Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0062_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0062_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0062_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0062_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTGACATCACCTGTC-P0062_2, ACACTTGCACTAAGTT-P0062_2, TTCGTGCTCAGGGCCT-P0062_2, GAGTTACTCCAGCACA-P0062_2, TCGCTAACACTGGCTG-P0062_2 (top 5 of 1959 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
178,235,403
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 178235403
chr1 14359225
chr2 12175122
chr3 9043165
chr4 9834159
chr5 14087236
chr6 9486140
chr7 11505010
chr8 7269020
chr9 8690539
chr10 9419551
chr11 9435048
chr12 9285720
chr13 7097137
chr14 6781551
chr15 6785183
chr16 5550341
chr17 4101202
chr18 3217646
chr19 3709276
chr20 3550075
chr21 2653317
chr22 5691599
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 60
chrUn_NW_026528021v1 598
chrUn_NW_026528026v1 519
chrUn_NW_026528029v1 405
chrUn_NW_026528038v1 480
chrUn_NW_026528039v1 635
chrUn_NW_026528065v1 243
chrUn_NW_026528075v1 156
chrUn_NW_026528103v1 44
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 64
chrUn_NW_026528140v1 673
chrUn_NW_026528210v1 111
chrUn_NW_026528215v1 183
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 57
chrUn_NW_026528226v1 218
chrUn_NW_026528228v1 188
chrUn_NW_026528230v1 300
chrUn_NW_026528232v1 1028
chrUn_NW_026528259v1 7
chrUn_NW_026528278v1 459
chrUn_NW_026528285v1 40
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 190
chrUn_NW_026528296v1 12547
chrUn_NW_026528310v1 96
chrUn_NW_026528320v1 23
chrUn_NW_026528327v1 39
chrUn_NW_026528332v1 28
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 32
chrUn_NW_026528339v1 36
chrUn_NW_026528345v1 20
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 7
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 7
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 134
chrUn_NW_026528370v1 152
chrUn_NW_026528371v1 959
chrUn_NW_026528372v1 340
chrUn_NW_026528373v1 907
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 23
chrUn_NW_026528385v1 34
chrUn_NW_026528390v1 20
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 12
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 14
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 43
chrUn_NW_026528431v1 256
chrUn_NW_026528432v1 463
chrUn_NW_026528433v1 3562
chrUn_NW_026528440v1 6
chrUn_NW_026528480v1 539
chrUn_NW_026528558v1 1480
chrUn_NW_026528559v1 51
chrUn_NW_026528561v1 5
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 10
chrUn_NW_026528590v1 992
chrUn_NW_026528596v1 1993
chrUn_NW_026528609v1 20
chrUn_NW_026528611v1 16
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 268
chrUn_NW_026528631v1 75
chrUn_NW_026528634v1 164
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 18
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 10
chrUn_NW_026528719v1 467
chrUn_NW_026528737v1 33
chrUn_NW_026528739v1 6
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 14
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 102
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 148
chrUn_NW_026528795v1 146
chrUn_NW_026528796v1 306
chrUn_NW_026528797v1 4607
chrUn_NW_026528798v1 1118
chrUn_NW_026528799v1 224
chrUn_NW_026528880v1 14
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 12
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 51
chrUn_NW_026528888v1 26
chrUn_NW_026528889v1 10
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 358
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 112
chrUn_NW_026528902v1 114
chrUn_NW_026528903v1 1283
chrUn_NW_026528917v1 252
chrUn_NW_026528926v1 98
chrUn_NW_026528928v1 818
chrUn_NW_026528937v1 43
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 19
chrUn_NW_026528952v1 12
chrUn_NW_026528957v1 741
chrUn_NW_026528960v1 213
chrUn_NW_026528975v1 166
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528985v1 11
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 81
chrUn_NW_026528989v1 13
chrUn_NW_026528992v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 47
chrUn_NW_026529007v1 471
chrUn_NW_026529008v1 5403
chrUn_NW_026529013v1 49
chrUn_NW_026529015v1 126
chrUn_NW_026529016v1 956
chrUn_NW_026529060v1 1648
chrUn_NW_026529081v1 160
chrUn_NW_026529085v1 458
chrX 4407715
chrX_NW_026527892v1_random 451
chrX_NW_026527894v1_random 1017
chrX_NW_026527897v1_random 177
chrY 23863
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 21
chrY_NW_026527913v1_random 120
chrY_NW_026527914v1_random 639
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 27
chrY_NW_026527927v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 13
chrY_NW_026527938v1_random 468
chrY_NW_026527939v1_random 25
chrY_NW_026527942v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2615
chrY_NW_026527950v1_random 1737
chrY_NW_026527951v1_random 122
chrY_NW_026527955v1_random 84
chrY_NW_026527956v1_random 2536
chrY_NW_026527958v1_random 1183
chrY_NW_026527960v1_random 102
chrY_NW_026527961v1_random 364
chrY_NW_026527966v1_random 10011
chrY_NW_026527967v1_random 155
chrY_NW_026527968v1_random 1102
chrY_NW_026527969v1_random 21
chrY_NW_026527980v1_random 67

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 178235403 1 5039 165.22 157
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0062_2.gz 1.61 GB 86098b8b10e1be0503e3c04d57839c94
P0062_2.gz.tbi 955.56 KB fcc8271c4be7b379ba3adbfe7010d2c3
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB e51c4fa04192c30d6be6d834400b536e
statistics/