Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0060_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0060_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0060_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGGATTGGTGTTTCAC-P0060_2, TTCATTCAGCCACATG-P0060_2, TCTATGTTCTAACCAA-P0060_2, CCTTCGTAGGAACCAA-P0060_2, GCTTTACGTTGCTGGG-P0060_2 (top 5 of 662 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
22,076,169
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 22076169
chr1 1811397
chr2 1490963
chr3 1026051
chr4 1163879
chr5 1844447
chr6 1133079
chr7 1418365
chr8 849122
chr9 1097178
chr10 1169730
chr11 1161073
chr12 1166260
chr13 847375
chr14 821404
chr15 854335
chr16 667883
chr17 481735
chr18 400749
chr19 464724
chr20 446569
chr21 333178
chr22 855700
chrUn_NW_026528016v1 5
chrUn_NW_026528017v1 3
chrUn_NW_026528021v1 110
chrUn_NW_026528026v1 101
chrUn_NW_026528029v1 63
chrUn_NW_026528038v1 83
chrUn_NW_026528039v1 96
chrUn_NW_026528065v1 30
chrUn_NW_026528075v1 43
chrUn_NW_026528103v1 8
chrUn_NW_026528125v1 8
chrUn_NW_026528140v1 68
chrUn_NW_026528210v1 14
chrUn_NW_026528215v1 15
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 6
chrUn_NW_026528226v1 13
chrUn_NW_026528228v1 17
chrUn_NW_026528230v1 28
chrUn_NW_026528232v1 160
chrUn_NW_026528278v1 72
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 50
chrUn_NW_026528296v1 1384
chrUn_NW_026528310v1 17
chrUn_NW_026528320v1 3
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528338v1 3
chrUn_NW_026528339v1 4
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528350v1 2
chrUn_NW_026528353v1 4
chrUn_NW_026528356v1 2
chrUn_NW_026528363v1 24
chrUn_NW_026528370v1 15
chrUn_NW_026528371v1 135
chrUn_NW_026528372v1 49
chrUn_NW_026528373v1 145
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 2
chrUn_NW_026528385v1 2
chrUn_NW_026528390v1 4
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528423v1 6
chrUn_NW_026528431v1 34
chrUn_NW_026528432v1 63
chrUn_NW_026528433v1 419
chrUn_NW_026528480v1 62
chrUn_NW_026528558v1 332
chrUn_NW_026528559v1 7
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528589v1 2
chrUn_NW_026528590v1 153
chrUn_NW_026528596v1 382
chrUn_NW_026528609v1 4
chrUn_NW_026528621v1 36
chrUn_NW_026528631v1 7
chrUn_NW_026528634v1 33
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528719v1 97
chrUn_NW_026528737v1 3
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 10
chrUn_NW_026528772v1 2
chrUn_NW_026528775v1 1
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 2
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528793v1 14
chrUn_NW_026528795v1 17
chrUn_NW_026528796v1 32
chrUn_NW_026528797v1 426
chrUn_NW_026528798v1 151
chrUn_NW_026528799v1 32
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528887v1 3
chrUn_NW_026528888v1 2
chrUn_NW_026528891v1 7
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528894v1 50
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 19
chrUn_NW_026528902v1 22
chrUn_NW_026528903v1 105
chrUn_NW_026528917v1 47
chrUn_NW_026528926v1 10
chrUn_NW_026528928v1 184
chrUn_NW_026528937v1 3
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 156
chrUn_NW_026528960v1 15
chrUn_NW_026528975v1 30
chrUn_NW_026528984v1 3
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 25
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026529007v1 49
chrUn_NW_026529008v1 472
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 20
chrUn_NW_026529016v1 195
chrUn_NW_026529060v1 188
chrUn_NW_026529081v1 18
chrUn_NW_026529085v1 54
chrX 559382
chrX_NW_026527892v1_random 51
chrX_NW_026527894v1_random 81
chrX_NW_026527897v1_random 18
chrY 2721
chrY_NW_026527911v1_random 3
chrY_NW_026527913v1_random 4
chrY_NW_026527914v1_random 80
chrY_NW_026527919v1_random 3
chrY_NW_026527938v1_random 78
chrY_NW_026527939v1_random 6
chrY_NW_026527949v1_random 197
chrY_NW_026527950v1_random 104
chrY_NW_026527951v1_random 14
chrY_NW_026527955v1_random 14
chrY_NW_026527956v1_random 175
chrY_NW_026527958v1_random 83
chrY_NW_026527960v1_random 8
chrY_NW_026527961v1_random 22
chrY_NW_026527966v1_random 863
chrY_NW_026527967v1_random 17
chrY_NW_026527968v1_random 147
chrY_NW_026527969v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 7

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 22076169 1 5011 129.4 95
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0060_2.h5ad.gz 206.44 MB 487a811bd4d8332b8f75debede890e9e
P0060_2.h5ad.gz.tbi 563.81 KB 748983f5c8f0f1b2c86178ca3997f005
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB f4d2b8c31f476aa5bbeb88a3952f8a64
statistics/