Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0061_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0061_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0061_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0061_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TCAAGAACAACTAGAA-P0061_1, ATGAATGCAGCAAATA-P0061_1, CATCAGCCAATATAGG-P0061_1, GCAAGCCTCTACTAAG-P0061_1, CTAGTCGAGATTGAGG-P0061_1 (top 5 of 947 values)
count	int	count			[1, 1]	n 35,569,044 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	35569044
chr1	2884462
chr2	2390473
chr3	1702394
chr4	1924489
chr5	2883597
chr6	1864635
chr7	2270637
chr8	1381671
chr9	1758762
chr10	1865574
chr11	1910591
chr12	1820770
chr13	1395090
chr14	1333678
chr15	1374469
chr16	1081572
chr17	818122
chr18	668628
chr19	742036
chr20	711474
chr21	518600
chr22	1376519
chrUn_NW_026528016v1	2
chrUn_NW_026528017v1	24
chrUn_NW_026528021v1	148
chrUn_NW_026528026v1	112
chrUn_NW_026528029v1	100
chrUn_NW_026528038v1	103
chrUn_NW_026528039v1	153
chrUn_NW_026528065v1	50
chrUn_NW_026528075v1	24
chrUn_NW_026528103v1	13
chrUn_NW_026528125v1	10
chrUn_NW_026528140v1	139
chrUn_NW_026528210v1	27
chrUn_NW_026528215v1	37
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528225v1	6
chrUn_NW_026528226v1	31
chrUn_NW_026528228v1	37
chrUn_NW_026528230v1	54
chrUn_NW_026528232v1	260
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	117
chrUn_NW_026528285v1	12
chrUn_NW_026528292v1	2
chrUn_NW_026528295v1	57
chrUn_NW_026528296v1	2333
chrUn_NW_026528310v1	22
chrUn_NW_026528320v1	6
chrUn_NW_026528327v1	5
chrUn_NW_026528332v1	11
chrUn_NW_026528335v1	2
chrUn_NW_026528338v1	13
chrUn_NW_026528339v1	10
chrUn_NW_026528345v1	7
chrUn_NW_026528347v1	1
chrUn_NW_026528350v1	3
chrUn_NW_026528353v1	8
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	63
chrUn_NW_026528370v1	20
chrUn_NW_026528371v1	191
chrUn_NW_026528372v1	55
chrUn_NW_026528373v1	189
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	6
chrUn_NW_026528385v1	7
chrUn_NW_026528390v1	2
chrUn_NW_026528393v1	1
chrUn_NW_026528397v1	2
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	1
chrUn_NW_026528423v1	12
chrUn_NW_026528431v1	55
chrUn_NW_026528432v1	127
chrUn_NW_026528433v1	709
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	100
chrUn_NW_026528558v1	339
chrUn_NW_026528559v1	16
chrUn_NW_026528588v1	2
chrUn_NW_026528589v1	2
chrUn_NW_026528590v1	219
chrUn_NW_026528596v1	412
chrUn_NW_026528609v1	3
chrUn_NW_026528611v1	1
chrUn_NW_026528615v1	2
chrUn_NW_026528621v1	66
chrUn_NW_026528631v1	15
chrUn_NW_026528634v1	49
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	3
chrUn_NW_026528668v1	5
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	4
chrUn_NW_026528708v1	2
chrUn_NW_026528719v1	87
chrUn_NW_026528737v1	6
chrUn_NW_026528745v1	2
chrUn_NW_026528750v1	1
chrUn_NW_026528754v1	1
chrUn_NW_026528755v1	13
chrUn_NW_026528772v1	4
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	2
chrUn_NW_026528786v1	6
chrUn_NW_026528793v1	29
chrUn_NW_026528795v1	26
chrUn_NW_026528796v1	66
chrUn_NW_026528797v1	875
chrUn_NW_026528798v1	245
chrUn_NW_026528799v1	31
chrUn_NW_026528880v1	2
chrUn_NW_026528882v1	1
chrUn_NW_026528884v1	2
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	15
chrUn_NW_026528888v1	3
chrUn_NW_026528889v1	3
chrUn_NW_026528891v1	6
chrUn_NW_026528893v1	4
chrUn_NW_026528894v1	80
chrUn_NW_026528899v1	3
chrUn_NW_026528900v1	19
chrUn_NW_026528902v1	28
chrUn_NW_026528903v1	190
chrUn_NW_026528917v1	63
chrUn_NW_026528926v1	25
chrUn_NW_026528928v1	188
chrUn_NW_026528937v1	2
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	2
chrUn_NW_026528957v1	183
chrUn_NW_026528960v1	24
chrUn_NW_026528975v1	40
chrUn_NW_026528984v1	11
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	19
chrUn_NW_026528989v1	3
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	6
chrUn_NW_026529007v1	94
chrUn_NW_026529008v1	840
chrUn_NW_026529013v1	16
chrUn_NW_026529015v1	25
chrUn_NW_026529016v1	231
chrUn_NW_026529060v1	265
chrUn_NW_026529081v1	32
chrUn_NW_026529085v1	89
chrX	869617
chrX_NW_026527892v1_random	60
chrX_NW_026527894v1_random	176
chrX_NW_026527897v1_random	44
chrY	4361
chrY_NW_026527911v1_random	4
chrY_NW_026527913v1_random	7
chrY_NW_026527914v1_random	99
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	119
chrY_NW_026527939v1_random	2
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	431
chrY_NW_026527950v1_random	227
chrY_NW_026527951v1_random	23
chrY_NW_026527955v1_random	15
chrY_NW_026527956v1_random	882
chrY_NW_026527958v1_random	401
chrY_NW_026527960v1_random	18
chrY_NW_026527961v1_random	46
chrY_NW_026527966v1_random	3341
chrY_NW_026527967v1_random	35
chrY_NW_026527968v1_random	282
chrY_NW_026527969v1_random	3
chrY_NW_026527980v1_random	24

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	35569044	1	5032	134.4	107

Files

Filename	Size	md5
P0061_1.h5ad.gz	330.63 MB	b0979e7e4060fa72a3d6811e19ab0e11
P0061_1.h5ad.gz.tbi	574.86 KB	72829fea5cfc28dd684b8b3d0f4affbb
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	647f2f4038d3c5ddb5c9e97848a50cbc
statistics/