_026528902v1	220
chrUn_NW_026528903v1	1424
chrUn_NW_026528917v1	328
chrUn_NW_026528926v1	207
chrUn_NW_026528928v1	1892
chrUn_NW_026528937v1	94
chrUn_NW_026528938v1	10
chrUn_NW_026528950v1	28
chrUn_NW_026528952v1	19
chrUn_NW_026528957v1	1753
chrUn_NW_026528960v1	690
chrUn_NW_026528975v1	401
chrUn_NW_026528984v1	58
chrUn_NW_026528985v1	8
chrUn_NW_026528986v1	4
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	178
chrUn_NW_026528989v1	32
chrUn_NW_026528996v1	52
chrUn_NW_026529007v1	643
chrUn_NW_026529008v1	4965
chrUn_NW_026529013v1	142
chrUn_NW_026529015v1	274
chrUn_NW_026529016v1	2260
chrUn_NW_026529060v1	2520
chrUn_NW_026529081v1	320
chrUn_NW_026529085v1	881
chrX	6574288
chrX_NW_026527892v1_random	692
chrX_NW_026527894v1_random	1153
chrX_NW_026527897v1_random	298
chrY	32718
chrY_NW_026527911v1_random	43
chrY_NW_026527913v1_random	72
chrY_NW_026527914v1_random	905
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	28
chrY_NW_026527927v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	13
chrY_NW_026527938v1_random	1048
chrY_NW_026527939v1_random	52
chrY_NW_026527942v1_random	10
chrY_NW_026527948v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	3159
chrY_NW_026527950v1_random	1384
chrY_NW_026527951v1_random	191
chrY_NW_026527955v1_random	149
chrY_NW_026527956v1_random	2056
chrY_NW_026527958v1_random	983
chrY_NW_026527960v1_random	125
chrY_NW_026527961v1_random	388
chrY_NW_026527966v1_random	11427
chrY_NW_026527967v1_random	255
chrY_NW_026527968v1_random	2116
chrY_NW_026527969v1_random	7
chrY_NW_026527980v1_random	140

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	237798124	1	5036	136.84	98

Files

Filename	Size	md5
P0058_1.gz	2.22 GB	f6b2b2f844b09364ae28c58270d3190a
P0058_1.gz.tbi	1.08 MB	8eb06e8cddd404aa2baa77431f71709c
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	b85d1b005e0db0c41fa4d5557f6bbb24
statistics/