Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_3.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_3.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_3.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGTAATTGTTATCGAG-P0059_3, ACAGTATGTGTTTGCT-P0059_3, TTTGGCTGTAAGGTCC-P0059_3, CCTCAAACAGCATGAG-P0059_3, TCGTTAGCAAGTTATC-P0059_3 (top 5 of 550 values)
count	int	count			[1, 1]	n 22,090,762 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	22090762
chr1	1776239
chr2	1502861
chr3	1111669
chr4	1239175
chr5	1724348
chr6	1155430
chr7	1419024
chr8	863975
chr9	1061275
chr10	1162750
chr11	1148044
chr12	1133796
chr13	858727
chr14	843291
chr15	819224
chr16	692544
chr17	522371
chr18	405817
chr19	442163
chr20	441931
chr21	342050
chr22	788229
chrUn_NW_026528016v1	4
chrUn_NW_026528017v1	22
chrUn_NW_026528021v1	112
chrUn_NW_026528026v1	81
chrUn_NW_026528029v1	83
chrUn_NW_026528038v1	43
chrUn_NW_026528039v1	72
chrUn_NW_026528065v1	39
chrUn_NW_026528075v1	56
chrUn_NW_026528103v1	9
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	22
chrUn_NW_026528140v1	103
chrUn_NW_026528210v1	23
chrUn_NW_026528215v1	27
chrUn_NW_026528219v1	1
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	5
chrUn_NW_026528226v1	17
chrUn_NW_026528228v1	34
chrUn_NW_026528230v1	44
chrUn_NW_026528232v1	115
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	73
chrUn_NW_026528285v1	5
chrUn_NW_026528292v1	2
chrUn_NW_026528295v1	61
chrUn_NW_026528296v1	1361
chrUn_NW_026528310v1	16
chrUn_NW_026528320v1	4
chrUn_NW_026528327v1	4
chrUn_NW_026528332v1	8
chrUn_NW_026528338v1	8
chrUn_NW_026528339v1	9
chrUn_NW_026528345v1	7
chrUn_NW_026528347v1	1
chrUn_NW_026528350v1	5
chrUn_NW_026528353v1	9
chrUn_NW_026528356v1	3
chrUn_NW_026528363v1	39
chrUn_NW_026528370v1	14
chrUn_NW_026528371v1	129
chrUn_NW_026528372v1	46
chrUn_NW_026528373v1	128
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	6
chrUn_NW_026528385v1	4
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	3
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528423v1	13
chrUn_NW_026528431v1	44
chrUn_NW_026528432v1	106
chrUn_NW_026528433v1	488
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528480v1	104
chrUn_NW_026528558v1	445
chrUn_NW_026528559v1	8
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	2
chrUn_NW_026528589v1	6
chrUn_NW_026528590v1	190
chrUn_NW_026528596v1	568
chrUn_NW_026528609v1	6
chrUn_NW_026528611v1	2
chrUn_NW_026528615v1	2
chrUn_NW_026528621v1	25
chrUn_NW_026528631v1	6
chrUn_NW_026528634v1	29
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	4
chrUn_NW_026528677v1	4
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	123
chrUn_NW_026528737v1	3
chrUn_NW_026528745v1	3
chrUn_NW_026528750v1	3
chrUn_NW_026528754v1	3
chrUn_NW_026528755v1	15
chrUn_NW_026528772v1	1
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	2
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	4
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528793v1	27
chrUn_NW_026528795v1	16
chrUn_NW_026528796v1	46
chrUn_NW_026528797v1	730
chrUn_NW_026528798v1	114
chrUn_NW_026528799v1	23
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	6
chrUn_NW_026528888v1	2
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	3
chrUn_NW_026528893v1	1
chrUn_NW_026528894v1	94
chrUn_NW_026528899v1	2
chrUn_NW_026528900v1	14
chrUn_NW_026528902v1	27
chrUn_NW_026528903v1	162
chrUn_NW_026528917v1	49
chrUn_NW_026528926v1	32
chrUn_NW_026528928v1	234
chrUn_NW_026528937v1	10
chrUn_NW_026528950v1	4
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	209
chrUn_NW_026528960v1	27
chrUn_NW_026528975v1	42
chrUn_NW_026528984v1	5
chrUn_NW_026528985v1	1
chrUn_NW_026528987v1	1
chrUn_NW_026528988v1	12
chrUn_NW_026528989v1	1
chrUn_NW_026528996v1	8
chrUn_NW_026529007v1	47
chrUn_NW_026529008v1	564
chrUn_NW_026529013v1	18
chrUn_NW_026529015v1	34
chrUn_NW_026529016v1	279
chrUn_NW_026529060v1	180
chrUn_NW_026529081v1	50
chrUn_NW_026529085v1	73
chrX	619523
chrX_NW_026527892v1_random	88
chrX_NW_026527894v1_random	124
chrX_NW_026527897v1_random	43
chrY	3019
chrY_NW_026527911v1_random	4
chrY_NW_026527913v1_random	11
chrY_NW_026527914v1_random	103
chrY_NW_026527919v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	1
chrY_NW_026527938v1_random	162
chrY_NW_026527939v1_random	4
chrY_NW_026527949v1_random	286
chrY_NW_026527950v1_random	204
chrY_NW_026527951v1_random	25
chrY_NW_026527955v1_random	17
chrY_NW_026527956v1_random	739
chrY_NW_026527958v1_random	369
chrY_NW_026527960v1_random	20
chrY_NW_026527961v1_random	34
chrY_NW_026527966v1_random	2546
chrY_NW_026527967v1_random	30
chrY_NW_026527968v1_random	202
chrY_NW_026527969v1_random	2
chrY_NW_026527980v1_random	10

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	22090762	1	5014	136.68	96

Files

Filename	Size	md5
P0059_3.h5ad.gz	200.38 MB	55b5f87d45723f6a53a662999818f0fa
P0059_3.h5ad.gz.tbi	540.41 KB	28722d5058d19aecceb7a416ef57f40c
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	0f9c081571a887362845ed454749c263
statistics/