Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0062_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0062_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0062_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0062_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTGACATCACCTGTC-P0062_2, ACACTTGCACTAAGTT-P0062_2, TTCGTGCTCAGGGCCT-P0062_2, GAGTTACTCCAGCACA-P0062_2, ATAGGTACAGCAAGGC-P0062_2 (top 5 of 1269 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
100,268,406
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 100268406
chr1 8085360
chr2 6787938
chr3 5015949
chr4 5501898
chr5 8044968
chr6 5278257
chr7 6502840
chr8 4059019
chr9 4853747
chr10 5343645
chr11 5300379
chr12 5256895
chr13 3948213
chr14 3786746
chr15 3830828
chr16 3058011
chr17 2282224
chr18 1826589
chr19 2102693
chr20 2022324
chr21 1480127
chr22 3359870
chrUn_NW_026528016v1 16
chrUn_NW_026528017v1 34
chrUn_NW_026528021v1 311
chrUn_NW_026528026v1 293
chrUn_NW_026528029v1 216
chrUn_NW_026528038v1 255
chrUn_NW_026528039v1 346
chrUn_NW_026528065v1 153
chrUn_NW_026528075v1 77
chrUn_NW_026528103v1 16
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 36
chrUn_NW_026528140v1 385
chrUn_NW_026528210v1 63
chrUn_NW_026528215v1 90
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 9
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 27
chrUn_NW_026528226v1 160
chrUn_NW_026528228v1 99
chrUn_NW_026528230v1 142
chrUn_NW_026528232v1 537
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 281
chrUn_NW_026528285v1 19
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 102
chrUn_NW_026528296v1 7091
chrUn_NW_026528310v1 52
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 25
chrUn_NW_026528332v1 20
chrUn_NW_026528335v1 7
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 12
chrUn_NW_026528356v1 9
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 82
chrUn_NW_026528370v1 95
chrUn_NW_026528371v1 582
chrUn_NW_026528372v1 196
chrUn_NW_026528373v1 443
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 22
chrUn_NW_026528390v1 13
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 10
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 25
chrUn_NW_026528431v1 126
chrUn_NW_026528432v1 283
chrUn_NW_026528433v1 2371
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528480v1 316
chrUn_NW_026528558v1 749
chrUn_NW_026528559v1 28
chrUn_NW_026528561v1 2
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 5
chrUn_NW_026528590v1 528
chrUn_NW_026528596v1 1121
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 149
chrUn_NW_026528631v1 41
chrUn_NW_026528634v1 103
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528661v1 13
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 235
chrUn_NW_026528737v1 15
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528745v1 13
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 56
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 5
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 90
chrUn_NW_026528795v1 92
chrUn_NW_026528796v1 146
chrUn_NW_026528797v1 2492
chrUn_NW_026528798v1 668
chrUn_NW_026528799v1 125
chrUn_NW_026528880v1 7
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 9
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 32
chrUn_NW_026528888v1 14
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 17
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 198
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 60
chrUn_NW_026528902v1 57
chrUn_NW_026528903v1 722
chrUn_NW_026528917v1 152
chrUn_NW_026528926v1 54
chrUn_NW_026528928v1 436
chrUn_NW_026528937v1 14
chrUn_NW_026528938v1 4
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 7
chrUn_NW_026528957v1 392
chrUn_NW_026528960v1 129
chrUn_NW_026528975v1 88
chrUn_NW_026528984v1 20
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 41
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 33
chrUn_NW_026529007v1 276
chrUn_NW_026529008v1 3130
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 50
chrUn_NW_026529016v1 519
chrUn_NW_026529060v1 903
chrUn_NW_026529081v1 86
chrUn_NW_026529085v1 242
chrX 2480710
chrX_NW_026527892v1_random 224
chrX_NW_026527894v1_random 571
chrX_NW_026527897v1_random 113
chrY 13622
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 12
chrY_NW_026527913v1_random 65
chrY_NW_026527914v1_random 357
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 12
chrY_NW_026527927v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 235
chrY_NW_026527939v1_random 19
chrY_NW_026527942v1_random 2
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 1416
chrY_NW_026527950v1_random 1121
chrY_NW_026527951v1_random 85
chrY_NW_026527955v1_random 45
chrY_NW_026527956v1_random 2033
chrY_NW_026527958v1_random 952
chrY_NW_026527960v1_random 62
chrY_NW_026527961v1_random 218
chrY_NW_026527966v1_random 7102
chrY_NW_026527967v1_random 93
chrY_NW_026527968v1_random 576
chrY_NW_026527969v1_random 15
chrY_NW_026527980v1_random 42

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 100268406 1 5039 164.42 157
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0062_2.h5ad.gz 914.63 MB 42647afd6db02c098dbd5ac27ea7609e
P0062_2.h5ad.gz.tbi 742.41 KB fe926bc89762168bb6d31cee3f13430f
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8573dced095a9bf099db6ced591b682a
statistics/