Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0060_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0060_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0060_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0060_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATTCATGAGCGATACT-P0060_4, GTGCTGGGTGCGCAAT-P0060_4, AACCTTAAGAATCGCT-P0060_4, TTTATGGAGCTCAATA-P0060_4, CAAAGTGAGGGCTTTG-P0060_4 (top 5 of 7913 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
313,710,215
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 313710215
chr1 25404956
chr2 21095541
chr3 15481036
chr4 16826113
chr5 25465100
chr6 16210230
chr7 20413372
chr8 12363418
chr9 15495405
chr10 16497042
chr11 16478042
chr12 16523238
chr13 12088732
chr14 11898368
chr15 11825398
chr16 9483150
chr17 6932727
chr18 5659270
chr19 6512188
chr20 6225633
chr21 4650324
chr22 11669401
chrUn_NW_026528016v1 43
chrUn_NW_026528017v1 179
chrUn_NW_026528021v1 1932
chrUn_NW_026528026v1 1078
chrUn_NW_026528029v1 851
chrUn_NW_026528038v1 852
chrUn_NW_026528039v1 1196
chrUn_NW_026528065v1 447
chrUn_NW_026528075v1 359
chrUn_NW_026528103v1 90
chrUn_NW_026528123v1 21
chrUn_NW_026528125v1 164
chrUn_NW_026528140v1 1025
chrUn_NW_026528210v1 339
chrUn_NW_026528215v1 499
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 11
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 135
chrUn_NW_026528226v1 173
chrUn_NW_026528228v1 332
chrUn_NW_026528230v1 591
chrUn_NW_026528232v1 3265
chrUn_NW_026528259v1 8
chrUn_NW_026528278v1 1270
chrUn_NW_026528285v1 70
chrUn_NW_026528292v1 39
chrUn_NW_026528295v1 427
chrUn_NW_026528296v1 23161
chrUn_NW_026528310v1 256
chrUn_NW_026528320v1 50
chrUn_NW_026528327v1 29
chrUn_NW_026528332v1 50
chrUn_NW_026528335v1 28
chrUn_NW_026528338v1 65
chrUn_NW_026528339v1 62
chrUn_NW_026528345v1 66
chrUn_NW_026528347v1 21
chrUn_NW_026528350v1 36
chrUn_NW_026528353v1 62
chrUn_NW_026528356v1 31
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 359
chrUn_NW_026528370v1 237
chrUn_NW_026528371v1 1804
chrUn_NW_026528372v1 611
chrUn_NW_026528373v1 1493
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 21
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 32
chrUn_NW_026528385v1 69
chrUn_NW_026528390v1 65
chrUn_NW_026528393v1 25
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 47
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 25
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 23
chrUn_NW_026528412v1 31
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 12
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 147
chrUn_NW_026528431v1 551
chrUn_NW_026528432v1 1057
chrUn_NW_026528433v1 5292
chrUn_NW_026528440v1 16
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1217
chrUn_NW_026528558v1 2962
chrUn_NW_026528559v1 144
chrUn_NW_026528561v1 13
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 46
chrUn_NW_026528590v1 2597
chrUn_NW_026528596v1 5715
chrUn_NW_026528609v1 57
chrUn_NW_026528611v1 28
chrUn_NW_026528615v1 35
chrUn_NW_026528621v1 509
chrUn_NW_026528631v1 183
chrUn_NW_026528634v1 515
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 19
chrUn_NW_026528650v1 40
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 50
chrUn_NW_026528668v1 36
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 54
chrUn_NW_026528708v1 14
chrUn_NW_026528719v1 943
chrUn_NW_026528737v1 51
chrUn_NW_026528739v1 6
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 35
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 33
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 27
chrUn_NW_026528755v1 195
chrUn_NW_026528772v1 30
chrUn_NW_026528775v1 12
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 35
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 35
chrUn_NW_026528788v1 12
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 6
chrUn_NW_026528793v1 337
chrUn_NW_026528795v1 184
chrUn_NW_026528796v1 481
chrUn_NW_026528797v1 7710
chrUn_NW_026528798v1 1824
chrUn_NW_026528799v1 407
chrUn_NW_026528880v1 34
chrUn_NW_026528882v1 18
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 22
chrUn_NW_026528885v1 10
chrUn_NW_026528887v1 112
chrUn_NW_026528888v1 35
chrUn_NW_026528889v1 28
chrUn_NW_026528891v1 103
chrUn_NW_026528893v1 19
chrUn_NW_026528894v1 1015
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 24
chrUn_NW_026528900v1 252
chrUn_NW_026528902v1 306
chrUn_NW_026528903v1 2762
chrUn_NW_026528917v1 464
chrUn_NW_026528926v1 237
chrUn_NW_026528928v1 1747
chrUn_NW_026528937v1 89
chrUn_NW_026528938v1 12
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 17
chrUn_NW_026528957v1 1521
chrUn_NW_026528960v1 720
chrUn_NW_026528975v1 336
chrUn_NW_026528984v1 110
chrUn_NW_026528985v1 19
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 340
chrUn_NW_026528989v1 56
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 85
chrUn_NW_026529007v1 752
chrUn_NW_026529008v1 7313
chrUn_NW_026529013v1 136
chrUn_NW_026529015v1 267
chrUn_NW_026529016v1 2134
chrUn_NW_026529060v1 3145
chrUn_NW_026529081v1 571
chrUn_NW_026529085v1 1368
chrX 8324903
chrX_NW_026527892v1_random 940
chrX_NW_026527894v1_random 1461
chrX_NW_026527897v1_random 439
chrY 42802
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 47
chrY_NW_026527913v1_random 102
chrY_NW_026527914v1_random 1384
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 30
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 9
chrY_NW_026527938v1_random 1205
chrY_NW_026527939v1_random 66
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527949v1_random 4415
chrY_NW_026527950v1_random 1803
chrY_NW_026527951v1_random 264
chrY_NW_026527955v1_random 203
chrY_NW_026527956v1_random 4033
chrY_NW_026527958v1_random 1502
chrY_NW_026527960v1_random 176
chrY_NW_026527961v1_random 549
chrY_NW_026527966v1_random 16950
chrY_NW_026527967v1_random 459
chrY_NW_026527968v1_random 3335
chrY_NW_026527969v1_random 29
chrY_NW_026527980v1_random 182

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 313710215 1 5046 124.24 91
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0060_4.gz 2.91 GB bd6d9e4138d444e669befff077d080a9
P0060_4.gz.tbi 1.24 MB d3f9b4b5459ab37bc688ee0730297674
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 520c9a39a4dc52989b2695aca12a0ebd
statistics/