Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CAAACTGGTAACCTAG-P0059_1, CGCCTCATCATTACGA-P0059_1, AACATTGTCGCGCTAA-P0059_1, ATGCGATTCCAACTGG-P0059_1, GAAGCTAAGGTAAGCA-P0059_1 (top 5 of 2456 values)
count	int	count			[1, 1]	n 169,300,150 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	169300150
chr1	13509622
chr2	11469867
chr3	8648234
chr4	9395643
chr5	13228324
chr6	8702252
chr7	10960630
chr8	6853481
chr9	8409662
chr10	9030759
chr11	8863858
chr12	8801981
chr13	6620190
chr14	6510772
chr15	6409542
chr16	5207814
chr17	3878032
chr18	3067966
chr19	3568921
chr20	3231660
chr21	2510765
chr22	5836446
chrUn_NW_026528016v1	27
chrUn_NW_026528017v1	78
chrUn_NW_026528021v1	718
chrUn_NW_026528026v1	644
chrUn_NW_026528029v1	446
chrUn_NW_026528038v1	568
chrUn_NW_026528039v1	716
chrUn_NW_026528065v1	230
chrUn_NW_026528075v1	248
chrUn_NW_026528103v1	57
chrUn_NW_026528123v1	7
chrUn_NW_026528125v1	93
chrUn_NW_026528140v1	553
chrUn_NW_026528210v1	110
chrUn_NW_026528215v1	150
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	8
chrUn_NW_026528219v1	8
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	5
chrUn_NW_026528225v1	47
chrUn_NW_026528226v1	50
chrUn_NW_026528228v1	232
chrUn_NW_026528230v1	201
chrUn_NW_026528232v1	1920
chrUn_NW_026528259v1	6
chrUn_NW_026528278v1	520
chrUn_NW_026528285v1	43
chrUn_NW_026528292v1	13
chrUn_NW_026528295v1	290
chrUn_NW_026528296v1	10349
chrUn_NW_026528310v1	124
chrUn_NW_026528320v1	31
chrUn_NW_026528327v1	15
chrUn_NW_026528332v1	16
chrUn_NW_026528335v1	9
chrUn_NW_026528338v1	31
chrUn_NW_026528339v1	38
chrUn_NW_026528345v1	34
chrUn_NW_026528347v1	8
chrUn_NW_026528350v1	12
chrUn_NW_026528353v1	46
chrUn_NW_026528356v1	17
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	7
chrUn_NW_026528363v1	159
chrUn_NW_026528370v1	129
chrUn_NW_026528371v1	1013
chrUn_NW_026528372v1	273
chrUn_NW_026528373v1	762
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	5
chrUn_NW_026528381v1	2
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	17
chrUn_NW_026528385v1	25
chrUn_NW_026528390v1	26
chrUn_NW_026528393v1	6
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	25
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	7
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	19
chrUn_NW_026528413v1	3
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	51
chrUn_NW_026528431v1	297
chrUn_NW_026528432v1	457
chrUn_NW_026528433v1	3066
chrUn_NW_026528440v1	6
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	547
chrUn_NW_026528558v1	2293
chrUn_NW_026528559v1	56
chrUn_NW_026528561v1	7
chrUn_NW_026528588v1	11
chrUn_NW_026528589v1	13
chrUn_NW_026528590v1	1201
chrUn_NW_026528596v1	2971
chrUn_NW_026528609v1	28
chrUn_NW_026528611v1	8
chrUn_NW_026528615v1	15
chrUn_NW_026528621v1	265
chrUn_NW_026528631v1	94
chrUn_NW_026528634v1	221
chrUn_NW_026528635v1	5
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	12
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	15
chrUn_NW_026528668v1	12
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	21
chrUn_NW_026528708v1	18
chrUn_NW_026528719v1	762
chrUn_NW_026528737v1	22
chrUn_NW_026528739v1	3
chrUn_NW_026528741v1	3
chrUn_NW_026528745v1	18
chrUn_NW_026528748v1	4
chrUn_NW_026528749v1	3
chrUn_NW_026528750v1	18
chrUn_NW_026528751v1	2
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	17
chrUn_NW_026528755v1	113
chrUn_NW_026528772v1	21
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	5
chrUn_NW_026528784v1	8
chrUn_NW_026528785v1	10
chrUn_NW_026528786v1	17
chrUn_NW_026528788v1	5
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	139
chrUn_NW_026528795v1	89
chrUn_NW_026528796v1	303
chrUn_NW_026528797v1	3888
chrUn_NW_026528798v1	1197
chrUn_NW_026528799v1	335
chrUn_NW_026528880v1	26
chrUn_NW_026528882v1	7
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	9
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528886v1	2
chrUn_NW_026528887v1	48
chrUn_NW_026528888v1	20
chrUn_NW_026528889v1	10
chrUn_NW_026528891v1	38
chrUn_NW_026528893v1	10
chrUn_NW_026528894v1	402
chrUn_NW_026528899v1	16
chrUn_NW_026528900v1	104
chrUn_NW_026528902v1	145
chrUn_NW_026528903v1	1046
chrUn_NW_026528917v1	235
chrUn_NW_026528926v1	138
chrUn_NW_026528928v1	1236
chrUn_NW_026528937v1	65
chrUn_NW_026528938v1	8
chrUn_NW_026528950v1	27
chrUn_NW_026528952v1	16
chrUn_NW_026528957v1	1141
chrUn_NW_026528960v1	468
chrUn_NW_026528975v1	238
chrUn_NW_026528984v1	53
chrUn_NW_026528985v1	6
chrUn_NW_026528986v1	4
chrUn_NW_026528987v1	10
chrUn_NW_026528988v1	142
chrUn_NW_026528989v1	20
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528995v1	3
chrUn_NW_026528996v1	38
chrUn_NW_026529007v1	431
chrUn_NW_026529008v1	3407
chrUn_NW_026529013v1	88
chrUn_NW_026529015v1	154
chrUn_NW_026529016v1	1453
chrUn_NW_026529060v1	1832
chrUn_NW_026529081v1	289
chrUn_NW_026529085v1	629
chrX	4489216
chrX_NW_026527892v1_random	459
chrX_NW_026527894v1_random	738
chrX_NW_026527897v1_random	159
chrY	21776
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	21
chrY_NW_026527913v1_random	57
chrY_NW_026527914v1_random	710
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	20
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	3
chrY_NW_026527938v1_random	806
chrY_NW_026527939v1_random	43
chrY_NW_026527942v1_random	4
chrY_NW_026527949v1_random	2385
chrY_NW_026527950v1_random	838
chrY_NW_026527951v1_random	95
chrY_NW_026527955v1_random	58
chrY_NW_026527956v1_random	1500
chrY_NW_026527958v1_random	756
chrY_NW_026527960v1_random	76
chrY_NW_026527961v1_random	183
chrY_NW_026527966v1_random	8131
chrY_NW_026527967v1_random	205
chrY_NW_026527968v1_random	1465
chrY_NW_026527969v1_random	9
chrY_NW_026527980v1_random	68

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	169300150	1	5032	157.99	121

Files

Filename	Size	md5
P0059_1.gz	1.53 GB	310fd06c1bc30ca219246892d5bc54b6
P0059_1.gz.tbi	926.11 KB	03a8d54b795265f0bc7ef4900c66b6cf
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	ed2f11ec3e7cbb0c4dfe8515481f5677
statistics/