Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_2content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_2
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_2 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CAGCTAAGTTTGTGGA-P0059_2, GTTTAACCACAGGAAT-P0059_2, GACTTAGGTCAACAAT-P0059_2, AGGTAACCAATTGAAG-P0059_2, AACTCACAGACTTATG-P0059_2 (top 5 of 2108 values)
count	int	count			[1, 1]	n 174,360,085 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	174360085
chr1	13945368
chr2	11787167
chr3	8838240
chr4	9664232
chr5	13694125
chr6	8917429
chr7	11307122
chr8	7011359
chr9	8665506
chr10	9394852
chr11	9103120
chr12	8992908
chr13	6755693
chr14	6656674
chr15	6646903
chr16	5345746
chr17	3969681
chr18	3208799
chr19	3644351
chr20	3345102
chr21	2576678
chr22	6073088
chrUn_NW_026528016v1	27
chrUn_NW_026528017v1	93
chrUn_NW_026528021v1	788
chrUn_NW_026528026v1	691
chrUn_NW_026528029v1	463
chrUn_NW_026528038v1	566
chrUn_NW_026528039v1	701
chrUn_NW_026528065v1	209
chrUn_NW_026528075v1	261
chrUn_NW_026528103v1	64
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	122
chrUn_NW_026528140v1	533
chrUn_NW_026528210v1	133
chrUn_NW_026528215v1	195
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	9
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	7
chrUn_NW_026528225v1	54
chrUn_NW_026528226v1	61
chrUn_NW_026528228v1	241
chrUn_NW_026528230v1	183
chrUn_NW_026528232v1	1870
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	549
chrUn_NW_026528285v1	42
chrUn_NW_026528292v1	23
chrUn_NW_026528295v1	359
chrUn_NW_026528296v1	10647
chrUn_NW_026528310v1	123
chrUn_NW_026528320v1	29
chrUn_NW_026528327v1	16
chrUn_NW_026528332v1	27
chrUn_NW_026528335v1	16
chrUn_NW_026528338v1	31
chrUn_NW_026528339v1	51
chrUn_NW_026528345v1	17
chrUn_NW_026528347v1	11
chrUn_NW_026528350v1	28
chrUn_NW_026528353v1	36
chrUn_NW_026528356v1	26
chrUn_NW_026528358v1	6
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	228
chrUn_NW_026528370v1	158
chrUn_NW_026528371v1	1066
chrUn_NW_026528372v1	230
chrUn_NW_026528373v1	828
chrUn_NW_026528378v1	9
chrUn_NW_026528380v1	8
chrUn_NW_026528382v1	4
chrUn_NW_026528384v1	25
chrUn_NW_026528385v1	42
chrUn_NW_026528390v1	17
chrUn_NW_026528393v1	13
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	9
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	12
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	6
chrUn_NW_026528409v1	7
chrUn_NW_026528412v1	13
chrUn_NW_026528413v1	6
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	64
chrUn_NW_026528431v1	298
chrUn_NW_026528432v1	505
chrUn_NW_026528433v1	3277
chrUn_NW_026528440v1	9
chrUn_NW_026528471v1	2
chrUn_NW_026528480v1	583
chrUn_NW_026528558v1	2488
chrUn_NW_026528559v1	72
chrUn_NW_026528561v1	11
chrUn_NW_026528588v1	8
chrUn_NW_026528589v1	12
chrUn_NW_026528590v1	1150
chrUn_NW_026528596v1	3195
chrUn_NW_026528609v1	29
chrUn_NW_026528611v1	11
chrUn_NW_026528615v1	16
chrUn_NW_026528621v1	272
chrUn_NW_026528631v1	87
chrUn_NW_026528634v1	243
chrUn_NW_026528635v1	8
chrUn_NW_026528644v1	7
chrUn_NW_026528650v1	20
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	30
chrUn_NW_026528668v1	21
chrUn_NW_026528677v1	16
chrUn_NW_026528708v1	20
chrUn_NW_026528719v1	840
chrUn_NW_026528737v1	31
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528745v1	19
chrUn_NW_026528750v1	23
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	105
chrUn_NW_026528772v1	18
chrUn_NW_026528775v1	14
chrUn_NW_026528777v1	8
chrUn_NW_026528784v1	10
chrUn_NW_026528785v1	7
chrUn_NW_026528786v1	20
chrUn_NW_026528788v1	5
chrUn_NW_026528791v1	4
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	154
chrUn_NW_026528795v1	100
chrUn_NW_026528796v1	284
chrUn_NW_026528797v1	3936
chrUn_NW_026528798v1	1148
chrUn_NW_026528799v1	300
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	12
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	6
chrUn_NW_026528885v1	5
chrUn_NW_026528887v1	58
chrUn_NW_026528888v1	24
chrUn_NW_026528889v1	12
chrUn_NW_026528891v1	49
chrUn_NW_026528893v1	10
chrUn_NW_026528894v1	474
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	24
chrUn_NW_026528900v1	101
chrUn_NW_026528902v1	143
chrUn_NW_026528903v1	1061
chrUn_NW_026528917v1	292
chrUn_NW_026528926v1	144
chrUn_NW_026528928v1	1333
chrUn_NW_026528937v1	59
chrUn_NW_026528938v1	9
chrUn_NW_026528950v1	34
chrUn_NW_026528952v1	12
chrUn_NW_026528957v1	1239
chrUn_NW_026528960v1	497
chrUn_NW_026528975v1	289
chrUn_NW_026528984v1	59
chrUn_NW_026528985v1	8
chrUn_NW_026528986v1	5
chrUn_NW_026528987v1	8
chrUn_NW_026528988v1	169
chrUn_NW_026528989v1	17
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528994v1	3
chrUn_NW_026528996v1	40
chrUn_NW_026529007v1	442
chrUn_NW_026529008v1	3369
chrUn_NW_026529013v1	97
chrUn_NW_026529015v1	186
chrUn_NW_026529016v1	1536
chrUn_NW_026529060v1	1907
chrUn_NW_026529081v1	262
chrUn_NW_026529085v1	646
chrX	4716091
chrX_NW_026527892v1_random	378
chrX_NW_026527894v1_random	785
chrX_NW_026527897v1_random	240
chrY	21442
chrY_NW_026527911v1_random	30
chrY_NW_026527913v1_random	59
chrY_NW_026527914v1_random	670
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	19
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	927
chrY_NW_026527939v1_random	37
chrY_NW_026527942v1_random	7
chrY_NW_026527949v1_random	2399
chrY_NW_026527950v1_random	906
chrY_NW_026527951v1_random	122
chrY_NW_026527955v1_random	70
chrY_NW_026527956v1_random	2053
chrY_NW_026527958v1_random	1087
chrY_NW_026527960v1_random	78
chrY_NW_026527961v1_random	202
chrY_NW_026527966v1_random	10362
chrY_NW_026527967v1_random	210
chrY_NW_026527968v1_random	1477
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	92

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	174360085	1	5036	154.08	119

Files

Filename	Size	md5
P0059_2.gz	1.55 GB	a4d3b951092d8de69a8e5aab8297da6a
P0059_2.gz.tbi	936.87 KB	b75e27abdf56f62eb70c1e5374eefb25
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	c16f495c36a64060c54e01b6ba2d1388
statistics/