Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0064_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0064_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0064_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0064_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CAATGTGGTTAGACCA-P0064_1, TACTAAGTCCTCAGTC-P0064_1, CCTATATTCATTGTTC-P0064_1, TTTGTCTAGTTAGTGC-P0064_1, GATTCGCCAGAACCGA-P0064_1 (top 5 of 4434 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
272,932,549
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 272932549
chr1 21470503
chr2 18446768
chr3 14178107
chr4 15344709
chr5 20687609
chr6 14001770
chr7 17226355
chr8 11222256
chr9 13749550
chr10 14621007
chr11 14199206
chr12 13868168
chr13 10802649
chr14 10534493
chr15 10434401
chr16 8541441
chr17 6451519
chr18 5163869
chr19 5625535
chr20 5117876
chr21 4115390
chr22 9612833
chrUn_NW_026528016v1 33
chrUn_NW_026528017v1 115
chrUn_NW_026528021v1 1114
chrUn_NW_026528026v1 687
chrUn_NW_026528029v1 777
chrUn_NW_026528038v1 795
chrUn_NW_026528039v1 942
chrUn_NW_026528065v1 348
chrUn_NW_026528075v1 228
chrUn_NW_026528103v1 60
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 108
chrUn_NW_026528140v1 726
chrUn_NW_026528210v1 232
chrUn_NW_026528215v1 255
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 81
chrUn_NW_026528226v1 113
chrUn_NW_026528228v1 249
chrUn_NW_026528230v1 267
chrUn_NW_026528232v1 3904
chrUn_NW_026528259v1 11
chrUn_NW_026528278v1 704
chrUn_NW_026528285v1 62
chrUn_NW_026528292v1 23
chrUn_NW_026528295v1 365
chrUn_NW_026528296v1 16188
chrUn_NW_026528310v1 150
chrUn_NW_026528320v1 34
chrUn_NW_026528327v1 34
chrUn_NW_026528332v1 35
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 59
chrUn_NW_026528339v1 44
chrUn_NW_026528345v1 49
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 24
chrUn_NW_026528353v1 53
chrUn_NW_026528356v1 20
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 277
chrUn_NW_026528370v1 212
chrUn_NW_026528371v1 1822
chrUn_NW_026528372v1 333
chrUn_NW_026528373v1 1013
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 23
chrUn_NW_026528385v1 33
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 25
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 12
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 21
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 70
chrUn_NW_026528431v1 381
chrUn_NW_026528432v1 617
chrUn_NW_026528433v1 5270
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528480v1 741
chrUn_NW_026528558v1 2373
chrUn_NW_026528559v1 68
chrUn_NW_026528561v1 7
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 29
chrUn_NW_026528590v1 1580
chrUn_NW_026528596v1 4585
chrUn_NW_026528609v1 30
chrUn_NW_026528611v1 15
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 497
chrUn_NW_026528631v1 199
chrUn_NW_026528634v1 274
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 23
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 35
chrUn_NW_026528668v1 27
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 15
chrUn_NW_026528719v1 812
chrUn_NW_026528737v1 32
chrUn_NW_026528739v1 4
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 20
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 16
chrUn_NW_026528755v1 142
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 16
chrUn_NW_026528788v1 14
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 179
chrUn_NW_026528795v1 133
chrUn_NW_026528796v1 475
chrUn_NW_026528797v1 5604
chrUn_NW_026528798v1 1940
chrUn_NW_026528799v1 573
chrUn_NW_026528880v1 35
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 17
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 77
chrUn_NW_026528888v1 22
chrUn_NW_026528889v1 10
chrUn_NW_026528891v1 62
chrUn_NW_026528893v1 14
chrUn_NW_026528894v1 592
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 165
chrUn_NW_026528902v1 180
chrUn_NW_026528903v1 1102
chrUn_NW_026528917v1 364
chrUn_NW_026528926v1 154
chrUn_NW_026528928v1 1323
chrUn_NW_026528937v1 60
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 21
chrUn_NW_026528957v1 1122
chrUn_NW_026528960v1 844
chrUn_NW_026528975v1 244
chrUn_NW_026528984v1 65
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 188
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 45
chrUn_NW_026529007v1 769
chrUn_NW_026529008v1 4872
chrUn_NW_026529013v1 101
chrUn_NW_026529015v1 169
chrUn_NW_026529016v1 1667
chrUn_NW_026529060v1 2881
chrUn_NW_026529081v1 221
chrUn_NW_026529085v1 782
chrX 7380260
chrX_NW_026527892v1_random 619
chrX_NW_026527894v1_random 1140
chrX_NW_026527897v1_random 341
chrY 31314
chrY_NW_026527906v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 34
chrY_NW_026527913v1_random 78
chrY_NW_026527914v1_random 902
chrY_NW_026527915v1_random 5
chrY_NW_026527919v1_random 31
chrY_NW_026527927v1_random 8
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 7
chrY_NW_026527938v1_random 788
chrY_NW_026527939v1_random 61
chrY_NW_026527942v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 3137
chrY_NW_026527950v1_random 1170
chrY_NW_026527951v1_random 121
chrY_NW_026527955v1_random 97
chrY_NW_026527956v1_random 2686
chrY_NW_026527958v1_random 1251
chrY_NW_026527960v1_random 84
chrY_NW_026527961v1_random 261
chrY_NW_026527966v1_random 11935
chrY_NW_026527967v1_random 234
chrY_NW_026527968v1_random 1747
chrY_NW_026527969v1_random 10
chrY_NW_026527980v1_random 132

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 272932549 1 5039 138.92 111
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0064_1.h5ad.gz 2.51 GB 944d7beac04482cb4720cbdc7ef02906
P0064_1.h5ad.gz.tbi 1.14 MB e491c3942e15f563f361ef0b65c00b3b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 4917f2621eb628969a66c5492adc3ad9
statistics/