Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0058_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0058_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0058_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0058_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CCCGTAAAGCGCATTG-P0058_2, ATTGTGATCGGTTTGG-P0058_2, GGTCTTGAGGCGCATC-P0058_2, ACGACAAAGGTCCTAG-P0058_2, CAATGAACAACACCTA-P0058_2 (top 5 of 3542 values)
count	int	count			[1, 1]	n 170,811,839 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	170811839
chr1	13621515
chr2	11449428
chr3	8543209
chr4	9520013
chr5	13444525
chr6	8585710
chr7	10959810
chr8	6849526
chr9	8497460
chr10	9240361
chr11	8999077
chr12	8827063
chr13	6637556
chr14	6548187
chr15	6506483
chr16	5128642
chr17	3880359
chr18	3123244
chr19	3581884
chr20	3327962
chr21	2543133
chr22	6147712
chrUn_NW_026528016v1	42
chrUn_NW_026528017v1	128
chrUn_NW_026528021v1	639
chrUn_NW_026528026v1	647
chrUn_NW_026528029v1	429
chrUn_NW_026528038v1	490
chrUn_NW_026528039v1	627
chrUn_NW_026528065v1	260
chrUn_NW_026528075v1	233
chrUn_NW_026528103v1	59
chrUn_NW_026528123v1	10
chrUn_NW_026528125v1	102
chrUn_NW_026528140v1	506
chrUn_NW_026528210v1	149
chrUn_NW_026528215v1	214
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	7
chrUn_NW_026528219v1	11
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	10
chrUn_NW_026528225v1	64
chrUn_NW_026528226v1	57
chrUn_NW_026528228v1	228
chrUn_NW_026528230v1	239
chrUn_NW_026528232v1	1811
chrUn_NW_026528259v1	13
chrUn_NW_026528278v1	485
chrUn_NW_026528285v1	50
chrUn_NW_026528292v1	14
chrUn_NW_026528295v1	296
chrUn_NW_026528296v1	10831
chrUn_NW_026528310v1	175
chrUn_NW_026528320v1	33
chrUn_NW_026528327v1	24
chrUn_NW_026528332v1	30
chrUn_NW_026528335v1	11
chrUn_NW_026528338v1	36
chrUn_NW_026528339v1	43
chrUn_NW_026528345v1	19
chrUn_NW_026528347v1	12
chrUn_NW_026528350v1	29
chrUn_NW_026528353v1	33
chrUn_NW_026528356v1	25
chrUn_NW_026528358v1	4
chrUn_NW_026528360v1	3
chrUn_NW_026528363v1	242
chrUn_NW_026528370v1	188
chrUn_NW_026528371v1	1156
chrUn_NW_026528372v1	272
chrUn_NW_026528373v1	723
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	5
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	3
chrUn_NW_026528384v1	22
chrUn_NW_026528385v1	46
chrUn_NW_026528390v1	26
chrUn_NW_026528393v1	15
chrUn_NW_026528396v1	3
chrUn_NW_026528397v1	23
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	6
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	9
chrUn_NW_026528412v1	18
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	9
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528423v1	60
chrUn_NW_026528431v1	203
chrUn_NW_026528432v1	709
chrUn_NW_026528433v1	3228
chrUn_NW_026528440v1	7
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	651
chrUn_NW_026528558v1	2154
chrUn_NW_026528559v1	83
chrUn_NW_026528561v1	5
chrUn_NW_026528588v1	8
chrUn_NW_026528589v1	14
chrUn_NW_026528590v1	1279
chrUn_NW_026528596v1	3104
chrUn_NW_026528609v1	28
chrUn_NW_026528611v1	17
chrUn_NW_026528615v1	24
chrUn_NW_026528621v1	270
chrUn_NW_026528631v1	121
chrUn_NW_026528634v1	278
chrUn_NW_026528635v1	5
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	19
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528660v1	3
chrUn_NW_026528661v1	30
chrUn_NW_026528668v1	12
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	15
chrUn_NW_026528708v1	12
chrUn_NW_026528719v1	637
chrUn_NW_026528737v1	26
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528745v1	18
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	14
chrUn_NW_026528754v1	8
chrUn_NW_026528755v1	130
chrUn_NW_026528772v1	20
chrUn_NW_026528775v1	15
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	9
chrUn_NW_026528785v1	11
chrUn_NW_026528786v1	17
chrUn_NW_026528788v1	3
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	4
chrUn_NW_026528793v1	149
chrUn_NW_026528795v1	76
chrUn_NW_026528796v1	250
chrUn_NW_026528797v1	3405
chrUn_NW_026528798v1	1325
chrUn_NW_026528799v1	364
chrUn_NW_026528880v1	20
chrUn_NW_026528882v1	6
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	10
chrUn_NW_026528885v1	7
chrUn_NW_026528887v1	51
chrUn_NW_026528888v1	10
chrUn_NW_026528889v1	15
chrUn_NW_026528891v1	52
chrUn_NW_026528893v1	7
chrUn_NW_026528894v1	452
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	13
chrUn_NW_026528900v1	134
chrUn_NW_026528902v1	155
chrUn_NW_026528903v1	924
chrUn_NW_026528917v1	262
chrUn_NW_026528926v1	135
chrUn_NW_026528928v1	1163
chrUn_NW_026528937v1	73
chrUn_NW_026528938v1	8
chrUn_NW_026528950v1	21
chrUn_NW_026528952v1	13
chrUn_NW_026528957v1	1173
chrUn_NW_026528960v1	593
chrUn_NW_026528975v1	233
chrUn_NW_026528984v1	39
chrUn_NW_026528985v1	15
chrUn_NW_026528987v1	10
chrUn_NW_026528988v1	136
chrUn_NW_026528989v1	16
chrUn_NW_026528996v1	35
chrUn_NW_026529007v1	459
chrUn_NW_026529008v1	3373
chrUn_NW_026529013v1	86
chrUn_NW_026529015v1	155
chrUn_NW_026529016v1	1439
chrUn_NW_026529060v1	1842
chrUn_NW_026529081v1	215
chrUn_NW_026529085v1	520
chrX	4750924
chrX_NW_026527892v1_random	478
chrX_NW_026527894v1_random	814
chrX_NW_026527897v1_random	236
chrY	22908
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	27
chrY_NW_026527913v1_random	73
chrY_NW_026527914v1_random	569
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	22
chrY_NW_026527927v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	9
chrY_NW_026527938v1_random	807
chrY_NW_026527939v1_random	37
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527949v1_random	2380
chrY_NW_026527950v1_random	945
chrY_NW_026527951v1_random	155
chrY_NW_026527955v1_random	92
chrY_NW_026527956v1_random	1679
chrY_NW_026527958v1_random	803
chrY_NW_026527960v1_random	98
chrY_NW_026527961v1_random	280
chrY_NW_026527966v1_random	9166
chrY_NW_026527967v1_random	196
chrY_NW_026527968v1_random	1517
chrY_NW_026527969v1_random	8
chrY_NW_026527980v1_random	104

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	170811839	1	5032	145.73	104

Files

Filename	Size	md5
P0058_2.h5ad.gz	1.57 GB	7e6a51b45ec4f3ca7ed9d6035c994cf3
P0058_2.h5ad.gz.tbi	935.95 KB	9a4415b740e616a2f20e98fcc28e2e55
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	eb614b72e56f6e4b8cf1676d596839f6
statistics/