Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0062_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0062_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0062_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0062_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AAGGATCCAAAGGCCA-P0062_1, GTGGATGCAATTGAAG-P0062_1, GGAGGTTAGGTGTTAC-P0062_1, GCTGTGCAGTTCCTGC-P0062_1, GAACCAAAGCGGCTGT-P0062_1 (top 5 of 1709 values)
count	int	count			[1, 1]	n 155,000,066 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	155000066
chr1	12448326
chr2	10593750
chr3	7816715
chr4	8467849
chr5	12231460
chr6	8250488
chr7	10078300
chr8	6246167
chr9	7513038
chr10	8226690
chr11	8198468
chr12	8105552
chr13	6137455
chr14	5891777
chr15	5977578
chr16	4812845
chr17	3590109
chr18	2853419
chr19	3240762
chr20	3080972
chr21	2296683
chr22	4995517
chrUn_NW_026528016v1	16
chrUn_NW_026528017v1	61
chrUn_NW_026528021v1	546
chrUn_NW_026528026v1	441
chrUn_NW_026528029v1	363
chrUn_NW_026528038v1	369
chrUn_NW_026528039v1	602
chrUn_NW_026528065v1	215
chrUn_NW_026528075v1	148
chrUn_NW_026528103v1	43
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	51
chrUn_NW_026528140v1	574
chrUn_NW_026528210v1	115
chrUn_NW_026528215v1	147
chrUn_NW_026528218v1	4
chrUn_NW_026528219v1	11
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	8
chrUn_NW_026528225v1	53
chrUn_NW_026528226v1	159
chrUn_NW_026528228v1	155
chrUn_NW_026528230v1	253
chrUn_NW_026528232v1	916
chrUn_NW_026528259v1	10
chrUn_NW_026528278v1	414
chrUn_NW_026528285v1	34
chrUn_NW_026528292v1	13
chrUn_NW_026528295v1	183
chrUn_NW_026528296v1	11136
chrUn_NW_026528310v1	93
chrUn_NW_026528320v1	24
chrUn_NW_026528327v1	38
chrUn_NW_026528332v1	27
chrUn_NW_026528335v1	11
chrUn_NW_026528338v1	62
chrUn_NW_026528339v1	24
chrUn_NW_026528345v1	27
chrUn_NW_026528347v1	13
chrUn_NW_026528350v1	15
chrUn_NW_026528353v1	27
chrUn_NW_026528356v1	18
chrUn_NW_026528358v1	7
chrUn_NW_026528363v1	139
chrUn_NW_026528370v1	138
chrUn_NW_026528371v1	798
chrUn_NW_026528372v1	296
chrUn_NW_026528373v1	685
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	6
chrUn_NW_026528382v1	3
chrUn_NW_026528384v1	20
chrUn_NW_026528385v1	29
chrUn_NW_026528390v1	24
chrUn_NW_026528393v1	6
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	10
chrUn_NW_026528403v1	5
chrUn_NW_026528404v1	2
chrUn_NW_026528408v1	5
chrUn_NW_026528409v1	6
chrUn_NW_026528412v1	12
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	3
chrUn_NW_026528423v1	54
chrUn_NW_026528431v1	228
chrUn_NW_026528432v1	362
chrUn_NW_026528433v1	2789
chrUn_NW_026528440v1	8
chrUn_NW_026528480v1	432
chrUn_NW_026528558v1	1222
chrUn_NW_026528559v1	60
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	16
chrUn_NW_026528590v1	873
chrUn_NW_026528596v1	1837
chrUn_NW_026528609v1	15
chrUn_NW_026528611v1	8
chrUn_NW_026528615v1	10
chrUn_NW_026528621v1	189
chrUn_NW_026528631v1	75
chrUn_NW_026528634v1	148
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	14
chrUn_NW_026528656v1	6
chrUn_NW_026528660v1	3
chrUn_NW_026528661v1	12
chrUn_NW_026528668v1	13
chrUn_NW_026528677v1	21
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	385
chrUn_NW_026528737v1	44
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	9
chrUn_NW_026528750v1	14
chrUn_NW_026528754v1	7
chrUn_NW_026528755v1	73
chrUn_NW_026528772v1	12
chrUn_NW_026528775v1	11
chrUn_NW_026528777v1	5
chrUn_NW_026528784v1	11
chrUn_NW_026528785v1	13
chrUn_NW_026528786v1	26
chrUn_NW_026528788v1	8
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	130
chrUn_NW_026528795v1	124
chrUn_NW_026528796v1	244
chrUn_NW_026528797v1	3815
chrUn_NW_026528798v1	995
chrUn_NW_026528799v1	190
chrUn_NW_026528880v1	25
chrUn_NW_026528882v1	14
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	7
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	48
chrUn_NW_026528888v1	24
chrUn_NW_026528889v1	6
chrUn_NW_026528891v1	47
chrUn_NW_026528893v1	11
chrUn_NW_026528894v1	305
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	14
chrUn_NW_026528900v1	98
chrUn_NW_026528902v1	131
chrUn_NW_026528903v1	1122
chrUn_NW_026528917v1	225
chrUn_NW_026528926v1	76
chrUn_NW_026528928v1	700
chrUn_NW_026528937v1	24
chrUn_NW_026528938v1	10
chrUn_NW_026528950v1	14
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	673
chrUn_NW_026528960v1	190
chrUn_NW_026528975v1	130
chrUn_NW_026528984v1	42
chrUn_NW_026528985v1	6
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	8
chrUn_NW_026528988v1	90
chrUn_NW_026528989v1	16
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528996v1	35
chrUn_NW_026529007v1	456
chrUn_NW_026529008v1	4704
chrUn_NW_026529013v1	41
chrUn_NW_026529015v1	120
chrUn_NW_026529016v1	874
chrUn_NW_026529060v1	1372
chrUn_NW_026529081v1	139
chrUn_NW_026529085v1	402
chrX	3858672
chrX_NW_026527892v1_random	418
chrX_NW_026527894v1_random	962
chrX_NW_026527897v1_random	123
chrY	20845
chrY_NW_026527911v1_random	17
chrY_NW_026527913v1_random	108
chrY_NW_026527914v1_random	562
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	26
chrY_NW_026527927v1_random	10
chrY_NW_026527932v1_random	11
chrY_NW_026527938v1_random	489
chrY_NW_026527939v1_random	24
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527949v1_random	2116
chrY_NW_026527950v1_random	1480
chrY_NW_026527951v1_random	125
chrY_NW_026527955v1_random	86
chrY_NW_026527956v1_random	2018
chrY_NW_026527958v1_random	1048
chrY_NW_026527960v1_random	88
chrY_NW_026527961v1_random	298
chrY_NW_026527966v1_random	8887
chrY_NW_026527967v1_random	133
chrY_NW_026527968v1_random	1133
chrY_NW_026527969v1_random	20
chrY_NW_026527980v1_random	61

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	155000066	1	5042	171.07	159

Files

Filename	Size	md5
P0062_1.gz	1.4 GB	c1974644bf685b1f97fd9fae32daf1e1
P0062_1.gz.tbi	894.3 KB	e5f6f5f6b3a73ba1d86c98bba7d4f326
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	2c863e73ee7b6581acacade8c4086e7d
statistics/