Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_4.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_4.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_4.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_4 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GTAAGCAAGGTTACAC-P0059_4, TTTGCGGAGTATTGCA-P0059_4, TACGTTAAGGCATGTT-P0059_4, TTGACATCAATTAACC-P0059_4, ATTTGTGAGCCGCTTT-P0059_4 (top 5 of 575 values)
count	int	count			[1, 1]	n 24,806,413 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	24806413
chr1	1999873
chr2	1704662
chr3	1286199
chr4	1401598
chr5	1927215
chr6	1313899
chr7	1580028
chr8	983208
chr9	1192317
chr10	1273396
chr11	1284462
chr12	1258505
chr13	967121
chr14	934388
chr15	929890
chr16	747080
chr17	590468
chr18	441969
chr19	498319
chr20	494648
chr21	376160
chr22	879023
chrUn_NW_026528016v1	5
chrUn_NW_026528017v1	21
chrUn_NW_026528021v1	119
chrUn_NW_026528026v1	136
chrUn_NW_026528029v1	78
chrUn_NW_026528038v1	52
chrUn_NW_026528039v1	78
chrUn_NW_026528065v1	50
chrUn_NW_026528075v1	56
chrUn_NW_026528103v1	11
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	23
chrUn_NW_026528140v1	127
chrUn_NW_026528210v1	22
chrUn_NW_026528215v1	35
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	2
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	8
chrUn_NW_026528226v1	17
chrUn_NW_026528228v1	38
chrUn_NW_026528230v1	46
chrUn_NW_026528232v1	131
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	81
chrUn_NW_026528285v1	2
chrUn_NW_026528292v1	2
chrUn_NW_026528295v1	94
chrUn_NW_026528296v1	1514
chrUn_NW_026528310v1	22
chrUn_NW_026528320v1	1
chrUn_NW_026528327v1	7
chrUn_NW_026528332v1	8
chrUn_NW_026528335v1	2
chrUn_NW_026528338v1	11
chrUn_NW_026528339v1	8
chrUn_NW_026528345v1	4
chrUn_NW_026528350v1	4
chrUn_NW_026528353v1	6
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	42
chrUn_NW_026528370v1	33
chrUn_NW_026528371v1	110
chrUn_NW_026528372v1	62
chrUn_NW_026528373v1	133
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528384v1	3
chrUn_NW_026528385v1	8
chrUn_NW_026528390v1	2
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	4
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528423v1	6
chrUn_NW_026528431v1	51
chrUn_NW_026528432v1	119
chrUn_NW_026528433v1	699
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	152
chrUn_NW_026528558v1	521
chrUn_NW_026528559v1	16
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	1
chrUn_NW_026528589v1	2
chrUn_NW_026528590v1	186
chrUn_NW_026528596v1	620
chrUn_NW_026528609v1	4
chrUn_NW_026528611v1	1
chrUn_NW_026528615v1	3
chrUn_NW_026528621v1	39
chrUn_NW_026528631v1	12
chrUn_NW_026528634v1	50
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	4
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528661v1	2
chrUn_NW_026528668v1	1
chrUn_NW_026528677v1	1
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	148
chrUn_NW_026528737v1	4
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528748v1	1
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528754v1	3
chrUn_NW_026528755v1	28
chrUn_NW_026528772v1	1
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	2
chrUn_NW_026528786v1	4
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528793v1	26
chrUn_NW_026528795v1	16
chrUn_NW_026528796v1	55
chrUn_NW_026528797v1	834
chrUn_NW_026528798v1	176
chrUn_NW_026528799v1	31
chrUn_NW_026528880v1	5
chrUn_NW_026528882v1	3
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	3
chrUn_NW_026528887v1	13
chrUn_NW_026528888v1	4
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	11
chrUn_NW_026528893v1	3
chrUn_NW_026528894v1	91
chrUn_NW_026528899v1	1
chrUn_NW_026528900v1	15
chrUn_NW_026528902v1	15
chrUn_NW_026528903v1	219
chrUn_NW_026528917v1	68
chrUn_NW_026528926v1	32
chrUn_NW_026528928v1	317
chrUn_NW_026528937v1	15
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	2
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	293
chrUn_NW_026528960v1	37
chrUn_NW_026528975v1	58
chrUn_NW_026528984v1	12
chrUn_NW_026528985v1	1
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	3
chrUn_NW_026528988v1	20
chrUn_NW_026528989v1	1
chrUn_NW_026528996v1	10
chrUn_NW_026529007v1	59
chrUn_NW_026529008v1	662
chrUn_NW_026529013v1	22
chrUn_NW_026529015v1	42
chrUn_NW_026529016v1	360
chrUn_NW_026529060v1	233
chrUn_NW_026529081v1	41
chrUn_NW_026529085v1	72
chrX	722913
chrX_NW_026527892v1_random	71
chrX_NW_026527894v1_random	106
chrX_NW_026527897v1_random	33
chrY	3251
chrY_NW_026527911v1_random	3
chrY_NW_026527913v1_random	9
chrY_NW_026527914v1_random	110
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	1
chrY_NW_026527938v1_random	162
chrY_NW_026527939v1_random	8
chrY_NW_026527949v1_random	282
chrY_NW_026527950v1_random	224
chrY_NW_026527951v1_random	21
chrY_NW_026527955v1_random	15
chrY_NW_026527956v1_random	909
chrY_NW_026527958v1_random	443
chrY_NW_026527960v1_random	16
chrY_NW_026527961v1_random	51
chrY_NW_026527966v1_random	3199
chrY_NW_026527967v1_random	24
chrY_NW_026527968v1_random	263
chrY_NW_026527980v1_random	24

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	24806413	1	5012	134.65	95

Files

Filename	Size	md5
P0059_4.h5ad.gz	223.99 MB	2eeb4bb75ea8b0e2b75b8e358913349a
P0059_4.h5ad.gz.tbi	541.46 KB	e6cdad35cc5e9fe692f452b24067326d
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	26941b5b7caba5a06da422ec49687bdd
statistics/