Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0063_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0063_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0063_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0063_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCCTCATAGGTACCGC-P0063_2, GATTACTCAGGAACCA-P0063_2, CTCTCACAGCGGCTGT-P0063_2, ATGTCAATCCTCACTA-P0063_2, TTTAAGCCATGAAGTA-P0063_2 (top 5 of 3995 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
210,943,599
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 210943599
chr1 16674979
chr2 14010314
chr3 10274053
chr4 11552270
chr5 16989948
chr6 10604326
chr7 13651379
chr8 8364814
chr9 10472170
chr10 11447413
chr11 11231720
chr12 11060561
chr13 8148644
chr14 7946378
chr15 8159132
chr16 6253287
chr17 4718663
chr18 3963794
chr19 4434704
chr20 4178388
chr21 3085052
chr22 8241697
chrUn_NW_026528016v1 20
chrUn_NW_026528017v1 101
chrUn_NW_026528021v1 1010
chrUn_NW_026528026v1 580
chrUn_NW_026528029v1 689
chrUn_NW_026528038v1 606
chrUn_NW_026528039v1 810
chrUn_NW_026528065v1 300
chrUn_NW_026528075v1 178
chrUn_NW_026528103v1 53
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 104
chrUn_NW_026528140v1 532
chrUn_NW_026528210v1 163
chrUn_NW_026528215v1 188
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 51
chrUn_NW_026528226v1 102
chrUn_NW_026528228v1 220
chrUn_NW_026528230v1 229
chrUn_NW_026528232v1 2525
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 672
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 17
chrUn_NW_026528295v1 296
chrUn_NW_026528296v1 12901
chrUn_NW_026528310v1 126
chrUn_NW_026528320v1 35
chrUn_NW_026528327v1 25
chrUn_NW_026528332v1 27
chrUn_NW_026528335v1 9
chrUn_NW_026528338v1 52
chrUn_NW_026528339v1 35
chrUn_NW_026528345v1 47
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 21
chrUn_NW_026528353v1 37
chrUn_NW_026528356v1 31
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 202
chrUn_NW_026528370v1 175
chrUn_NW_026528371v1 1419
chrUn_NW_026528372v1 256
chrUn_NW_026528373v1 967
chrUn_NW_026528378v1 10
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 24
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528397v1 21
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 13
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 12
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 56
chrUn_NW_026528431v1 272
chrUn_NW_026528432v1 525
chrUn_NW_026528433v1 4121
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 565
chrUn_NW_026528558v1 1967
chrUn_NW_026528559v1 68
chrUn_NW_026528561v1 1
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 1124
chrUn_NW_026528596v1 2860
chrUn_NW_026528609v1 36
chrUn_NW_026528611v1 17
chrUn_NW_026528615v1 23
chrUn_NW_026528621v1 427
chrUn_NW_026528631v1 138
chrUn_NW_026528634v1 225
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 20
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 24
chrUn_NW_026528708v1 9
chrUn_NW_026528719v1 684
chrUn_NW_026528737v1 14
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 19
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 13
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528754v1 10
chrUn_NW_026528755v1 106
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 123
chrUn_NW_026528795v1 97
chrUn_NW_026528796v1 304
chrUn_NW_026528797v1 4232
chrUn_NW_026528798v1 1548
chrUn_NW_026528799v1 493
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 56
chrUn_NW_026528888v1 19
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 52
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 517
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 26
chrUn_NW_026528900v1 134
chrUn_NW_026528902v1 172
chrUn_NW_026528903v1 938
chrUn_NW_026528917v1 247
chrUn_NW_026528926v1 109
chrUn_NW_026528928v1 1151
chrUn_NW_026528937v1 59
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 20
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 953
chrUn_NW_026528960v1 655
chrUn_NW_026528975v1 246
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 162
chrUn_NW_026528989v1 17
chrUn_NW_026528992v1 1
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528996v1 37
chrUn_NW_026529007v1 523
chrUn_NW_026529008v1 3854
chrUn_NW_026529013v1 90
chrUn_NW_026529015v1 129
chrUn_NW_026529016v1 1310
chrUn_NW_026529060v1 2469
chrUn_NW_026529081v1 176
chrUn_NW_026529085v1 538
chrX 5362521
chrX_NW_026527892v1_random 460
chrX_NW_026527894v1_random 817
chrX_NW_026527897v1_random 186
chrY 25969
chrY_NW_026527911v1_random 22
chrY_NW_026527913v1_random 45
chrY_NW_026527914v1_random 716
chrY_NW_026527915v1_random 4
chrY_NW_026527919v1_random 30
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 8
chrY_NW_026527938v1_random 664
chrY_NW_026527939v1_random 28
chrY_NW_026527942v1_random 2
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2745
chrY_NW_026527950v1_random 1003
chrY_NW_026527951v1_random 127
chrY_NW_026527955v1_random 63
chrY_NW_026527956v1_random 4338
chrY_NW_026527958v1_random 1957
chrY_NW_026527960v1_random 76
chrY_NW_026527961v1_random 209
chrY_NW_026527966v1_random 15030
chrY_NW_026527967v1_random 207
chrY_NW_026527968v1_random 1369
chrY_NW_026527969v1_random 17
chrY_NW_026527980v1_random 108

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 210943599 1 5040 127.08 94
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0063_2.gz 1.91 GB 0dd80faa0fda7bc2975d9785caccc683
P0063_2.gz.tbi 1006.71 KB 969d330a266776fdd113bea516e65ee9
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 8f9e014a47158b2bdd40df0f92d8cf90
statistics/