Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_4.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0060_4.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0060_4.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0060_4 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GTGCTGGGTGCGCAAT-P0060_4, CGCTAATAGTTTGCGG-P0060_4, CTCTCACAGCTACTGG-P0060_4, ATGGCTTAGTGTGATC-P0060_4, TCCGCCATCTCCTCTT-P0060_4 (top 5 of 2097 values)
count	int	count			[1, 1]	n 66,168,349 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	66168349
chr1	5326414
chr2	4409311
chr3	3184341
chr4	3535227
chr5	5434105
chr6	3369400
chr7	4273052
chr8	2579186
chr9	3258429
chr10	3535531
chr11	3509427
chr12	3470196
chr13	2547396
chr14	2484699
chr15	2527696
chr16	1970545
chr17	1454631
chr18	1222614
chr19	1357473
chr20	1351167
chr21	964071
chr22	2641295
chrUn_NW_026528016v1	12
chrUn_NW_026528017v1	39
chrUn_NW_026528021v1	354
chrUn_NW_026528026v1	226
chrUn_NW_026528029v1	185
chrUn_NW_026528038v1	219
chrUn_NW_026528039v1	259
chrUn_NW_026528065v1	118
chrUn_NW_026528075v1	68
chrUn_NW_026528103v1	23
chrUn_NW_026528123v1	7
chrUn_NW_026528125v1	32
chrUn_NW_026528140v1	193
chrUn_NW_026528210v1	77
chrUn_NW_026528215v1	70
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528219v1	2
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	30
chrUn_NW_026528226v1	40
chrUn_NW_026528228v1	73
chrUn_NW_026528230v1	88
chrUn_NW_026528232v1	491
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	176
chrUn_NW_026528285v1	13
chrUn_NW_026528292v1	10
chrUn_NW_026528295v1	94
chrUn_NW_026528296v1	4542
chrUn_NW_026528310v1	46
chrUn_NW_026528320v1	6
chrUn_NW_026528327v1	3
chrUn_NW_026528332v1	11
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	14
chrUn_NW_026528339v1	13
chrUn_NW_026528345v1	21
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	9
chrUn_NW_026528356v1	4
chrUn_NW_026528363v1	77
chrUn_NW_026528370v1	65
chrUn_NW_026528371v1	398
chrUn_NW_026528372v1	129
chrUn_NW_026528373v1	383
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	4
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	4
chrUn_NW_026528385v1	15
chrUn_NW_026528390v1	9
chrUn_NW_026528393v1	10
chrUn_NW_026528397v1	10
chrUn_NW_026528403v1	5
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	6
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528423v1	29
chrUn_NW_026528431v1	115
chrUn_NW_026528432v1	203
chrUn_NW_026528433v1	1353
chrUn_NW_026528440v1	5
chrUn_NW_026528480v1	222
chrUn_NW_026528558v1	675
chrUn_NW_026528559v1	21
chrUn_NW_026528561v1	6
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	10
chrUn_NW_026528590v1	445
chrUn_NW_026528596v1	1131
chrUn_NW_026528609v1	7
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	8
chrUn_NW_026528621v1	114
chrUn_NW_026528631v1	33
chrUn_NW_026528634v1	119
chrUn_NW_026528635v1	2
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	4
chrUn_NW_026528661v1	13
chrUn_NW_026528668v1	8
chrUn_NW_026528677v1	12
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	174
chrUn_NW_026528737v1	9
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528750v1	3
chrUn_NW_026528754v1	2
chrUn_NW_026528755v1	50
chrUn_NW_026528772v1	4
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	2
chrUn_NW_026528785v1	2
chrUn_NW_026528786v1	1
chrUn_NW_026528793v1	59
chrUn_NW_026528795v1	34
chrUn_NW_026528796v1	101
chrUn_NW_026528797v1	1458
chrUn_NW_026528798v1	482
chrUn_NW_026528799v1	122
chrUn_NW_026528880v1	8
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	1
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	17
chrUn_NW_026528888v1	9
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	23
chrUn_NW_026528893v1	4
chrUn_NW_026528894v1	258
chrUn_NW_026528899v1	7
chrUn_NW_026528900v1	41
chrUn_NW_026528902v1	52
chrUn_NW_026528903v1	387
chrUn_NW_026528917v1	111
chrUn_NW_026528926v1	60
chrUn_NW_026528928v1	332
chrUn_NW_026528937v1	16
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	6
chrUn_NW_026528952v1	2
chrUn_NW_026528957v1	293
chrUn_NW_026528960v1	202
chrUn_NW_026528975v1	60
chrUn_NW_026528984v1	23
chrUn_NW_026528985v1	6
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528988v1	72
chrUn_NW_026528989v1	8
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	19
chrUn_NW_026529007v1	177
chrUn_NW_026529008v1	1509
chrUn_NW_026529013v1	23
chrUn_NW_026529015v1	52
chrUn_NW_026529016v1	460
chrUn_NW_026529060v1	649
chrUn_NW_026529081v1	89
chrUn_NW_026529085v1	186
chrX	1721137
chrX_NW_026527892v1_random	165
chrX_NW_026527894v1_random	247
chrX_NW_026527897v1_random	81
chrY	9123
chrY_NW_026527911v1_random	9
chrY_NW_026527913v1_random	27
chrY_NW_026527914v1_random	229
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	228
chrY_NW_026527939v1_random	16
chrY_NW_026527942v1_random	3
chrY_NW_026527949v1_random	814
chrY_NW_026527950v1_random	410
chrY_NW_026527951v1_random	54
chrY_NW_026527955v1_random	39
chrY_NW_026527956v1_random	1620
chrY_NW_026527958v1_random	613
chrY_NW_026527960v1_random	23
chrY_NW_026527961v1_random	73
chrY_NW_026527966v1_random	5552
chrY_NW_026527967v1_random	68
chrY_NW_026527968v1_random	601
chrY_NW_026527969v1_random	2
chrY_NW_026527980v1_random	40

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	66168349	1	5031	120.94	88

Files

Filename	Size	md5
P0060_4.h5ad.gz	638.73 MB	27da369cd0bd4d06b5ad4d42041e63ef
P0060_4.h5ad.gz.tbi	646.84 KB	486dba2a28397fe0cf750de2dd162b24
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	9db57c8288d4b76cd2dbb77b6d12ad02
statistics/