Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_2content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0060_2
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0060_2 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0060_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGTGTGAGTAACCTAG-P0060_2, CATCAATCAGTTGCGT-P0060_2, GCATTGCCAGCATGTC-P0060_2, GTGTCCAAGCTGGCTA-P0060_2, GCCAGGAAGCACCACA-P0060_2 (top 5 of 6573 values)
count	int	count			[1, 1]	n 257,065,918 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	257065918
chr1	20792872
chr2	17257000
chr3	12186362
chr4	13649457
chr5	21097435
chr6	13235771
chr7	16974441
chr8	10045334
chr9	12871213
chr10	13633242
chr11	13563188
chr12	13739262
chr13	9838933
chr14	9662113
chr15	9807849
chr16	7757626
chr17	5619236
chr18	4730735
chr19	5437798
chr20	4999842
chr21	3778213
chr22	9675427
chrUn_NW_026528016v1	49
chrUn_NW_026528017v1	115
chrUn_NW_026528021v1	1585
chrUn_NW_026528026v1	896
chrUn_NW_026528029v1	636
chrUn_NW_026528038v1	695
chrUn_NW_026528039v1	923
chrUn_NW_026528065v1	339
chrUn_NW_026528075v1	336
chrUn_NW_026528103v1	82
chrUn_NW_026528123v1	7
chrUn_NW_026528125v1	94
chrUn_NW_026528140v1	864
chrUn_NW_026528210v1	214
chrUn_NW_026528215v1	298
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	9
chrUn_NW_026528219v1	12
chrUn_NW_026528220v1	4
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	10
chrUn_NW_026528225v1	104
chrUn_NW_026528226v1	127
chrUn_NW_026528228v1	286
chrUn_NW_026528230v1	329
chrUn_NW_026528232v1	2410
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	1061
chrUn_NW_026528285v1	48
chrUn_NW_026528292v1	25
chrUn_NW_026528295v1	387
chrUn_NW_026528296v1	18525
chrUn_NW_026528310v1	201
chrUn_NW_026528320v1	36
chrUn_NW_026528327v1	29
chrUn_NW_026528332v1	42
chrUn_NW_026528335v1	18
chrUn_NW_026528338v1	64
chrUn_NW_026528339v1	55
chrUn_NW_026528345v1	34
chrUn_NW_026528347v1	7
chrUn_NW_026528350v1	17
chrUn_NW_026528353v1	44
chrUn_NW_026528356v1	28
chrUn_NW_026528358v1	4
chrUn_NW_026528360v1	3
chrUn_NW_026528363v1	295
chrUn_NW_026528370v1	176
chrUn_NW_026528371v1	1355
chrUn_NW_026528372v1	527
chrUn_NW_026528373v1	1088
chrUn_NW_026528378v1	11
chrUn_NW_026528380v1	10
chrUn_NW_026528381v1	3
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	26
chrUn_NW_026528385v1	50
chrUn_NW_026528390v1	28
chrUn_NW_026528393v1	19
chrUn_NW_026528396v1	3
chrUn_NW_026528397v1	29
chrUn_NW_026528402v1	5
chrUn_NW_026528403v1	20
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	6
chrUn_NW_026528409v1	17
chrUn_NW_026528412v1	20
chrUn_NW_026528413v1	9
chrUn_NW_026528416v1	5
chrUn_NW_026528423v1	119
chrUn_NW_026528431v1	403
chrUn_NW_026528432v1	773
chrUn_NW_026528433v1	4502
chrUn_NW_026528440v1	15
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	823
chrUn_NW_026528558v1	2777
chrUn_NW_026528559v1	102
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	21
chrUn_NW_026528589v1	21
chrUn_NW_026528590v1	1891
chrUn_NW_026528596v1	4002
chrUn_NW_026528609v1	34
chrUn_NW_026528611v1	24
chrUn_NW_026528615v1	21
chrUn_NW_026528621v1	325
chrUn_NW_026528631v1	116
chrUn_NW_026528634v1	316
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	9
chrUn_NW_026528650v1	27
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	54
chrUn_NW_026528668v1	26
chrUn_NW_026528670v1	7
chrUn_NW_026528677v1	51
chrUn_NW_026528708v1	14
chrUn_NW_026528719v1	784
chrUn_NW_026528737v1	37
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	25
chrUn_NW_026528748v1	5
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	17
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	22
chrUn_NW_026528755v1	164
chrUn_NW_026528772v1	34
chrUn_NW_026528775v1	16
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	11
chrUn_NW_026528785v1	15
chrUn_NW_026528786v1	38
chrUn_NW_026528788v1	17
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	2
chrUn_NW_026528793v1	242
chrUn_NW_026528795v1	139
chrUn_NW_026528796v1	400
chrUn_NW_026528797v1	5609
chrUn_NW_026528798v1	1453
chrUn_NW_026528799v1	298
chrUn_NW_026528880v1	31
chrUn_NW_026528882v1	13
chrUn_NW_026528883v1	4
chrUn_NW_026528884v1	14
chrUn_NW_026528885v1	10
chrUn_NW_026528887v1	77
chrUn_NW_026528888v1	23
chrUn_NW_026528889v1	22
chrUn_NW_026528891v1	90
chrUn_NW_026528893v1	26
chrUn_NW_026528894v1	729
chrUn_NW_026528896v1	5
chrUn_NW_026528899v1	21
chrUn_NW_026528900v1	174
chrUn_NW_026528902v1	253
chrUn_NW_026528903v1	1973
chrUn_NW_026528917v1	383
chrUn_NW_026528926v1	168
chrUn_NW_026528928v1	1524
chrUn_NW_026528937v1	74
chrUn_NW_026528938v1	8
chrUn_NW_026528950v1	37
chrUn_NW_026528952v1	25
chrUn_NW_026528957v1	1419
chrUn_NW_026528960v1	484
chrUn_NW_026528975v1	312
chrUn_NW_026528984v1	79
chrUn_NW_026528985v1	13
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	11
chrUn_NW_026528988v1	445
chrUn_NW_026528989v1	62
chrUn_NW_026528992v1	5
chrUn_NW_026528994v1	4
chrUn_NW_026528996v1	73
chrUn_NW_026529007v1	533
chrUn_NW_026529008v1	5882
chrUn_NW_026529013v1	118
chrUn_NW_026529015v1	186
chrUn_NW_026529016v1	1791
chrUn_NW_026529060v1	2467
chrUn_NW_026529081v1	394
chrUn_NW_026529085v1	1007
chrX	6571856
chrX_NW_026527892v1_random	564
chrX_NW_026527894v1_random	1147
chrX_NW_026527897v1_random	312
chrY	33002
chrY_NW_026527911v1_random	31
chrY_NW_026527913v1_random	83
chrY_NW_026527914v1_random	947
chrY_NW_026527915v1_random	4
chrY_NW_026527919v1_random	31
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	959
chrY_NW_026527939v1_random	43
chrY_NW_026527942v1_random	7
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	3281
chrY_NW_026527950v1_random	1334
chrY_NW_026527951v1_random	193
chrY_NW_026527955v1_random	131
chrY_NW_026527956v1_random	2192
chrY_NW_026527958v1_random	869
chrY_NW_026527960v1_random	139
chrY_NW_026527961v1_random	392
chrY_NW_026527966v1_random	10181
chrY_NW_026527967v1_random	377
chrY_NW_026527968v1_random	2793
chrY_NW_026527969v1_random	14
chrY_NW_026527980v1_random	107

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	257065918	1	5037	132.86	99

Files

Filename	Size	md5
P0060_2.gz	2.39 GB	ef749330a4e33358c28e3db1ebe11ffd
P0060_2.gz.tbi	1.12 MB	defe9109926d35bc330f0cf6c3c29e98
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	95861eaf735482ef694ef00174eef1ac
statistics/