Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0063_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0063_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0063_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0063_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCCTCATAGGTACCGC-P0063_2, GATTACTCAGGAACCA-P0063_2, CTCTCACAGCGGCTGT-P0063_2, ATGTCAATCCTCACTA-P0063_2, TTTAAGCCATGAAGTA-P0063_2 (top 5 of 3971 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
209,988,962
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 209988962
chr1 16603826
chr2 13951302
chr3 10232815
chr4 11500417
chr5 16906478
chr6 10550400
chr7 13592532
chr8 8329248
chr9 10421234
chr10 11393773
chr11 11188676
chr12 11011001
chr13 8117022
chr14 7910056
chr15 8124936
chr16 6226157
chr17 4695951
chr18 3945149
chr19 4410987
chr20 4160400
chr21 3068931
chr22 8195650
chrUn_NW_026528016v1 20
chrUn_NW_026528017v1 101
chrUn_NW_026528021v1 1009
chrUn_NW_026528026v1 578
chrUn_NW_026528029v1 683
chrUn_NW_026528038v1 602
chrUn_NW_026528039v1 808
chrUn_NW_026528065v1 300
chrUn_NW_026528075v1 175
chrUn_NW_026528103v1 53
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 104
chrUn_NW_026528140v1 528
chrUn_NW_026528210v1 162
chrUn_NW_026528215v1 187
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 9
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 51
chrUn_NW_026528226v1 97
chrUn_NW_026528228v1 218
chrUn_NW_026528230v1 229
chrUn_NW_026528232v1 2511
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 668
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 17
chrUn_NW_026528295v1 294
chrUn_NW_026528296v1 12840
chrUn_NW_026528310v1 125
chrUn_NW_026528320v1 35
chrUn_NW_026528327v1 25
chrUn_NW_026528332v1 27
chrUn_NW_026528335v1 9
chrUn_NW_026528338v1 51
chrUn_NW_026528339v1 35
chrUn_NW_026528345v1 47
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 21
chrUn_NW_026528353v1 37
chrUn_NW_026528356v1 31
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 201
chrUn_NW_026528370v1 175
chrUn_NW_026528371v1 1412
chrUn_NW_026528372v1 255
chrUn_NW_026528373v1 961
chrUn_NW_026528378v1 10
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 24
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528397v1 20
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 13
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 12
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 56
chrUn_NW_026528431v1 267
chrUn_NW_026528432v1 518
chrUn_NW_026528433v1 4112
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 559
chrUn_NW_026528558v1 1958
chrUn_NW_026528559v1 67
chrUn_NW_026528561v1 1
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 1110
chrUn_NW_026528596v1 2840
chrUn_NW_026528609v1 36
chrUn_NW_026528611v1 17
chrUn_NW_026528615v1 23
chrUn_NW_026528621v1 423
chrUn_NW_026528631v1 138
chrUn_NW_026528634v1 224
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 12
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 19
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 9
chrUn_NW_026528719v1 678
chrUn_NW_026528737v1 14
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 19
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 13
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528754v1 10
chrUn_NW_026528755v1 106
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 123
chrUn_NW_026528795v1 97
chrUn_NW_026528796v1 303
chrUn_NW_026528797v1 4199
chrUn_NW_026528798v1 1535
chrUn_NW_026528799v1 492
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 18
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 52
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 516
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 26
chrUn_NW_026528900v1 132
chrUn_NW_026528902v1 172
chrUn_NW_026528903v1 925
chrUn_NW_026528917v1 237
chrUn_NW_026528926v1 109
chrUn_NW_026528928v1 1140
chrUn_NW_026528937v1 57
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 20
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 947
chrUn_NW_026528960v1 653
chrUn_NW_026528975v1 242
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 162
chrUn_NW_026528989v1 17
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528996v1 37
chrUn_NW_026529007v1 519
chrUn_NW_026529008v1 3800
chrUn_NW_026529013v1 90
chrUn_NW_026529015v1 129
chrUn_NW_026529016v1 1303
chrUn_NW_026529060v1 2460
chrUn_NW_026529081v1 172
chrUn_NW_026529085v1 534
chrX 5335393
chrX_NW_026527892v1_random 457
chrX_NW_026527894v1_random 814
chrX_NW_026527897v1_random 186
chrY 25823
chrY_NW_026527911v1_random 22
chrY_NW_026527913v1_random 45
chrY_NW_026527914v1_random 713
chrY_NW_026527915v1_random 4
chrY_NW_026527919v1_random 30
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 8
chrY_NW_026527938v1_random 662
chrY_NW_026527939v1_random 28
chrY_NW_026527942v1_random 2
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2740
chrY_NW_026527950v1_random 987
chrY_NW_026527951v1_random 126
chrY_NW_026527955v1_random 63
chrY_NW_026527956v1_random 4307
chrY_NW_026527958v1_random 1934
chrY_NW_026527960v1_random 76
chrY_NW_026527961v1_random 208
chrY_NW_026527966v1_random 14919
chrY_NW_026527967v1_random 202
chrY_NW_026527968v1_random 1357
chrY_NW_026527969v1_random 17
chrY_NW_026527980v1_random 107

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 209988962 1 5040 127.09 94
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0063_2.h5ad.gz 1.9 GB 3918ecf06d177b977d7d70b2dcc22e61
P0063_2.h5ad.gz.tbi 1004.87 KB 4e4a33c4a498b5d542104d5b1763ced7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 20dcf88f75e55127268bca44d4593e24
statistics/