Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0060_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0060_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0060_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGTTTGTAGATTGAGG-P0060_1, GCTCCTTAGCTCCTAC-P0060_1, ATGCAAACATAGCGAG-P0060_1, GTCTATGCATAGGCGA-P0060_1, TAAGTAGCAACCTAAT-P0060_1 (top 5 of 654 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
22,849,953
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 22849953
chr1 1897435
chr2 1513918
chr3 1061796
chr4 1222284
chr5 1903890
chr6 1174596
chr7 1469757
chr8 894865
chr9 1130956
chr10 1187155
chr11 1209418
chr12 1214766
chr13 867601
chr14 850855
chr15 887511
chr16 685013
chr17 494743
chr18 416412
chr19 483296
chr20 476350
chr21 346408
chr22 879935
chrUn_NW_026528016v1 6
chrUn_NW_026528017v1 10
chrUn_NW_026528021v1 129
chrUn_NW_026528026v1 109
chrUn_NW_026528029v1 42
chrUn_NW_026528038v1 79
chrUn_NW_026528039v1 99
chrUn_NW_026528065v1 21
chrUn_NW_026528075v1 44
chrUn_NW_026528103v1 6
chrUn_NW_026528125v1 12
chrUn_NW_026528140v1 55
chrUn_NW_026528210v1 13
chrUn_NW_026528215v1 34
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528225v1 1
chrUn_NW_026528226v1 10
chrUn_NW_026528228v1 40
chrUn_NW_026528230v1 24
chrUn_NW_026528232v1 181
chrUn_NW_026528278v1 78
chrUn_NW_026528285v1 7
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 47
chrUn_NW_026528296v1 1559
chrUn_NW_026528310v1 19
chrUn_NW_026528320v1 6
chrUn_NW_026528327v1 4
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528338v1 4
chrUn_NW_026528339v1 3
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 3
chrUn_NW_026528356v1 4
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 33
chrUn_NW_026528370v1 13
chrUn_NW_026528371v1 156
chrUn_NW_026528372v1 47
chrUn_NW_026528373v1 184
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 6
chrUn_NW_026528390v1 4
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 9
chrUn_NW_026528431v1 29
chrUn_NW_026528432v1 71
chrUn_NW_026528433v1 389
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 85
chrUn_NW_026528558v1 363
chrUn_NW_026528559v1 12
chrUn_NW_026528561v1 1
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 119
chrUn_NW_026528596v1 391
chrUn_NW_026528609v1 2
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 42
chrUn_NW_026528631v1 9
chrUn_NW_026528634v1 22
chrUn_NW_026528650v1 3
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 119
chrUn_NW_026528737v1 7
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528755v1 13
chrUn_NW_026528772v1 1
chrUn_NW_026528775v1 1
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 2
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 1
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 14
chrUn_NW_026528795v1 22
chrUn_NW_026528796v1 37
chrUn_NW_026528797v1 465
chrUn_NW_026528798v1 184
chrUn_NW_026528799v1 21
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528887v1 7
chrUn_NW_026528888v1 5
chrUn_NW_026528889v1 3
chrUn_NW_026528891v1 4
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528894v1 51
chrUn_NW_026528899v1 1
chrUn_NW_026528900v1 7
chrUn_NW_026528902v1 10
chrUn_NW_026528903v1 117
chrUn_NW_026528917v1 40
chrUn_NW_026528926v1 34
chrUn_NW_026528928v1 209
chrUn_NW_026528937v1 8
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 180
chrUn_NW_026528960v1 21
chrUn_NW_026528975v1 40
chrUn_NW_026528984v1 2
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 25
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 5
chrUn_NW_026529007v1 45
chrUn_NW_026529008v1 621
chrUn_NW_026529013v1 8
chrUn_NW_026529015v1 18
chrUn_NW_026529016v1 233
chrUn_NW_026529060v1 215
chrUn_NW_026529081v1 20
chrUn_NW_026529085v1 67
chrX 568411
chrX_NW_026527892v1_random 45
chrX_NW_026527894v1_random 112
chrX_NW_026527897v1_random 33
chrY 2698
chrY_NW_026527911v1_random 2
chrY_NW_026527913v1_random 3
chrY_NW_026527914v1_random 44
chrY_NW_026527919v1_random 1
chrY_NW_026527927v1_random 1
chrY_NW_026527938v1_random 91
chrY_NW_026527939v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 213
chrY_NW_026527950v1_random 111
chrY_NW_026527951v1_random 19
chrY_NW_026527955v1_random 16
chrY_NW_026527956v1_random 228
chrY_NW_026527958v1_random 85
chrY_NW_026527960v1_random 11
chrY_NW_026527961v1_random 34
chrY_NW_026527966v1_random 1008
chrY_NW_026527967v1_random 17
chrY_NW_026527968v1_random 174
chrY_NW_026527969v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 10

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 22849953 1 4982 125.55 91
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0060_1.h5ad.gz 212.53 MB c33488d5c7bbf7655811c56dcd459090
P0060_1.h5ad.gz.tbi 564.59 KB ae6c0140cbed0ae26656a980c238136c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 01911f7fceca91f3d4a083d1cde04887
statistics/