Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0059_4content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0059_4
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0059_4 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0059_4 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GTAAGCAAGGTTACAC-P0059_4, TTTGCGGAGTATTGCA-P0059_4, ACATTGCAGCTAAGTC-P0059_4, CGAACCGGTCCGCTGT-P0059_4, CGGGACAAGCTATTGA-P0059_4 (top 5 of 6232 values)
count	int	count			[1, 1]	n 425,464,114 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	425464114
chr1	33985114
chr2	29363235
chr3	22527204
chr4	24049246
chr5	32507259
chr6	22832455
chr7	27409605
chr8	17432962
chr9	20899948
chr10	22216050
chr11	21864911
chr12	21746188
chr13	17104254
chr14	16210917
chr15	15843124
chr16	13435892
chr17	10164386
chr18	7694302
chr19	8692279
chr20	8486399
chr21	6423373
chr22	12957989
chrUn_NW_026528016v1	59
chrUn_NW_026528017v1	242
chrUn_NW_026528021v1	2374
chrUn_NW_026528026v1	1386
chrUn_NW_026528029v1	856
chrUn_NW_026528038v1	1095
chrUn_NW_026528039v1	1444
chrUn_NW_026528065v1	527
chrUn_NW_026528075v1	489
chrUn_NW_026528103v1	127
chrUn_NW_026528123v1	15
chrUn_NW_026528125v1	213
chrUn_NW_026528140v1	1704
chrUn_NW_026528210v1	451
chrUn_NW_026528215v1	578
chrUn_NW_026528217v1	4
chrUn_NW_026528218v1	14
chrUn_NW_026528219v1	42
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	9
chrUn_NW_026528224v1	23
chrUn_NW_026528225v1	202
chrUn_NW_026528226v1	160
chrUn_NW_026528228v1	467
chrUn_NW_026528230v1	791
chrUn_NW_026528232v1	3492
chrUn_NW_026528259v1	13
chrUn_NW_026528278v1	1176
chrUn_NW_026528285v1	84
chrUn_NW_026528292v1	39
chrUn_NW_026528295v1	665
chrUn_NW_026528296v1	29646
chrUn_NW_026528310v1	332
chrUn_NW_026528320v1	63
chrUn_NW_026528327v1	56
chrUn_NW_026528332v1	74
chrUn_NW_026528335v1	27
chrUn_NW_026528338v1	103
chrUn_NW_026528339v1	105
chrUn_NW_026528345v1	51
chrUn_NW_026528347v1	15
chrUn_NW_026528350v1	56
chrUn_NW_026528353v1	102
chrUn_NW_026528356v1	66
chrUn_NW_026528358v1	12
chrUn_NW_026528360v1	6
chrUn_NW_026528363v1	515
chrUn_NW_026528370v1	326
chrUn_NW_026528371v1	2446
chrUn_NW_026528372v1	1041
chrUn_NW_026528373v1	2329
chrUn_NW_026528378v1	16
chrUn_NW_026528380v1	14
chrUn_NW_026528381v1	5
chrUn_NW_026528382v1	10
chrUn_NW_026528384v1	47
chrUn_NW_026528385v1	98
chrUn_NW_026528390v1	59
chrUn_NW_026528393v1	24
chrUn_NW_026528396v1	6
chrUn_NW_026528397v1	45
chrUn_NW_026528402v1	6
chrUn_NW_026528403v1	28
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	8
chrUn_NW_026528409v1	24
chrUn_NW_026528412v1	33
chrUn_NW_026528413v1	17
chrUn_NW_026528416v1	13
chrUn_NW_026528419v1	3
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	150
chrUn_NW_026528431v1	914
chrUn_NW_026528432v1	1190
chrUn_NW_026528433v1	7527
chrUn_NW_026528440v1	16
chrUn_NW_026528471v1	4
chrUn_NW_026528480v1	1479
chrUn_NW_026528558v1	4577
chrUn_NW_026528559v1	170
chrUn_NW_026528561v1	15
chrUn_NW_026528588v1	32
chrUn_NW_026528589v1	48
chrUn_NW_026528590v1	3004
chrUn_NW_026528596v1	7337
chrUn_NW_026528609v1	61
chrUn_NW_026528611v1	33
chrUn_NW_026528615v1	51
chrUn_NW_026528621v1	595
chrUn_NW_026528631v1	169
chrUn_NW_026528634v1	561
chrUn_NW_026528635v1	9
chrUn_NW_026528644v1	17
chrUn_NW_026528650v1	58
chrUn_NW_026528656v1	10
chrUn_NW_026528660v1	3
chrUn_NW_026528661v1	46
chrUn_NW_026528668v1	41
chrUn_NW_026528670v1	10
chrUn_NW_026528677v1	63
chrUn_NW_026528708v1	20
chrUn_NW_026528719v1	1328
chrUn_NW_026528737v1	67
chrUn_NW_026528739v1	4
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	37
chrUn_NW_026528748v1	10
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	46
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	21
chrUn_NW_026528755v1	316
chrUn_NW_026528772v1	46
chrUn_NW_026528775v1	35
chrUn_NW_026528777v1	25
chrUn_NW_026528784v1	41
chrUn_NW_026528785v1	34
chrUn_NW_026528786v1	68
chrUn_NW_026528788v1	19
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528792v1	5
chrUn_NW_026528793v1	474
chrUn_NW_026528795v1	328
chrUn_NW_026528796v1	872
chrUn_NW_026528797v1	12853
chrUn_NW_026528798v1	2567
chrUn_NW_026528799v1	484
chrUn_NW_026528880v1	59
chrUn_NW_026528882v1	28
chrUn_NW_026528883v1	5
chrUn_NW_026528884v1	24
chrUn_NW_026528885v1	13
chrUn_NW_026528886v1	2
chrUn_NW_026528887v1	156
chrUn_NW_026528888v1	60
chrUn_NW_026528889v1	52
chrUn_NW_026528891v1	142
chrUn_NW_026528893v1	28
chrUn_NW_026528894v1	1111
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	35
chrUn_NW_026528900v1	284
chrUn_NW_026528902v1	403
chrUn_NW_026528903v1	3555
chrUn_NW_026528917v1	686
chrUn_NW_026528926v1	298
chrUn_NW_026528928v1	2589
chrUn_NW_026528937v1	113
chrUn_NW_026528938v1	12
chrUn_NW_026528950v1	53
chrUn_NW_026528952v1	26
chrUn_NW_026528957v1	2331
chrUn_NW_026528960v1	717
chrUn_NW_026528975v1	508
chrUn_NW_026528984v1	150
chrUn_NW_026528985v1	20
chrUn_NW_026528986v1	6
chrUn_NW_026528987v1	28
chrUn_NW_026528988v1	309
chrUn_NW_026528989v1	44
chrUn_NW_026528992v1	4
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	120
chrUn_NW_026529007v1	992
chrUn_NW_026529008v1	11272
chrUn_NW_026529013v1	190
chrUn_NW_026529015v1	351
chrUn_NW_026529016v1	2981
chrUn_NW_026529060v1	3889
chrUn_NW_026529081v1	717
chrUn_NW_026529085v1	1531
chrX	11374932
chrX_NW_026527892v1_random	1144
chrX_NW_026527894v1_random	2154
chrX_NW_026527897v1_random	566
chrY	55040
chrY_NW_026527909v1_random	2
chrY_NW_026527911v1_random	56
chrY_NW_026527913v1_random	183
chrY_NW_026527914v1_random	1669
chrY_NW_026527915v1_random	10
chrY_NW_026527919v1_random	48
chrY_NW_026527927v1_random	16
chrY_NW_026527932v1_random	19
chrY_NW_026527938v1_random	1484
chrY_NW_026527939v1_random	77
chrY_NW_026527942v1_random	13
chrY_NW_026527949v1_random	6162
chrY_NW_026527950v1_random	2306
chrY_NW_026527951v1_random	294
chrY_NW_026527955v1_random	236
chrY_NW_026527956v1_random	3773
chrY_NW_026527958v1_random	1818
chrY_NW_026527960v1_random	213
chrY_NW_026527961v1_random	688
chrY_NW_026527966v1_random	18977
chrY_NW_026527967v1_random	531
chrY_NW_026527968v1_random	3960
chrY_NW_026527969v1_random	28
chrY_NW_026527980v1_random	248

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	425464114	1	5041	145.24	112

Files

Filename	Size	md5
P0059_4.gz	3.91 GB	1e739f7340e277a2a696efad9926f883
P0059_4.gz.tbi	1.39 MB	b5011011dfb5cdd9694483b33d6eff13
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	7a931f6b4f5322f8204dc585a8b8b380
statistics/