Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0061_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0061_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0061_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0061_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GCGGGTTTCTGTGAGT-P0061_1, CGGTGAACAGGAATCG-P0061_1, TTTCGTCCAGGCAAGC-P0061_1, AAACCGGCATGGAGGC-P0061_1, TGTGCGCAGCACCACA-P0061_1 (top 5 of 4951 values)
count	int	count			[1, 1]	n 260,244,953 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	260244953
chr1	21123593
chr2	17692775
chr3	12809250
chr4	14172290
chr5	20713695
chr6	13521762
chr7	16760802
chr8	10369514
chr9	12970056
chr10	13543463
chr11	13869321
chr12	13417125
chr13	10117280
chr14	9928550
chr15	9920923
chr16	8056150
chr17	6021536
chr18	4796035
chr19	5466709
chr20	4847229
chr21	3887597
chr22	9486440
chrUn_NW_026528016v1	26
chrUn_NW_026528017v1	118
chrUn_NW_026528021v1	1249
chrUn_NW_026528026v1	787
chrUn_NW_026528029v1	735
chrUn_NW_026528038v1	638
chrUn_NW_026528039v1	974
chrUn_NW_026528065v1	364
chrUn_NW_026528075v1	218
chrUn_NW_026528103v1	76
chrUn_NW_026528123v1	9
chrUn_NW_026528125v1	74
chrUn_NW_026528140v1	929
chrUn_NW_026528210v1	196
chrUn_NW_026528215v1	272
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	7
chrUn_NW_026528219v1	16
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	11
chrUn_NW_026528225v1	81
chrUn_NW_026528226v1	159
chrUn_NW_026528228v1	274
chrUn_NW_026528230v1	402
chrUn_NW_026528232v1	2560
chrUn_NW_026528259v1	6
chrUn_NW_026528278v1	1111
chrUn_NW_026528285v1	63
chrUn_NW_026528292v1	28
chrUn_NW_026528295v1	317
chrUn_NW_026528296v1	17424
chrUn_NW_026528310v1	141
chrUn_NW_026528320v1	26
chrUn_NW_026528327v1	25
chrUn_NW_026528332v1	40
chrUn_NW_026528335v1	19
chrUn_NW_026528338v1	58
chrUn_NW_026528339v1	54
chrUn_NW_026528345v1	31
chrUn_NW_026528347v1	12
chrUn_NW_026528350v1	29
chrUn_NW_026528353v1	42
chrUn_NW_026528356v1	20
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528360v1	5
chrUn_NW_026528363v1	273
chrUn_NW_026528370v1	190
chrUn_NW_026528371v1	1308
chrUn_NW_026528372v1	384
chrUn_NW_026528373v1	956
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	12
chrUn_NW_026528381v1	3
chrUn_NW_026528382v1	7
chrUn_NW_026528384v1	33
chrUn_NW_026528385v1	67
chrUn_NW_026528390v1	33
chrUn_NW_026528393v1	13
chrUn_NW_026528396v1	7
chrUn_NW_026528397v1	30
chrUn_NW_026528402v1	5
chrUn_NW_026528403v1	16
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	16
chrUn_NW_026528412v1	17
chrUn_NW_026528413v1	6
chrUn_NW_026528416v1	10
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	103
chrUn_NW_026528431v1	372
chrUn_NW_026528432v1	716
chrUn_NW_026528433v1	4214
chrUn_NW_026528440v1	9
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	681
chrUn_NW_026528558v1	2141
chrUn_NW_026528559v1	88
chrUn_NW_026528561v1	5
chrUn_NW_026528588v1	22
chrUn_NW_026528589v1	26
chrUn_NW_026528590v1	1738
chrUn_NW_026528596v1	3224
chrUn_NW_026528609v1	47
chrUn_NW_026528611v1	16
chrUn_NW_026528615v1	17
chrUn_NW_026528621v1	374
chrUn_NW_026528631v1	204
chrUn_NW_026528634v1	354
chrUn_NW_026528635v1	10
chrUn_NW_026528644v1	17
chrUn_NW_026528650v1	35
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	56
chrUn_NW_026528668v1	25
chrUn_NW_026528670v1	4
chrUn_NW_026528677v1	46
chrUn_NW_026528708v1	9
chrUn_NW_026528719v1	732
chrUn_NW_026528737v1	51
chrUn_NW_026528739v1	5
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	21
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528750v1	24
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	2
chrUn_NW_026528754v1	20
chrUn_NW_026528755v1	133
chrUn_NW_026528772v1	29
chrUn_NW_026528775v1	12
chrUn_NW_026528777v1	10
chrUn_NW_026528784v1	12
chrUn_NW_026528785v1	14
chrUn_NW_026528786v1	28
chrUn_NW_026528788v1	7
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	234
chrUn_NW_026528795v1	157
chrUn_NW_026528796v1	364
chrUn_NW_026528797v1	5845
chrUn_NW_026528798v1	1321
chrUn_NW_026528799v1	222
chrUn_NW_026528880v1	36
chrUn_NW_026528882v1	18
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	11
chrUn_NW_026528885v1	14
chrUn_NW_026528887v1	115
chrUn_NW_026528888v1	28
chrUn_NW_026528889v1	26
chrUn_NW_026528891v1	71
chrUn_NW_026528893v1	13
chrUn_NW_026528894v1	619
chrUn_NW_026528896v1	3
chrUn_NW_026528899v1	26
chrUn_NW_026528900v1	149
chrUn_NW_026528902v1	206
chrUn_NW_026528903v1	1864
chrUn_NW_026528917v1	401
chrUn_NW_026528926v1	148
chrUn_NW_026528928v1	1230
chrUn_NW_026528937v1	55
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	18
chrUn_NW_026528952v1	13
chrUn_NW_026528957v1	1061
chrUn_NW_026528960v1	502
chrUn_NW_026528975v1	229
chrUn_NW_026528984v1	98
chrUn_NW_026528985v1	7
chrUn_NW_026528986v1	7
chrUn_NW_026528987v1	15
chrUn_NW_026528988v1	290
chrUn_NW_026528989v1	52
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	59
chrUn_NW_026529007v1	575
chrUn_NW_026529008v1	6021
chrUn_NW_026529013v1	92
chrUn_NW_026529015v1	181
chrUn_NW_026529016v1	1497
chrUn_NW_026529060v1	2494
chrUn_NW_026529081v1	443
chrUn_NW_026529085v1	1215
chrX	6615492
chrX_NW_026527892v1_random	693
chrX_NW_026527894v1_random	1321
chrX_NW_026527897v1_random	258
chrY	31507
chrY_NW_026527911v1_random	26
chrY_NW_026527913v1_random	59
chrY_NW_026527914v1_random	862
chrY_NW_026527915v1_random	4
chrY_NW_026527916v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	42
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	12
chrY_NW_026527938v1_random	744
chrY_NW_026527939v1_random	34
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	3309
chrY_NW_026527950v1_random	1401
chrY_NW_026527951v1_random	136
chrY_NW_026527955v1_random	113
chrY_NW_026527956v1_random	2782
chrY_NW_026527958v1_random	1274
chrY_NW_026527960v1_random	106
chrY_NW_026527961v1_random	319
chrY_NW_026527966v1_random	12367
chrY_NW_026527967v1_random	403
chrY_NW_026527968v1_random	2710
chrY_NW_026527969v1_random	11
chrY_NW_026527980v1_random	117

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	260244953	1	5039	138.15	114

Files

Filename	Size	md5
P0061_1.gz	2.4 GB	00ffdd6b0f669c4107752679d231ca7a
P0061_1.gz.tbi	1.12 MB	fcafce8c8b87997b046d10fd0e44bc5d
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	cf6d7c4a7f7b160fc897d8b95f9e6b8c
statistics/