Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0062_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0062_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0062_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0062_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AAGGATCCAAAGGCCA-P0062_1, TGTTACTTCCTAGTCC-P0062_1, AAGACAAGTTTATCTG-P0062_1, CTCCTCACACATGCTA-P0062_1, TTAGAAGCAACAGGAT-P0062_1 (top 5 of 1098 values)
count	int	count			[1, 1]	n 86,138,202 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	86138202
chr1	6958126
chr2	5788474
chr3	4263574
chr4	4686781
chr5	6898315
chr6	4543322
chr7	5636815
chr8	3422190
chr9	4154485
chr10	4596756
chr11	4597610
chr12	4512984
chr13	3359628
chr14	3246841
chr15	3336650
chr16	2651703
chr17	1989898
chr18	1593650
chr19	1816606
chr20	1742253
chr21	1253138
chr22	2909721
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	37
chrUn_NW_026528021v1	272
chrUn_NW_026528026v1	241
chrUn_NW_026528029v1	205
chrUn_NW_026528038v1	177
chrUn_NW_026528039v1	299
chrUn_NW_026528065v1	142
chrUn_NW_026528075v1	65
chrUn_NW_026528103v1	22
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	20
chrUn_NW_026528140v1	356
chrUn_NW_026528210v1	62
chrUn_NW_026528215v1	94
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528224v1	3
chrUn_NW_026528225v1	27
chrUn_NW_026528226v1	114
chrUn_NW_026528228v1	61
chrUn_NW_026528230v1	123
chrUn_NW_026528232v1	498
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	227
chrUn_NW_026528285v1	15
chrUn_NW_026528292v1	3
chrUn_NW_026528295v1	110
chrUn_NW_026528296v1	6227
chrUn_NW_026528310v1	64
chrUn_NW_026528320v1	17
chrUn_NW_026528327v1	20
chrUn_NW_026528332v1	19
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	30
chrUn_NW_026528339v1	6
chrUn_NW_026528345v1	19
chrUn_NW_026528347v1	8
chrUn_NW_026528350v1	10
chrUn_NW_026528353v1	16
chrUn_NW_026528356v1	13
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528363v1	71
chrUn_NW_026528370v1	93
chrUn_NW_026528371v1	458
chrUn_NW_026528372v1	143
chrUn_NW_026528373v1	347
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	14
chrUn_NW_026528385v1	14
chrUn_NW_026528390v1	15
chrUn_NW_026528393v1	5
chrUn_NW_026528397v1	5
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	7
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	37
chrUn_NW_026528431v1	127
chrUn_NW_026528432v1	223
chrUn_NW_026528433v1	1864
chrUn_NW_026528440v1	5
chrUn_NW_026528480v1	244
chrUn_NW_026528558v1	573
chrUn_NW_026528559v1	38
chrUn_NW_026528588v1	4
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	488
chrUn_NW_026528596v1	930
chrUn_NW_026528609v1	7
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	108
chrUn_NW_026528631v1	52
chrUn_NW_026528634v1	84
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	1
chrUn_NW_026528650v1	11
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	7
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528677v1	12
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	184
chrUn_NW_026528737v1	28
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528750v1	7
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	35
chrUn_NW_026528772v1	11
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	5
chrUn_NW_026528785v1	10
chrUn_NW_026528786v1	13
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	70
chrUn_NW_026528795v1	77
chrUn_NW_026528796v1	134
chrUn_NW_026528797v1	2098
chrUn_NW_026528798v1	623
chrUn_NW_026528799v1	107
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	8
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	31
chrUn_NW_026528888v1	15
chrUn_NW_026528889v1	2
chrUn_NW_026528891v1	20
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	181
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	9
chrUn_NW_026528900v1	48
chrUn_NW_026528902v1	76
chrUn_NW_026528903v1	587
chrUn_NW_026528917v1	138
chrUn_NW_026528926v1	45
chrUn_NW_026528928v1	334
chrUn_NW_026528937v1	13
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	7
chrUn_NW_026528952v1	2
chrUn_NW_026528957v1	327
chrUn_NW_026528960v1	110
chrUn_NW_026528975v1	59
chrUn_NW_026528984v1	24
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	43
chrUn_NW_026528989v1	9
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528996v1	16
chrUn_NW_026529007v1	265
chrUn_NW_026529008v1	2713
chrUn_NW_026529013v1	14
chrUn_NW_026529015v1	57
chrUn_NW_026529016v1	394
chrUn_NW_026529060v1	759
chrUn_NW_026529081v1	83
chrUn_NW_026529085v1	219
chrX	2127849
chrX_NW_026527892v1_random	221
chrX_NW_026527894v1_random	526
chrX_NW_026527897v1_random	70
chrY	11871
chrY_NW_026527911v1_random	10
chrY_NW_026527913v1_random	64
chrY_NW_026527914v1_random	343
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	17
chrY_NW_026527927v1_random	7
chrY_NW_026527932v1_random	8
chrY_NW_026527938v1_random	225
chrY_NW_026527939v1_random	14
chrY_NW_026527942v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	1186
chrY_NW_026527950v1_random	872
chrY_NW_026527951v1_random	71
chrY_NW_026527955v1_random	51
chrY_NW_026527956v1_random	1575
chrY_NW_026527958v1_random	838
chrY_NW_026527960v1_random	51
chrY_NW_026527961v1_random	170
chrY_NW_026527966v1_random	6111
chrY_NW_026527967v1_random	80
chrY_NW_026527968v1_random	632
chrY_NW_026527969v1_random	13
chrY_NW_026527980v1_random	41

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	86138202	1	5036	170.24	159

Files

Filename	Size	md5
P0062_1.h5ad.gz	783.72 MB	35c95c1cabc65d37969c55b73440f67a
P0062_1.h5ad.gz.tbi	700.28 KB	c8f2cb78793296b3637744aca2c7df17
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	26f8072305e050c28b72327e3d99ae9e
statistics/