Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0061_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0061_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0061_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0061_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATCCATAAGGATGATG-P0061_2, TTGTGCGAGAGGAAGG-P0061_2, GTTGGCCAGGCATTAC-P0061_2, TCATGTTTCTTGGATA-P0061_2, CTATTGAAGGATCACT-P0061_2 (top 5 of 5322 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
293,382,331
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 293382331
chr1 23827333
chr2 19738730
chr3 14256225
chr4 15855081
chr5 23638072
chr6 15233465
chr7 18996832
chr8 11638390
chr9 14621485
chr10 15224906
chr11 15566236
chr12 15312157
chr13 11381596
chr14 11179070
chr15 11274282
chr16 9076605
chr17 6690890
chr18 5415320
chr19 6164373
chr20 5547295
chr21 4385351
chr22 10841683
chrUn_NW_026528016v1 39
chrUn_NW_026528017v1 135
chrUn_NW_026528021v1 1484
chrUn_NW_026528026v1 873
chrUn_NW_026528029v1 722
chrUn_NW_026528038v1 750
chrUn_NW_026528039v1 983
chrUn_NW_026528065v1 381
chrUn_NW_026528075v1 236
chrUn_NW_026528103v1 57
chrUn_NW_026528123v1 13
chrUn_NW_026528125v1 98
chrUn_NW_026528140v1 990
chrUn_NW_026528210v1 206
chrUn_NW_026528215v1 333
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 17
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 11
chrUn_NW_026528225v1 111
chrUn_NW_026528226v1 173
chrUn_NW_026528228v1 291
chrUn_NW_026528230v1 412
chrUn_NW_026528232v1 2866
chrUn_NW_026528259v1 19
chrUn_NW_026528278v1 1351
chrUn_NW_026528285v1 48
chrUn_NW_026528292v1 28
chrUn_NW_026528295v1 326
chrUn_NW_026528296v1 19959
chrUn_NW_026528310v1 174
chrUn_NW_026528320v1 43
chrUn_NW_026528327v1 21
chrUn_NW_026528332v1 32
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 46
chrUn_NW_026528339v1 46
chrUn_NW_026528345v1 43
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 47
chrUn_NW_026528353v1 54
chrUn_NW_026528356v1 28
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528360v1 6
chrUn_NW_026528363v1 346
chrUn_NW_026528370v1 165
chrUn_NW_026528371v1 1535
chrUn_NW_026528372v1 455
chrUn_NW_026528373v1 1086
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 15
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 35
chrUn_NW_026528385v1 70
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 36
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 24
chrUn_NW_026528412v1 21
chrUn_NW_026528413v1 11
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 8
chrUn_NW_026528423v1 120
chrUn_NW_026528431v1 417
chrUn_NW_026528432v1 829
chrUn_NW_026528433v1 5126
chrUn_NW_026528440v1 12
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 816
chrUn_NW_026528558v1 2440
chrUn_NW_026528559v1 128
chrUn_NW_026528561v1 2
chrUn_NW_026528588v1 13
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 2011
chrUn_NW_026528596v1 3693
chrUn_NW_026528609v1 44
chrUn_NW_026528611v1 18
chrUn_NW_026528615v1 32
chrUn_NW_026528621v1 398
chrUn_NW_026528631v1 188
chrUn_NW_026528634v1 476
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 10
chrUn_NW_026528650v1 33
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 73
chrUn_NW_026528668v1 29
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 53
chrUn_NW_026528708v1 15
chrUn_NW_026528719v1 730
chrUn_NW_026528737v1 50
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 25
chrUn_NW_026528748v1 8
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 31
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 25
chrUn_NW_026528755v1 150
chrUn_NW_026528772v1 29
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 19
chrUn_NW_026528786v1 31
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 236
chrUn_NW_026528795v1 137
chrUn_NW_026528796v1 419
chrUn_NW_026528797v1 6436
chrUn_NW_026528798v1 1458
chrUn_NW_026528799v1 326
chrUn_NW_026528880v1 36
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 17
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528887v1 104
chrUn_NW_026528888v1 32
chrUn_NW_026528889v1 19
chrUn_NW_026528891v1 86
chrUn_NW_026528893v1 12
chrUn_NW_026528894v1 810
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 24
chrUn_NW_026528900v1 193
chrUn_NW_026528902v1 271
chrUn_NW_026528903v1 2215
chrUn_NW_026528917v1 437
chrUn_NW_026528926v1 175
chrUn_NW_026528928v1 1331
chrUn_NW_026528937v1 67
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 18
chrUn_NW_026528957v1 1249
chrUn_NW_026528960v1 581
chrUn_NW_026528975v1 317
chrUn_NW_026528984v1 115
chrUn_NW_026528985v1 18
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 358
chrUn_NW_026528989v1 69
chrUn_NW_026528992v1 9
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 71
chrUn_NW_026529007v1 601
chrUn_NW_026529008v1 6878
chrUn_NW_026529013v1 84
chrUn_NW_026529015v1 175
chrUn_NW_026529016v1 1600
chrUn_NW_026529060v1 2603
chrUn_NW_026529081v1 429
chrUn_NW_026529085v1 1275
chrX 7358965
chrX_NW_026527892v1_random 714
chrX_NW_026527894v1_random 1452
chrX_NW_026527897v1_random 318
chrY 36108
chrY_NW_026527909v1_random 2
chrY_NW_026527911v1_random 27
chrY_NW_026527913v1_random 92
chrY_NW_026527914v1_random 1007
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527918v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 48
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 12
chrY_NW_026527938v1_random 867
chrY_NW_026527939v1_random 57
chrY_NW_026527942v1_random 4
chrY_NW_026527949v1_random 3859
chrY_NW_026527950v1_random 1646
chrY_NW_026527951v1_random 208
chrY_NW_026527955v1_random 123
chrY_NW_026527956v1_random 3529
chrY_NW_026527958v1_random 1540
chrY_NW_026527960v1_random 124
chrY_NW_026527961v1_random 383
chrY_NW_026527966v1_random 15264
chrY_NW_026527967v1_random 471
chrY_NW_026527968v1_random 2980
chrY_NW_026527969v1_random 28
chrY_NW_026527980v1_random 144

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 293382331 1 5038 135.59 107
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0061_2.gz 2.69 GB 065e9161d7edc7d6ee94793535456513
P0061_2.gz.tbi 1.19 MB edb4f8bee371dda8c97a8569034cefdc
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0e279ae2a89418b160cc95925671f8b0
statistics/