Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_3content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0060_3
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0060_3 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0060_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GTACTTCGTACGTTTC-P0060_3, GATAGACCATGCATAT-P0060_3, TAGCATATCATGAAGG-P0060_3, GTCCGTAAGTTTGCGG-P0060_3, GTCGAGGAGTAGGCGG-P0060_3 (top 5 of 6221 values)
count	int	count			[1, 1]	n 266,836,361 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	266836361
chr1	21628868
chr2	17974462
chr3	13104284
chr4	14362023
chr5	21590623
chr6	13745132
chr7	17370128
chr8	10447440
chr9	13173920
chr10	14013978
chr11	14016384
chr12	14040391
chr13	10324423
chr14	10127659
chr15	10092086
chr16	8091956
chr17	5908625
chr18	4836305
chr19	5598694
chr20	5226883
chr21	3975917
chr22	9894554
chrUn_NW_026528016v1	42
chrUn_NW_026528017v1	142
chrUn_NW_026528021v1	1727
chrUn_NW_026528026v1	953
chrUn_NW_026528029v1	694
chrUn_NW_026528038v1	703
chrUn_NW_026528039v1	983
chrUn_NW_026528065v1	400
chrUn_NW_026528075v1	302
chrUn_NW_026528103v1	70
chrUn_NW_026528123v1	6
chrUn_NW_026528125v1	127
chrUn_NW_026528140v1	945
chrUn_NW_026528210v1	242
chrUn_NW_026528215v1	453
chrUn_NW_026528217v1	6
chrUn_NW_026528218v1	14
chrUn_NW_026528219v1	21
chrUn_NW_026528220v1	3
chrUn_NW_026528221v1	5
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	17
chrUn_NW_026528225v1	109
chrUn_NW_026528226v1	145
chrUn_NW_026528228v1	276
chrUn_NW_026528230v1	519
chrUn_NW_026528232v1	2700
chrUn_NW_026528259v1	12
chrUn_NW_026528278v1	1081
chrUn_NW_026528285v1	54
chrUn_NW_026528292v1	35
chrUn_NW_026528295v1	359
chrUn_NW_026528296v1	19445
chrUn_NW_026528310v1	218
chrUn_NW_026528320v1	44
chrUn_NW_026528327v1	34
chrUn_NW_026528332v1	46
chrUn_NW_026528335v1	18
chrUn_NW_026528338v1	74
chrUn_NW_026528339v1	69
chrUn_NW_026528345v1	51
chrUn_NW_026528347v1	14
chrUn_NW_026528350v1	39
chrUn_NW_026528353v1	60
chrUn_NW_026528356v1	38
chrUn_NW_026528358v1	8
chrUn_NW_026528360v1	9
chrUn_NW_026528363v1	340
chrUn_NW_026528370v1	201
chrUn_NW_026528371v1	1573
chrUn_NW_026528372v1	508
chrUn_NW_026528373v1	1251
chrUn_NW_026528378v1	17
chrUn_NW_026528380v1	12
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	11
chrUn_NW_026528384v1	37
chrUn_NW_026528385v1	67
chrUn_NW_026528390v1	31
chrUn_NW_026528393v1	21
chrUn_NW_026528396v1	4
chrUn_NW_026528397v1	43
chrUn_NW_026528402v1	3
chrUn_NW_026528403v1	23
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	22
chrUn_NW_026528412v1	20
chrUn_NW_026528413v1	7
chrUn_NW_026528416v1	11
chrUn_NW_026528419v1	4
chrUn_NW_026528420v1	2
chrUn_NW_026528423v1	121
chrUn_NW_026528431v1	443
chrUn_NW_026528432v1	901
chrUn_NW_026528433v1	4481
chrUn_NW_026528440v1	13
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	1047
chrUn_NW_026528558v1	2680
chrUn_NW_026528559v1	113
chrUn_NW_026528561v1	3
chrUn_NW_026528588v1	26
chrUn_NW_026528589v1	39
chrUn_NW_026528590v1	2546
chrUn_NW_026528596v1	4673
chrUn_NW_026528609v1	49
chrUn_NW_026528611v1	24
chrUn_NW_026528615v1	37
chrUn_NW_026528621v1	445
chrUn_NW_026528631v1	133
chrUn_NW_026528634v1	477
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	16
chrUn_NW_026528650v1	35
chrUn_NW_026528656v1	6
chrUn_NW_026528661v1	53
chrUn_NW_026528668v1	34
chrUn_NW_026528670v1	8
chrUn_NW_026528677v1	45
chrUn_NW_026528708v1	19
chrUn_NW_026528719v1	819
chrUn_NW_026528737v1	50
chrUn_NW_026528739v1	10
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	23
chrUn_NW_026528748v1	3
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	28
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	3
chrUn_NW_026528754v1	20
chrUn_NW_026528755v1	192
chrUn_NW_026528772v1	39
chrUn_NW_026528775v1	19
chrUn_NW_026528777v1	15
chrUn_NW_026528784v1	10
chrUn_NW_026528785v1	26
chrUn_NW_026528786v1	42
chrUn_NW_026528788v1	15
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	4
chrUn_NW_026528793v1	289
chrUn_NW_026528795v1	127
chrUn_NW_026528796v1	382
chrUn_NW_026528797v1	6354
chrUn_NW_026528798v1	1564
chrUn_NW_026528799v1	331
chrUn_NW_026528880v1	20
chrUn_NW_026528882v1	15
chrUn_NW_026528883v1	5
chrUn_NW_026528884v1	21
chrUn_NW_026528885v1	14
chrUn_NW_026528887v1	95
chrUn_NW_026528888v1	33
chrUn_NW_026528889v1	30
chrUn_NW_026528891v1	83
chrUn_NW_026528893v1	17
chrUn_NW_026528894v1	939
chrUn_NW_026528896v1	3
chrUn_NW_026528899v1	29
chrUn_NW_026528900v1	184
chrUn_NW_026528902v1	263
chrUn_NW_026528903v1	2385
chrUn_NW_026528917v1	383
chrUn_NW_026528926v1	168
chrUn_NW_026528928v1	1541
chrUn_NW_026528937v1	72
chrUn_NW_026528938v1	14
chrUn_NW_026528950v1	25
chrUn_NW_026528952v1	16
chrUn_NW_026528957v1	1391
chrUn_NW_026528960v1	630
chrUn_NW_026528975v1	338
chrUn_NW_026528984v1	108
chrUn_NW_026528985v1	17
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	16
chrUn_NW_026528988v1	316
chrUn_NW_026528989v1	49
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528996v1	73
chrUn_NW_026529007v1	579
chrUn_NW_026529008v1	6096
chrUn_NW_026529013v1	110
chrUn_NW_026529015v1	212
chrUn_NW_026529016v1	1756
chrUn_NW_026529060v1	2830
chrUn_NW_026529081v1	468
chrUn_NW_026529085v1	1141
chrX	7130506
chrX_NW_026527892v1_random	715
chrX_NW_026527894v1_random	1178
chrX_NW_026527897v1_random	316
chrY	37401
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	33
chrY_NW_026527913v1_random	76
chrY_NW_026527914v1_random	1198
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	39
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	10
chrY_NW_026527938v1_random	957
chrY_NW_026527939v1_random	61
chrY_NW_026527942v1_random	6
chrY_NW_026527949v1_random	3755
chrY_NW_026527950v1_random	1532
chrY_NW_026527951v1_random	203
chrY_NW_026527955v1_random	143
chrY_NW_026527956v1_random	3664
chrY_NW_026527958v1_random	1448
chrY_NW_026527960v1_random	137
chrY_NW_026527961v1_random	533
chrY_NW_026527966v1_random	15316
chrY_NW_026527967v1_random	405
chrY_NW_026527968v1_random	2931
chrY_NW_026527969v1_random	24
chrY_NW_026527980v1_random	164

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	266836361	1	5040	129.44	96

Files

Filename	Size	md5
P0060_3.gz	2.48 GB	4a23c2043643a676ea9f441fe4e9ad4c
P0060_3.gz.tbi	1.14 MB	22926d6ce98f6d390b00c5f24ed5a1fc
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	4c80027bf88613866a7990999727db39
statistics/