Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CAGCTAAGTTTGTGGA-P0059_2, GTTTAACCACAGGAAT-P0059_2, GACTTAGGTCAACAAT-P0059_2, AGGTAACCAATTGAAG-P0059_2, ATGACGAAGGAGGCAT-P0059_2 (top 5 of 1547 values)
count	int	count			[1, 1]	n 118,735,615 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	118735615
chr1	9418680
chr2	7988959
chr3	6056962
chr4	6667299
chr5	9279103
chr6	5993815
chr7	7618881
chr8	4769504
chr9	5889627
chr10	6430339
chr11	6161359
chr12	6111611
chr13	4631687
chr14	4536391
chr15	4520203
chr16	3613143
chr17	2717580
chr18	2213148
chr19	2494754
chr20	2289747
chr21	1762327
chr22	4232736
chrUn_NW_026528016v1	19
chrUn_NW_026528017v1	59
chrUn_NW_026528021v1	541
chrUn_NW_026528026v1	493
chrUn_NW_026528029v1	296
chrUn_NW_026528038v1	404
chrUn_NW_026528039v1	444
chrUn_NW_026528065v1	125
chrUn_NW_026528075v1	176
chrUn_NW_026528103v1	42
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	90
chrUn_NW_026528140v1	353
chrUn_NW_026528210v1	97
chrUn_NW_026528215v1	129
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	4
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	30
chrUn_NW_026528226v1	43
chrUn_NW_026528228v1	161
chrUn_NW_026528230v1	116
chrUn_NW_026528232v1	1203
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	325
chrUn_NW_026528285v1	25
chrUn_NW_026528292v1	11
chrUn_NW_026528295v1	266
chrUn_NW_026528296v1	6808
chrUn_NW_026528310v1	78
chrUn_NW_026528320v1	16
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	23
chrUn_NW_026528335v1	11
chrUn_NW_026528338v1	19
chrUn_NW_026528339v1	40
chrUn_NW_026528345v1	13
chrUn_NW_026528347v1	8
chrUn_NW_026528350v1	22
chrUn_NW_026528353v1	20
chrUn_NW_026528356v1	18
chrUn_NW_026528358v1	5
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	151
chrUn_NW_026528370v1	116
chrUn_NW_026528371v1	798
chrUn_NW_026528372v1	135
chrUn_NW_026528373v1	603
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	4
chrUn_NW_026528384v1	16
chrUn_NW_026528385v1	25
chrUn_NW_026528390v1	8
chrUn_NW_026528393v1	8
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	5
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	10
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	7
chrUn_NW_026528412v1	9
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528420v1	2
chrUn_NW_026528423v1	46
chrUn_NW_026528431v1	213
chrUn_NW_026528432v1	345
chrUn_NW_026528433v1	2377
chrUn_NW_026528440v1	6
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	374
chrUn_NW_026528558v1	1755
chrUn_NW_026528559v1	52
chrUn_NW_026528561v1	4
chrUn_NW_026528588v1	7
chrUn_NW_026528589v1	8
chrUn_NW_026528590v1	819
chrUn_NW_026528596v1	2362
chrUn_NW_026528609v1	21
chrUn_NW_026528611v1	7
chrUn_NW_026528615v1	9
chrUn_NW_026528621v1	193
chrUn_NW_026528631v1	62
chrUn_NW_026528634v1	165
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	13
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	17
chrUn_NW_026528668v1	13
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	14
chrUn_NW_026528719v1	573
chrUn_NW_026528737v1	23
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528745v1	16
chrUn_NW_026528750v1	17
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	73
chrUn_NW_026528772v1	9
chrUn_NW_026528775v1	9
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	5
chrUn_NW_026528785v1	5
chrUn_NW_026528786v1	14
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528793v1	104
chrUn_NW_026528795v1	58
chrUn_NW_026528796v1	189
chrUn_NW_026528797v1	2532
chrUn_NW_026528798v1	882
chrUn_NW_026528799v1	241
chrUn_NW_026528880v1	11
chrUn_NW_026528882v1	7
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528885v1	5
chrUn_NW_026528887v1	35
chrUn_NW_026528888v1	16
chrUn_NW_026528889v1	7
chrUn_NW_026528891v1	33
chrUn_NW_026528893v1	4
chrUn_NW_026528894v1	308
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	16
chrUn_NW_026528900v1	70
chrUn_NW_026528902v1	98
chrUn_NW_026528903v1	600
chrUn_NW_026528917v1	174
chrUn_NW_026528926v1	96
chrUn_NW_026528928v1	934
chrUn_NW_026528937v1	40
chrUn_NW_026528938v1	7
chrUn_NW_026528950v1	24
chrUn_NW_026528952v1	11
chrUn_NW_026528957v1	857
chrUn_NW_026528960v1	368
chrUn_NW_026528975v1	215
chrUn_NW_026528984v1	32
chrUn_NW_026528985v1	6
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	7
chrUn_NW_026528988v1	79
chrUn_NW_026528989v1	5
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528996v1	20
chrUn_NW_026529007v1	324
chrUn_NW_026529008v1	2153
chrUn_NW_026529013v1	73
chrUn_NW_026529015v1	129
chrUn_NW_026529016v1	1109
chrUn_NW_026529060v1	1365
chrUn_NW_026529081v1	143
chrUn_NW_026529085v1	360
chrX	3269809
chrX_NW_026527892v1_random	241
chrX_NW_026527894v1_random	547
chrX_NW_026527897v1_random	197
chrY	14150
chrY_NW_026527911v1_random	17
chrY_NW_026527913v1_random	39
chrY_NW_026527914v1_random	428
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	13
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	6
chrY_NW_026527938v1_random	645
chrY_NW_026527939v1_random	22
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	1581
chrY_NW_026527950v1_random	647
chrY_NW_026527951v1_random	79
chrY_NW_026527955v1_random	40
chrY_NW_026527956v1_random	1510
chrY_NW_026527958v1_random	820
chrY_NW_026527960v1_random	47
chrY_NW_026527961v1_random	139
chrY_NW_026527966v1_random	7792
chrY_NW_026527967v1_random	102
chrY_NW_026527968v1_random	906
chrY_NW_026527969v1_random	4
chrY_NW_026527980v1_random	65

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	118735615	1	5036	152.5	116

Files

Filename	Size	md5
P0059_2.h5ad.gz	1.05 GB	6e08604005a3090f7fff6ff991a1f3fc
P0059_2.h5ad.gz.tbi	794.23 KB	0ae22f36e125921b2e82efd9f7a87e62
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	7297a1e1ea685d2309b35f59636b67e2
statistics/