Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_3.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0060_3.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0060_3.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0060_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GTCGAGGAGTAGGCGG-P0060_3, GGTCCATCAACTGGGA-P0060_3, GCAGGAAGTCTATCGT-P0060_3, ACGACAAAGGGACGCA-P0060_3, GTTCATTTCCGGGACT-P0060_3 (top 5 of 1686 values)
count	int	count			[1, 1]	n 58,980,179 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	58980179
chr1	4793204
chr2	3883398
chr3	2855559
chr4	3211054
chr5	4833167
chr6	2997378
chr7	3832801
chr8	2287736
chr9	2907965
chr10	3105785
chr11	3109282
chr12	3112962
chr13	2238790
chr14	2220425
chr15	2255759
chr16	1763354
chr17	1319278
chr18	1087537
chr19	1229268
chr20	1186200
chr21	859526
chr22	2327184
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	34
chrUn_NW_026528021v1	305
chrUn_NW_026528026v1	206
chrUn_NW_026528029v1	159
chrUn_NW_026528038v1	157
chrUn_NW_026528039v1	185
chrUn_NW_026528065v1	99
chrUn_NW_026528075v1	63
chrUn_NW_026528103v1	17
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	31
chrUn_NW_026528140v1	173
chrUn_NW_026528210v1	43
chrUn_NW_026528215v1	91
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	5
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	25
chrUn_NW_026528226v1	43
chrUn_NW_026528228v1	53
chrUn_NW_026528230v1	83
chrUn_NW_026528232v1	449
chrUn_NW_026528278v1	176
chrUn_NW_026528285v1	13
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	90
chrUn_NW_026528296v1	4078
chrUn_NW_026528310v1	48
chrUn_NW_026528320v1	8
chrUn_NW_026528327v1	10
chrUn_NW_026528332v1	3
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	23
chrUn_NW_026528339v1	16
chrUn_NW_026528345v1	13
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	11
chrUn_NW_026528353v1	16
chrUn_NW_026528356v1	7
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	80
chrUn_NW_026528370v1	50
chrUn_NW_026528371v1	380
chrUn_NW_026528372v1	83
chrUn_NW_026528373v1	294
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	8
chrUn_NW_026528385v1	12
chrUn_NW_026528390v1	7
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	14
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528409v1	5
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	4
chrUn_NW_026528423v1	21
chrUn_NW_026528431v1	90
chrUn_NW_026528432v1	210
chrUn_NW_026528433v1	1161
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528480v1	232
chrUn_NW_026528558v1	581
chrUn_NW_026528559v1	15
chrUn_NW_026528588v1	6
chrUn_NW_026528589v1	14
chrUn_NW_026528590v1	538
chrUn_NW_026528596v1	1042
chrUn_NW_026528609v1	3
chrUn_NW_026528611v1	3
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	106
chrUn_NW_026528631v1	30
chrUn_NW_026528634v1	139
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	5
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	5
chrUn_NW_026528668v1	9
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	14
chrUn_NW_026528708v1	7
chrUn_NW_026528719v1	191
chrUn_NW_026528737v1	14
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528750v1	6
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	46
chrUn_NW_026528772v1	10
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	3
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528793v1	52
chrUn_NW_026528795v1	31
chrUn_NW_026528796v1	71
chrUn_NW_026528797v1	1365
chrUn_NW_026528798v1	450
chrUn_NW_026528799v1	95
chrUn_NW_026528880v1	1
chrUn_NW_026528882v1	1
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	6
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	17
chrUn_NW_026528888v1	3
chrUn_NW_026528889v1	1
chrUn_NW_026528891v1	17
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	212
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	10
chrUn_NW_026528900v1	31
chrUn_NW_026528902v1	45
chrUn_NW_026528903v1	370
chrUn_NW_026528917v1	79
chrUn_NW_026528926v1	40
chrUn_NW_026528928v1	359
chrUn_NW_026528937v1	22
chrUn_NW_026528938v1	3
chrUn_NW_026528950v1	6
chrUn_NW_026528952v1	2
chrUn_NW_026528957v1	264
chrUn_NW_026528960v1	137
chrUn_NW_026528975v1	93
chrUn_NW_026528984v1	12
chrUn_NW_026528985v1	4
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	69
chrUn_NW_026528989v1	10
chrUn_NW_026528996v1	11
chrUn_NW_026529007v1	131
chrUn_NW_026529008v1	1312
chrUn_NW_026529013v1	32
chrUn_NW_026529015v1	49
chrUn_NW_026529016v1	411
chrUn_NW_026529060v1	746
chrUn_NW_026529081v1	76
chrUn_NW_026529085v1	196
chrX	1525009
chrX_NW_026527892v1_random	144
chrX_NW_026527894v1_random	223
chrX_NW_026527897v1_random	66
chrY	8345
chrY_NW_026527911v1_random	6
chrY_NW_026527913v1_random	18
chrY_NW_026527914v1_random	222
chrY_NW_026527919v1_random	10
chrY_NW_026527938v1_random	189
chrY_NW_026527939v1_random	9
chrY_NW_026527949v1_random	732
chrY_NW_026527950v1_random	375
chrY_NW_026527951v1_random	52
chrY_NW_026527955v1_random	28
chrY_NW_026527956v1_random	1487
chrY_NW_026527958v1_random	619
chrY_NW_026527960v1_random	27
chrY_NW_026527961v1_random	102
chrY_NW_026527966v1_random	5078
chrY_NW_026527967v1_random	59
chrY_NW_026527968v1_random	597
chrY_NW_026527969v1_random	5
chrY_NW_026527980v1_random	36

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	58980179	1	5017	125.96	92

Files

Filename	Size	md5
P0060_3.h5ad.gz	563.34 MB	e3dc811ab9fed4a2e3739a98767d8f57
P0060_3.h5ad.gz.tbi	627.7 KB	7a6bc9fcb6283a3603eb4f44653fb328
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	1946df7c1b5a006c6a73e2ae83e2f5cb
statistics/