Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0059_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0059_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0059_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTAACCTGTTTACCGT-P0059_3, ATGAGCCGTATTCGCT-P0059_3, CTCTAAGCACCTACGG-P0059_3, CAAAGCGCAGGTTACC-P0059_3, CACCAACCAATTTGGT-P0059_3 (top 5 of 6782 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
429,195,749
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 429195749
chr1 34288383
chr2 29592266
chr3 22518532
chr4 24131744
chr5 32861746
chr6 23097190
chr7 27689491
chr8 17549728
chr9 21132564
chr10 22512500
chr11 22170552
chr12 21998218
chr13 17146602
chr14 16389095
chr15 15961779
chr16 13542515
chr17 10209474
chr18 7759764
chr19 8797376
chr20 8575700
chr21 6475792
chr22 13104306
chrUn_NW_026528016v1 67
chrUn_NW_026528017v1 212
chrUn_NW_026528021v1 2443
chrUn_NW_026528026v1 1284
chrUn_NW_026528029v1 938
chrUn_NW_026528038v1 1053
chrUn_NW_026528039v1 1483
chrUn_NW_026528065v1 506
chrUn_NW_026528075v1 513
chrUn_NW_026528103v1 124
chrUn_NW_026528123v1 23
chrUn_NW_026528125v1 222
chrUn_NW_026528140v1 1774
chrUn_NW_026528210v1 426
chrUn_NW_026528215v1 582
chrUn_NW_026528217v1 6
chrUn_NW_026528218v1 16
chrUn_NW_026528219v1 25
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 18
chrUn_NW_026528225v1 238
chrUn_NW_026528226v1 140
chrUn_NW_026528228v1 456
chrUn_NW_026528230v1 767
chrUn_NW_026528232v1 3350
chrUn_NW_026528259v1 10
chrUn_NW_026528278v1 1206
chrUn_NW_026528285v1 82
chrUn_NW_026528292v1 36
chrUn_NW_026528295v1 632
chrUn_NW_026528296v1 30952
chrUn_NW_026528310v1 333
chrUn_NW_026528320v1 64
chrUn_NW_026528327v1 51
chrUn_NW_026528332v1 72
chrUn_NW_026528335v1 18
chrUn_NW_026528338v1 97
chrUn_NW_026528339v1 98
chrUn_NW_026528345v1 55
chrUn_NW_026528347v1 20
chrUn_NW_026528350v1 61
chrUn_NW_026528353v1 65
chrUn_NW_026528356v1 56
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 460
chrUn_NW_026528370v1 333
chrUn_NW_026528371v1 2667
chrUn_NW_026528372v1 997
chrUn_NW_026528373v1 2554
chrUn_NW_026528378v1 15
chrUn_NW_026528380v1 13
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 53
chrUn_NW_026528385v1 92
chrUn_NW_026528390v1 63
chrUn_NW_026528393v1 23
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 33
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 31
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 12
chrUn_NW_026528409v1 18
chrUn_NW_026528412v1 42
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 10
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 158
chrUn_NW_026528431v1 957
chrUn_NW_026528432v1 1130
chrUn_NW_026528433v1 7791
chrUn_NW_026528440v1 12
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1436
chrUn_NW_026528558v1 4350
chrUn_NW_026528559v1 140
chrUn_NW_026528561v1 12
chrUn_NW_026528588v1 26
chrUn_NW_026528589v1 55
chrUn_NW_026528590v1 2941
chrUn_NW_026528596v1 7585
chrUn_NW_026528609v1 72
chrUn_NW_026528611v1 30
chrUn_NW_026528615v1 38
chrUn_NW_026528621v1 566
chrUn_NW_026528631v1 157
chrUn_NW_026528634v1 522
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 12
chrUn_NW_026528650v1 42
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 61
chrUn_NW_026528668v1 31
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 76
chrUn_NW_026528708v1 22
chrUn_NW_026528719v1 1361
chrUn_NW_026528737v1 74
chrUn_NW_026528739v1 7
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 28
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 3
chrUn_NW_026528750v1 47
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 25
chrUn_NW_026528755v1 273
chrUn_NW_026528772v1 51
chrUn_NW_026528775v1 31
chrUn_NW_026528777v1 19
chrUn_NW_026528784v1 29
chrUn_NW_026528785v1 27
chrUn_NW_026528786v1 63
chrUn_NW_026528788v1 20
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 7
chrUn_NW_026528793v1 479
chrUn_NW_026528795v1 318
chrUn_NW_026528796v1 897
chrUn_NW_026528797v1 13093
chrUn_NW_026528798v1 2618
chrUn_NW_026528799v1 479
chrUn_NW_026528880v1 56
chrUn_NW_026528882v1 25
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 35
chrUn_NW_026528885v1 11
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 157
chrUn_NW_026528888v1 53
chrUn_NW_026528889v1 51
chrUn_NW_026528891v1 121
chrUn_NW_026528893v1 22
chrUn_NW_026528894v1 1020
chrUn_NW_026528896v1 6
chrUn_NW_026528899v1 44
chrUn_NW_026528900v1 314
chrUn_NW_026528902v1 396
chrUn_NW_026528903v1 3667
chrUn_NW_026528917v1 678
chrUn_NW_026528926v1 312
chrUn_NW_026528928v1 2421
chrUn_NW_026528937v1 129
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 46
chrUn_NW_026528952v1 28
chrUn_NW_026528957v1 2265
chrUn_NW_026528960v1 807
chrUn_NW_026528975v1 571
chrUn_NW_026528984v1 152
chrUn_NW_026528985v1 16
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 14
chrUn_NW_026528988v1 318
chrUn_NW_026528989v1 52
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 110
chrUn_NW_026529007v1 986
chrUn_NW_026529008v1 10781
chrUn_NW_026529013v1 184
chrUn_NW_026529015v1 358
chrUn_NW_026529016v1 2937
chrUn_NW_026529060v1 4276
chrUn_NW_026529081v1 695
chrUn_NW_026529085v1 1529
chrX 11445948
chrX_NW_026527892v1_random 1278
chrX_NW_026527894v1_random 2284
chrX_NW_026527897v1_random 567
chrY 56526
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 59
chrY_NW_026527913v1_random 217
chrY_NW_026527914v1_random 1668
chrY_NW_026527915v1_random 14
chrY_NW_026527919v1_random 45
chrY_NW_026527927v1_random 10
chrY_NW_026527932v1_random 33
chrY_NW_026527938v1_random 1572
chrY_NW_026527939v1_random 93
chrY_NW_026527942v1_random 12
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 5915
chrY_NW_026527950v1_random 2433
chrY_NW_026527951v1_random 331
chrY_NW_026527955v1_random 260
chrY_NW_026527956v1_random 3692
chrY_NW_026527958v1_random 1746
chrY_NW_026527960v1_random 216
chrY_NW_026527961v1_random 674
chrY_NW_026527966v1_random 18262
chrY_NW_026527967v1_random 531
chrY_NW_026527968v1_random 3827
chrY_NW_026527969v1_random 26
chrY_NW_026527980v1_random 249

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 429195749 1 5039 145.54 110
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0059_3.gz 3.95 GB 805eafc08cbdd91c1e65b683dd1b7eac
P0059_3.gz.tbi 1.41 MB ee724d3cb58dcc6f9268558101cb5173
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB af4725d615a6e7faeee24c20cdd0812c
statistics/