Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CAAACTGGTAACCTAG-P0059_1, ATGCGATTCCAACTGG-P0059_1, GAAGCTAAGGTAAGCA-P0059_1, GGCTCAATCGGTTTCC-P0059_1, CTCGTTATCTCAATTC-P0059_1 (top 5 of 1734 values)
count	int	count			[1, 1]	n 110,556,116 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	110556116
chr1	8741210
chr2	7446694
chr3	5731328
chr4	6214058
chr5	8614455
chr6	5625737
chr7	7097291
chr8	4479351
chr9	5470999
chr10	5938900
chr11	5774326
chr12	5672784
chr13	4345119
chr14	4261689
chr15	4212902
chr16	3369714
chr17	2551885
chr18	2010509
chr19	2329286
chr20	2123641
chr21	1636955
chr22	3872415
chrUn_NW_026528016v1	13
chrUn_NW_026528017v1	49
chrUn_NW_026528021v1	429
chrUn_NW_026528026v1	444
chrUn_NW_026528029v1	281
chrUn_NW_026528038v1	371
chrUn_NW_026528039v1	449
chrUn_NW_026528065v1	163
chrUn_NW_026528075v1	175
chrUn_NW_026528103v1	34
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	57
chrUn_NW_026528140v1	331
chrUn_NW_026528210v1	75
chrUn_NW_026528215v1	96
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	5
chrUn_NW_026528225v1	31
chrUn_NW_026528226v1	32
chrUn_NW_026528228v1	145
chrUn_NW_026528230v1	120
chrUn_NW_026528232v1	1296
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	258
chrUn_NW_026528285v1	37
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	192
chrUn_NW_026528296v1	6726
chrUn_NW_026528310v1	78
chrUn_NW_026528320v1	19
chrUn_NW_026528327v1	9
chrUn_NW_026528332v1	11
chrUn_NW_026528335v1	8
chrUn_NW_026528338v1	22
chrUn_NW_026528339v1	24
chrUn_NW_026528345v1	28
chrUn_NW_026528347v1	6
chrUn_NW_026528350v1	10
chrUn_NW_026528353v1	24
chrUn_NW_026528356v1	9
chrUn_NW_026528360v1	4
chrUn_NW_026528363v1	98
chrUn_NW_026528370v1	99
chrUn_NW_026528371v1	695
chrUn_NW_026528372v1	135
chrUn_NW_026528373v1	536
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	4
chrUn_NW_026528381v1	2
chrUn_NW_026528384v1	9
chrUn_NW_026528385v1	17
chrUn_NW_026528390v1	18
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528397v1	19
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	5
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	1
chrUn_NW_026528412v1	14
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528423v1	30
chrUn_NW_026528431v1	195
chrUn_NW_026528432v1	294
chrUn_NW_026528433v1	2017
chrUn_NW_026528440v1	3
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	378
chrUn_NW_026528558v1	1417
chrUn_NW_026528559v1	46
chrUn_NW_026528561v1	5
chrUn_NW_026528588v1	7
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	782
chrUn_NW_026528596v1	2073
chrUn_NW_026528609v1	15
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	167
chrUn_NW_026528631v1	69
chrUn_NW_026528634v1	149
chrUn_NW_026528635v1	5
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	8
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	11
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528677v1	15
chrUn_NW_026528708v1	11
chrUn_NW_026528719v1	494
chrUn_NW_026528737v1	10
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	10
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528749v1	3
chrUn_NW_026528750v1	16
chrUn_NW_026528751v1	2
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	13
chrUn_NW_026528755v1	76
chrUn_NW_026528772v1	11
chrUn_NW_026528775v1	2
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	6
chrUn_NW_026528786v1	10
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	67
chrUn_NW_026528795v1	52
chrUn_NW_026528796v1	197
chrUn_NW_026528797v1	2447
chrUn_NW_026528798v1	815
chrUn_NW_026528799v1	256
chrUn_NW_026528880v1	14
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	2
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	28
chrUn_NW_026528888v1	8
chrUn_NW_026528889v1	9
chrUn_NW_026528891v1	24
chrUn_NW_026528893v1	7
chrUn_NW_026528894v1	246
chrUn_NW_026528899v1	10
chrUn_NW_026528900v1	57
chrUn_NW_026528902v1	77
chrUn_NW_026528903v1	537
chrUn_NW_026528917v1	146
chrUn_NW_026528926v1	83
chrUn_NW_026528928v1	765
chrUn_NW_026528937v1	40
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	20
chrUn_NW_026528952v1	10
chrUn_NW_026528957v1	719
chrUn_NW_026528960v1	359
chrUn_NW_026528975v1	165
chrUn_NW_026528984v1	29
chrUn_NW_026528985v1	5
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	74
chrUn_NW_026528989v1	10
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	28
chrUn_NW_026529007v1	307
chrUn_NW_026529008v1	2086
chrUn_NW_026529013v1	58
chrUn_NW_026529015v1	103
chrUn_NW_026529016v1	970
chrUn_NW_026529060v1	1197
chrUn_NW_026529081v1	149
chrUn_NW_026529085v1	310
chrX	2973837
chrX_NW_026527892v1_random	265
chrX_NW_026527894v1_random	468
chrX_NW_026527897v1_random	87
chrY	13577
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	11
chrY_NW_026527913v1_random	25
chrY_NW_026527914v1_random	437
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	13
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	541
chrY_NW_026527939v1_random	28
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	1543
chrY_NW_026527950v1_random	535
chrY_NW_026527951v1_random	63
chrY_NW_026527955v1_random	45
chrY_NW_026527956v1_random	1123
chrY_NW_026527958v1_random	541
chrY_NW_026527960v1_random	52
chrY_NW_026527961v1_random	103
chrY_NW_026527966v1_random	5915
chrY_NW_026527967v1_random	77
chrY_NW_026527968v1_random	856
chrY_NW_026527969v1_random	4
chrY_NW_026527980v1_random	39

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	110556116	1	5027	156.34	118

Files

Filename	Size	md5
P0059_1.h5ad.gz	1021.46 MB	129128714c694e1255db797cc259d6ac
P0059_1.h5ad.gz.tbi	772.44 KB	148f2615e9816dcc6fd2409fe71c4605
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	0d1326ed548b96b1b18fca6d1100b812
statistics/