Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0061_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0061_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0061_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0061_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CTGTAACAGACAAGTG-P0061_2, CCGCCAACATGCTATG-P0061_2, CCAGACTCAGAACCGA-P0061_2, CCTAATCGTGATGAAA-P0061_2, TTGGCTGAGGGATGCG-P0061_2 (top 5 of 1158 values)
count	int	count			[1, 1]	n 47,587,462 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	47587462
chr1	3879259
chr2	3115405
chr3	2276554
chr4	2568760
chr5	3847895
chr6	2460650
chr7	3060896
chr8	1855198
chr9	2320804
chr10	2466985
chr11	2534871
chr12	2488395
chr13	1859095
chr14	1801873
chr15	1848605
chr16	1462294
chr17	1093759
chr18	899810
chr19	999992
chr20	959442
chr21	719687
chr22	1859127
chrUn_NW_026528016v1	7
chrUn_NW_026528017v1	34
chrUn_NW_026528021v1	232
chrUn_NW_026528026v1	175
chrUn_NW_026528029v1	151
chrUn_NW_026528038v1	127
chrUn_NW_026528039v1	165
chrUn_NW_026528065v1	73
chrUn_NW_026528075v1	51
chrUn_NW_026528103v1	10
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	13
chrUn_NW_026528140v1	151
chrUn_NW_026528210v1	37
chrUn_NW_026528215v1	59
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	2
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	22
chrUn_NW_026528226v1	33
chrUn_NW_026528228v1	63
chrUn_NW_026528230v1	58
chrUn_NW_026528232v1	289
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	159
chrUn_NW_026528285v1	6
chrUn_NW_026528292v1	3
chrUn_NW_026528295v1	60
chrUn_NW_026528296v1	3340
chrUn_NW_026528310v1	49
chrUn_NW_026528320v1	12
chrUn_NW_026528332v1	5
chrUn_NW_026528335v1	4
chrUn_NW_026528338v1	9
chrUn_NW_026528339v1	4
chrUn_NW_026528345v1	9
chrUn_NW_026528347v1	1
chrUn_NW_026528350v1	6
chrUn_NW_026528353v1	16
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	67
chrUn_NW_026528370v1	35
chrUn_NW_026528371v1	260
chrUn_NW_026528372v1	72
chrUn_NW_026528373v1	278
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	5
chrUn_NW_026528385v1	14
chrUn_NW_026528390v1	4
chrUn_NW_026528393v1	4
chrUn_NW_026528397v1	6
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	6
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528423v1	20
chrUn_NW_026528431v1	86
chrUn_NW_026528432v1	171
chrUn_NW_026528433v1	1190
chrUn_NW_026528480v1	145
chrUn_NW_026528558v1	486
chrUn_NW_026528559v1	15
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	4
chrUn_NW_026528589v1	1
chrUn_NW_026528590v1	359
chrUn_NW_026528596v1	690
chrUn_NW_026528609v1	3
chrUn_NW_026528611v1	3
chrUn_NW_026528615v1	8
chrUn_NW_026528621v1	60
chrUn_NW_026528631v1	14
chrUn_NW_026528634v1	63
chrUn_NW_026528635v1	1
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	7
chrUn_NW_026528661v1	8
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	11
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	144
chrUn_NW_026528737v1	11
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528750v1	2
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	21
chrUn_NW_026528772v1	8
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	3
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	1
chrUn_NW_026528786v1	3
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	27
chrUn_NW_026528795v1	29
chrUn_NW_026528796v1	83
chrUn_NW_026528797v1	1195
chrUn_NW_026528798v1	321
chrUn_NW_026528799v1	47
chrUn_NW_026528880v1	8
chrUn_NW_026528884v1	2
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	19
chrUn_NW_026528888v1	9
chrUn_NW_026528889v1	3
chrUn_NW_026528891v1	5
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	156
chrUn_NW_026528899v1	4
chrUn_NW_026528900v1	36
chrUn_NW_026528902v1	37
chrUn_NW_026528903v1	272
chrUn_NW_026528917v1	97
chrUn_NW_026528926v1	24
chrUn_NW_026528928v1	252
chrUn_NW_026528937v1	11
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	3
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	243
chrUn_NW_026528960v1	40
chrUn_NW_026528975v1	54
chrUn_NW_026528984v1	12
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	5
chrUn_NW_026528988v1	46
chrUn_NW_026528989v1	7
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528996v1	10
chrUn_NW_026529007v1	90
chrUn_NW_026529008v1	1102
chrUn_NW_026529013v1	15
chrUn_NW_026529015v1	26
chrUn_NW_026529016v1	338
chrUn_NW_026529060v1	458
chrUn_NW_026529081v1	46
chrUn_NW_026529085v1	128
chrX	1177438
chrX_NW_026527892v1_random	109
chrX_NW_026527894v1_random	170
chrX_NW_026527897v1_random	47
chrY	6133
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	5
chrY_NW_026527913v1_random	13
chrY_NW_026527914v1_random	207
chrY_NW_026527919v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	3
chrY_NW_026527938v1_random	163
chrY_NW_026527939v1_random	5
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	522
chrY_NW_026527950v1_random	353
chrY_NW_026527951v1_random	27
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	1477
chrY_NW_026527958v1_random	654
chrY_NW_026527960v1_random	25
chrY_NW_026527961v1_random	74
chrY_NW_026527966v1_random	5111
chrY_NW_026527967v1_random	38
chrY_NW_026527968v1_random	399
chrY_NW_026527969v1_random	8
chrY_NW_026527980v1_random	24

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	47587462	1	5000	131.01	100

Files

Filename	Size	md5
P0061_2.h5ad.gz	443.54 MB	7e8ca72a7d17c59f0de8565b4afdc403
P0061_2.h5ad.gz.tbi	599.14 KB	86d927d05e1da2ff144d6029ae820659
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	8905652353fd8f90ecc9fa7df206230a
statistics/